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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1qp9 | ||||||
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タイトル | STRUCTURE OF HAP1-PC7 COMPLEXED TO THE UAS OF CYC7 | ||||||
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![]() | TRANSCRIPTION/DNA / ZINC BINUCLEAR CLUSTER / COILED-COIL / HEPTAD REPEAT / TRANSCRIPTION-DNA COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | ![]() DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-templated transcription / DNA binding / zinc ion binding / nucleus 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Lukens, A. / King, D. / Marmorstein, R. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure of HAP1-PC7 bound to DNA: implications for DNA recognition and allosteric effects of DNA-binding on transcriptional activation. 著者: Lukens, A.K. / King, D.A. / Marmorstein, R. #1: ![]() タイトル: Structure of a HAP1-DNA complex reveals dramatically asymmetric DNA binding by a homodimeric protein 著者: King, D. / Zhang, L. / Guarente, L. / Marmorstein, R. #2: ![]() タイトル: Structure of HAP-18-DNA implicates direct allosteric effect of protein-DNA interactions on transcriptional activation 著者: King, D. / Zhang, L. / Guarente, L. / Marmorstein, R. #3: ![]() タイトル: Asymmetric binding and transactivation properties of the HAP1 DNA binding domain 著者: King, D. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 117.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 87.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 406.9 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 426.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 10.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 17.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 6098.964 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: SEQUENCE NATURALLY OCCURING IN YEAST #2: DNA鎖 | 分子量: 6166.030 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: SEQUENCE NATURALLY OCCURING IN YEAST #3: タンパク質 | 分子量: 9087.827 Da / 分子数: 4 / Fragment: HAP1-PC7 DNA BINDING DOMAIN, RESIDUES 55-130 / Mutation: S63G / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() プラスミド: PRSET-A / 発現宿主: ![]() ![]() #4: 化合物 | ChemComp-ZN / #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.68 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 11% PEG 400, 10 MM MGSO4, 200 MM KCL, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
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結晶化 | *PLUS 温度: 20 ℃ | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: CUSTOM-MADE / 検出器: CCD / 日付: 1998年9月11日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.917 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.8→30 Å / Num. all: 27006 / Num. obs: 27006 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 14.77 % / Biso Wilson estimate: 60.054 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.069 / Net I/σ(I): 28.8 |
反射 シェル | 解像度: 2.75→2.86 Å / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.167 / % possible all: 100 |
反射 | *PLUS Num. obs: 14650 / Num. measured all: 27006 / Rmerge(I) obs: 0.078 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 100 % |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.8→8 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.8→8 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS % reflection Rfree: 10 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |