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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1qin | ||||||
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タイトル | HUMAN GLYOXALASE I COMPLEXED WITH S-(N-HYDROXY-N-P-IODOPHENYLCARBAMOYL) GLUTATHIONE | ||||||
要素 | PROTEIN (LACTOYLGLUTATHIONE LYASE) | ||||||
キーワード | LYASE / LACTOYLGLUTATHIONE LYASE / GLYOXALASE I | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 lactoylglutathione lyase / lactoylglutathione lyase activity / methylglyoxal metabolic process / Pyruvate metabolism / glutathione metabolic process / osteoclast differentiation / carbohydrate metabolic process / regulation of transcription by RNA polymerase II / negative regulation of apoptotic process / zinc ion binding ...lactoylglutathione lyase / lactoylglutathione lyase activity / methylglyoxal metabolic process / Pyruvate metabolism / glutathione metabolic process / osteoclast differentiation / carbohydrate metabolic process / regulation of transcription by RNA polymerase II / negative regulation of apoptotic process / zinc ion binding / extracellular exosome / nucleoplasm / plasma membrane / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / OTHER / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Cameron, A.D. / Ridderstrom, M. / Olin, B. / Mannervik, B. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 1999 タイトル: Reaction mechanism of glyoxalase I explored by an X-ray crystallographic analysis of the human enzyme in complex with a transition state analogue. 著者: Cameron, A.D. / Ridderstrom, M. / Olin, B. / Kavarana, M.J. / Creighton, D.J. / Mannervik, B. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1qin.cif.gz | 88.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1qin.ent.gz | 66.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1qin.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1qin_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1qin_full_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 1qin_validation.xml.gz | 17.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1qin_validation.cif.gz | 24.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qi/1qin ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qi/1qin | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (-0.9898, -0.12358, 0.07082), ベクター: |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 20672.520 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 解説: HETEROLOGOUSLY EXPRESSED / プラスミド: PKK223-3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM 103 / 参照: UniProt: Q04760, lactoylglutathione lyase #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 配列の詳細 | THE REFERENCE FOR THE SEQUENCE: M.RIDDERSTRO | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 49 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 5.8 詳細: PROTEIN WAS CRYSTALLISED BY EQILLABRATION AGAINST PEG 2000 MONOMETHLY ETHER, 50 MM MES PH 5.8, 0.1M NACL. HIPC-GSH WAS PRESENT IN THE PROTEIN SOLUTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 15 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Cameron, A.D., (1997) EMBO J., 16, 3386. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 263 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.54 |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS II / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年11月3日 / 詳細: COLLIMATOR |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.54 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→29 Å / Num. obs: 28148 / % possible obs: 93.6 % / 冗長度: 1.8 % / Biso Wilson estimate: 23 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.83 / Net I/σ(I): 9 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.11 Å / 冗長度: 1.7 % / Rmerge(I) obs: 0.194 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / % possible all: 93.5 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 49286 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 93.5 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: OTHER / 解像度: 2→29 Å / SU B: 3.3 / SU ML: 0.09 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.17 / ESU R Free: 0.15
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原子変位パラメータ | Biso mean: 30 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→29 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: REFMAC / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 29 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor obs: 0.18 / Rfactor Rfree: 0.21 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 30 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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