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万見
- PDB-1qo3: Complex between NK cell receptor Ly49A and its MHC class I ligand... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1qo3
タイトルComplex between NK cell receptor Ly49A and its MHC class I ligand H-2Dd
要素
  • BETA-2-MICROGLOBULIN
  • HIV ENVELOPE GLYCOPROTEIN 120 PEPTIDE
  • LY49A
  • MHC CLASS I H-2DD HEAVY CHAIN
キーワードRECEPTOR/IMMUNE SYSTEM / COMPLEX (NK RECEPTOR-MHC CLASS I) / NK CELL / INHIBITORY RECEPTOR / MHC-I / C-TYPE LECTIN-LIKE / HISTOCOMPATIBILITY / B2M / LY49 / LY-49 / RECEPTOR-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Endosomal/Vacuolar pathway / DAP12 interactions / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / ER-Phagosome pathway / DAP12 signaling / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / Dectin-2 family / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-dependent / cellular defense response / positive regulation of plasma membrane raft polarization ...Endosomal/Vacuolar pathway / DAP12 interactions / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / ER-Phagosome pathway / DAP12 signaling / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / Dectin-2 family / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-dependent / cellular defense response / positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / Neutrophil degranulation / host cell endosome membrane / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / cellular response to iron(III) ion / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / negative regulation of forebrain neuron differentiation / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of erythrocyte differentiation / regulation of iron ion transport / MHC class I peptide loading complex / response to molecule of bacterial origin / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / MHC class I protein complex / negative regulation of neurogenesis / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / cellular response to nicotine / phagocytic vesicle membrane / positive regulation of cellular senescence / negative regulation of epithelial cell proliferation / sensory perception of smell / signaling receptor activity / negative regulation of neuron projection development / iron ion transport / T cell differentiation in thymus / carbohydrate binding / protein refolding / protein homotetramerization / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / amyloid fibril formation / intracellular iron ion homeostasis / learning or memory / cell adhesion / viral protein processing / external side of plasma membrane / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / extracellular space / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Ly49-like, N-terminal / : / Ly49-like protein, N-terminal region / Natural killer cell receptor-like, C-type lectin-like domain / Mannose-Binding Protein A; Chain A / Mannose-Binding Protein A, subunit A / Lectin C-type domain / C-type lectin domain profile. / C-type lectin-like / C-type lectin (CTL) or carbohydrate-recognition domain (CRD) ...Ly49-like, N-terminal / : / Ly49-like protein, N-terminal region / Natural killer cell receptor-like, C-type lectin-like domain / Mannose-Binding Protein A; Chain A / Mannose-Binding Protein A, subunit A / Lectin C-type domain / C-type lectin domain profile. / C-type lectin-like / C-type lectin (CTL) or carbohydrate-recognition domain (CRD) / C-type lectin-like/link domain superfamily / C-type lectin fold / Envelope glycoprotein Gp160 / Retroviral envelope protein / Retroviral envelope protein GP41-like / Gp120 core superfamily / Envelope glycoprotein GP120 / Human immunodeficiency virus 1, envelope glycoprotein Gp120 / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Roll / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Beta-2-microglobulin / H-2 class I histocompatibility antigen, D-D alpha chain / Envelope glycoprotein gp160 / T-cell surface glycoprotein YE1/48
類似検索 - 構成要素
生物種MUS MUSCULUS (ハツカネズミ)
HUMAN IMMUNODEFICIENCY VIRUS (ヒト免疫不全ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Tormo, J. / Mariuzza, R.A.
引用
ジャーナル: Nature / 年: 1999
タイトル: Crystal Structure of a Lectin-Like Natural Killer Cell Receptor Bound to its Mhc Class I Ligand
著者: Tormo, J. / Natarajan, K. / Margulies, D.H. / Mariuzza, R.A.
#1: ジャーナル: Immunity / 年: 1999
タイトル: Interaction of the Nk Cell Inhibitory Receptor Ly49A with H-2Dd: Identification of a Site Distinct from the Tcr Site.
著者: Natarajan, K. / Boyd, L.F. / Schuck, P. / Yokoyama, W.M. / Eliat, D. / Margulies, D.H.
#2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1999
タイトル: Three-Dimensional Structure of H-2Dd Complexed with an Immunodominant Peptide from Human Immunodeficiency Virus Envelope Glycoprotein 120
著者: Li, H. / Natarajan, K. / Malchiodi, E.L. / Margulies, D.H. / Mariuzza, R.A.
履歴
登録1999年11月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02000年1月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年1月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Other / Refinement description / Structure summary / Version format compliance
改定 1.22015年4月15日Group: Database references
改定 1.32023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MHC CLASS I H-2DD HEAVY CHAIN
B: BETA-2-MICROGLOBULIN
C: LY49A
D: LY49A
P: HIV ENVELOPE GLYCOPROTEIN 120 PEPTIDE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,1628
ポリマ－76,9755
非ポリマー1863
水6,341352
1
C: LY49A
D: LY49A

A: MHC CLASS I H-2DD HEAVY CHAIN
B: BETA-2-MICROGLOBULIN
P: HIV ENVELOPE GLYCOPROTEIN 120 PEPTIDE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,1628
ポリマ－76,9755
非ポリマー1863
水905
タイプ名称対称操作数
crystal symmetry operation3_555-x,y+1/2,-z+1/21
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9700 Å2
ΔGint-13.7 kcal/mol
Surface area30200 Å2
手法PISA
2
C: LY49A
D: LY49A

A: MHC CLASS I H-2DD HEAVY CHAIN
B: BETA-2-MICROGLOBULIN
P: HIV ENVELOPE GLYCOPROTEIN 120 PEPTIDE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,1628
ポリマ－76,9755
非ポリマー1863
水905
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_545-x,y-1/2,-z+1/21
Buried area9700 Å2
ΔGint-13.7 kcal/mol
Surface area30200 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)78.963, 96.957, 99.318
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細BIOLOGICAL_UNIT: PROTEIN-PROTEIN COMPLEX BETWEEN THE NK-CELL SURFACE GLYCOPROTEIN DIMERIC AND THE HETEROTRIMER CONSISTING OF THE H-2DD HEAVY CHAIN, THE BETA-2-MICROGLOBULIN AND THE HIV ENVELOPE PEPTIDE. THERE IS A SECOND COMPLEX FORMED THROUGH SITE 2, AS DESCRIBED IN THE MAIN REFERENCE, AND CAN BE GENERATED BY APPLYING BIOMT TRANSFORMATIONS GIVEN BELOW.

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要素

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タンパク質 , 3種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質 MHC CLASS I H-2DD HEAVY CHAIN / H-2 CLASS I HISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN / D-D ALPHA CHAIN / (H-2D(D))


分子量: 32265.902 Da / 分子数: 1 / 断片: EXTRACELLULAR DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / 株: BALB/C / Cell: MOST NUCLEATED CELLS / 細胞内の位置: CELL SURFACE / 遺伝子: H-2D / プラスミド: PET3A / 細胞内の位置 (発現宿主): INCLUSION BODY / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P01900
#2: タンパク質 BETA-2-MICROGLOBULIN / B2M


分子量: 11791.545 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / 株: C57BL/6 / Cell: MOST NUCLEATED CELLS / 細胞内の位置: CELL SURFACE / プラスミド: PET21D / 細胞内の位置 (発現宿主): INCLUSION BODY / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P01887
#3: タンパク質 LY49A / NK-CELL SURFACE GLYCOPROTEIN YE1/48 / T LYMPHOCYTE ANTIGEN A1 / LY49-A ANTIGEN / LY49A


分子量: 15921.329 Da / 分子数: 2 / 断片: C-TYPE LECTIN-LIKE DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / 株: C57BL/6 / Cell: NATURAL KILLER CELLS SOME T CELLS / 細胞内の位置: CELL SURFACE / プラスミド: PET21A / 細胞内の位置 (発現宿主): INCLUSION BODY / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P20937

-
タンパク質・ペプチド , 1種, 1分子 P

#4: タンパク質・ペプチド HIV ENVELOPE GLYCOPROTEIN 120 PEPTIDE


分子量: 1075.265 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 318-327 / Mutation: YES / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) HUMAN IMMUNODEFICIENCY VIRUS (ヒト免疫不全ウイルス)
参照: UniProt: P04582

-
非ポリマー , 2種, 355分子

#5: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 352 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY
配列の詳細NATURAL VARIANTS ARISE FROM STRAIN C57BL/6

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50 %
結晶化pH: 6.5 / 詳細: pH 6.50
結晶
*PLUS
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / pH: 7.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Ly49A NKD : H-2Dd = 1.5:1
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
19 mg/mlLy49A NKD1drop
320 mMHEPES1drop
4100 mM1dropNaCl
59 %mPEG5501reservoir
650 mMmagnesium acetate1reservoir
7100 mMMES1reservoir
2H-2Dd1drop

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-ID-B / 波長: 1
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 1999年4月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→25 Å / Num. obs: 33230 / % possible obs: 94.7 % / 冗長度: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 19 Å2 / Rsym value: 0.053 / Net I/σ(I): 15.14
反射 シェル解像度: 2.3→2.35 Å / Mean I/σ(I) obs: 7 / Rsym value: 0.161 / % possible all: 80.7
反射
*PLUS
Num. measured all: 128909 / Rmerge(I) obs: 0.053
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 80.7 % / Rmerge(I) obs: 0.161 / Mean I/σ(I) obs: 6.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS0.9精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS0.9位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRIES 1B6E, 1DDH

1b6e

1ddh


解像度: 2.3→20 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: MLF
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.238 1971 6 %RANDOM
Rwork0.198 ---
obs0.198 32986 95.5 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 28 Å2 / ksol: 0.340658 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 25.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.37 Å20 Å20 Å2
2---3.36 Å20 Å2
3---3.72 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.31 Å0.25 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.25 Å0.15 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5178 0 12 352 5542
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d24.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.74
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.481.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.452
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.132
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.172.5
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.4 Å / Rfactor Rfree error: 0.018 / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.279 233 5.8 %
Rwork0.204 3755 -
obs--93.9 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2ETH.PARWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3WATER_REP.PARAMETH.TOP
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 0.9 / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg24.4
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.74

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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