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- PDB-1qk2: WILD TYPE CEL6A WITH A NON-HYDROLYSABLE CELLOTETRAOSE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1qk2
タイトルWILD TYPE CEL6A WITH A NON-HYDROLYSABLE CELLOTETRAOSE
要素CELLOBIOHYDROLASE CEL6A (FORMERLY CALLED CBH II)
キーワードHYDROLASE / GLYCOSIDASE / GLYCOPROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


cellulose 1,4-beta-cellobiosidase (non-reducing end) / cellulose 1,4-beta-cellobiosidase activity / cellulose binding / cellulose catabolic process / extracellular region / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Glycosyl hydrolases family 6 signature 2. / Glycosyl hydrolases family 6 signature 1. / Glycoside hydrolase, family 6, conserved site / 1, 4-beta cellobiohydrolase / 1, 4-beta cellobiohydrolase / 1, 4-beta cellobiohydrolase superfamily / Glycosyl hydrolases family 6 / CBM1 (carbohydrate binding type-1) domain signature. / Cellulose-binding domain, fungal / Cellulose-binding domain superfamily ...Glycosyl hydrolases family 6 signature 2. / Glycosyl hydrolases family 6 signature 1. / Glycoside hydrolase, family 6, conserved site / 1, 4-beta cellobiohydrolase / 1, 4-beta cellobiohydrolase / 1, 4-beta cellobiohydrolase superfamily / Glycosyl hydrolases family 6 / CBM1 (carbohydrate binding type-1) domain signature. / Cellulose-binding domain, fungal / Cellulose-binding domain superfamily / Fungal cellulose binding domain / CBM1 (carbohydrate binding type-1) domain profile. / Fungal-type cellulose-binding domain / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
alpha-D-mannopyranose / Exoglucanase 2
類似検索 - 構成要素
生物種TRICHODERMA REESEI (菌類)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Zou, J.-Y. / Jones, T.A.
引用
ジャーナル: Structure / 年: 1999
タイトル: Crystallographic Evidence for Substrate Ring Distortion and Protein Conformational Changes During Catalysis in Cellobiohydrolase Cel6A from Trichoderma Reesei
著者: Zou, J.-Y. / Kleywegt, G.J. / Stahlberg, J. / Driguez, H. / Nerinckx, W. / Claeyssens, M. / Koivula, A. / Teeri, T.T. / Jones, T.A.
#1: ジャーナル: Science / 年: 1990
タイトル: Three-Dimensional Structure of Cellobiohydrolase II from Trichoderma Reesei
著者: Rouvinen, J. / Bergfors, T. / Teeri, T. / Knowles, J.K. / Jones, T.A.
履歴
登録1999年7月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.01999年9月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年1月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Other / Refinement description / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22019年10月23日Group: Author supporting evidence / Data collection ...Author supporting evidence / Data collection / Derived calculations / Experimental preparation / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / exptl_crystal_grow ...chem_comp / exptl_crystal_grow / pdbx_database_status / pdbx_entity_instance_feature / pdbx_entry_details / struct_conn
Item: _chem_comp.type / _exptl_crystal_grow.method ..._chem_comp.type / _exptl_crystal_grow.method / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entry_details.has_ligand_of_interest / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_validate_chiral / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_validate_chiral.auth_asym_id / _pdbx_validate_chiral.auth_seq_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年10月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CELLOBIOHYDROLASE CEL6A (FORMERLY CALLED CBH II)
B: CELLOBIOHYDROLASE CEL6A (FORMERLY CALLED CBH II)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,62322
ポリマ－77,8222
非ポリマー4,80020
水9,818545
1
A: CELLOBIOHYDROLASE CEL6A (FORMERLY CALLED CBH II)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,31111
ポリマ－38,9111
非ポリマー2,40010
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
B: CELLOBIOHYDROLASE CEL6A (FORMERLY CALLED CBH II)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,31111
ポリマ－38,9111
非ポリマー2,40010
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)48.830, 74.700, 91.840
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 104.12, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.994054, -0.099704, -0.04377), (0.100364, 0.994864, 0.013134), (0.042236, -0.017449, 0.998955)
ベクター: -25.794, -42.109, -43.941)

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要素

#1: タンパク質 CELLOBIOHYDROLASE CEL6A (FORMERLY CALLED CBH II) / CEL6A


分子量: 38911.164 Da / 分子数: 2 / 断片: CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 85-447 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) TRICHODERMA REESEI (菌類) / 遺伝子: CBH2 / 発現宿主: TRICHODERMA REESEI (菌類)
参照: UniProt: P07987, cellulose 1,4-beta-cellobiosidase (non-reducing end)
#2: 多糖 alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-4-thio-beta-D-glucopyranose-(1-4)-methyl ...alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-4-thio-beta-D-glucopyranose-(1-4)-methyl beta-D-glucopyranoside


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 696.669 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5_1*OC][a2122h-1b_1-5][a2122h-1a_1-5]/1-2-3-3/a4-b1_b4-c1*S*_c4-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][methyl]{[(1+1)][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp4SH]{[(4+S)][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#4: 糖
ChemComp-MAN / alpha-D-mannopyranose / alpha-D-mannose / D-mannose / mannose / α-D-マンノピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O6
識別子タイププログラム
DManpaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
a-D-mannopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-ManpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
ManSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 545 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY
配列の詳細A SWS P07987 1 - 108 NOT IN ATOMS LIST B SWS P07987 1 - 108 NOT IN ATOMS LIST

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.07 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 20% PEG6000, 20MM MES BUFFER PH6.0, 10MM COCL2., pH 6.00
結晶化
*PLUS
手法: unknown / 詳細: used to seeding
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
120 %PEG600011can be replaced by mPEG5000
220 mMMES11

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU IMAGE PLATE / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年6月10日 / 詳細: MIRRORS
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→39.8 Å / Num. obs: 41716 / % possible obs: 94.9 % / 冗長度: 2.9 % / Biso Wilson estimate: 17.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.069 / Net I/σ(I): 15.1
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.266 / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / % possible all: 79.2
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 79.2 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS0.5精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS0.5位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2→20 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 1626766.68 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
詳細: BULK SOLVENT MODEL USED THE CATALYTIC CORE STARTS AT RESIDUE 83.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.222 1278 3.1 %RANDOM
Rwork0.189 ---
obs0.189 41476 95.6 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / ksol: 0.361336 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 17.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.33 Å20 Å21.08 Å2
2---1.71 Å20 Å2
3---3.04 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.26 Å0.21 Å
Luzzati d res low-20 Å
Luzzati sigma a0.23 Å0.16 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5494 0 302 545 6341
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.7
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.78
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it0.731.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.212
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.062
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it1.582.5
LS精密化 シェル解像度: 2→2.13 Å / Rfactor Rfree error: 0.02 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.276 182 2.8 %
Rwork0.229 6323 -
obs--89.9 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAM
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 0.5 / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg22.7
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.78

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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