PDB-1qgm: THE SOLUTION STRUCTURE OF A 30 RESIDUE AMINO-TERMINAL DOMAIN OF T...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1qgm

タイトル

THE SOLUTION STRUCTURE OF A 30 RESIDUE AMINO-TERMINAL DOMAIN OF THE CARP GRANULIN-1 PROTEIN.

要素

PROTEIN (AMINO-TERMINAL CARP GRANULIN-1)

キーワード

CYTOKINE / BETA-HAIRPIN STACK / CONFORMATIONAL STABILITY

機能・相同性

Granulin family / Granulin / Granulin superfamily / Granulin / Granulin / cytokine activity / extracellular space / Granulin-1

機能・相同性情報

手法

溶液NMR / DISTANCE GEOMETRY, SIMULATED ANNEALING

データ登録者

Vranken, W.F. / Xu, P. / Ni, F.

引用

ジャーナル: J.Pept.Res. / 年: 1999
タイトル: A 30-residue fragment of the carp granulin-1 protein folds into a stack of two beta-hairpins similar to that found in the native protein.
著者: Vranken, W.F. / Chen, Z.G. / Xu, P. / James, S. / Bennett, H.P. / Ni, F.

履歴

登録	1999年5月1日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	1999年12月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月26日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2021年11月3日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly ...database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.4	2023年12月27日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1qgm.cif.gz	127.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1qgm.ent.gz	103.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1qgm.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1qgm_validation.pdf.gz	339.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1qgm_full_validation.pdf.gz	424.3 KB	表示
XML形式データ	1qgm_validation.xml.gz	11.3 KB	表示
CIF形式データ	1qgm_validation.cif.gz	16.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qg/1qgm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qg/1qgm	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1ag7-d 2k44-d 1i8x-d 6lf5-d 5lm0-d 1i8y-d 6uco-d 7l53-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: PROTEIN (AMINO-TERMINAL CARP GRANULIN-1)

3.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	15 / 100	LOWEST VIOLATED RESTRAINT ENERGY
代表モデル

#1: タンパク質・ペプチド	PROTEIN (AMINO-TERMINAL CARP GRANULIN-1) 分子量: 3195.601 Da / 分子数: 1 / 断片: AMINO-TERMINAL FRAGMENT / 変異: C17S, C27S / 由来タイプ: 合成詳細: THE PEPTIDE WAS CHEMICALLY SYNTHESIZED. THE SEQUENCE OF THE PEPTIDE IS NATURALLY FOUND IN CYPRINUS CARPIO (CARP). 参照: UniProt: P81013

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	TOCSY
1	2	1	COSY
1	3	1	NOESY

-
試料調製

詳細	内容: 90% H2O/10% D2O, OR 100% D2O
試料状態	pH: 4.5 / 圧: 1 atm / 温度: 288 K
結晶化	*PLUS 手法: other / 詳細: NMR

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター

タイプ	製造業者	モデル	磁場強度 (MHz)	Spectrometer-ID
Bruker AVANCE500	Bruker	AVANCE500	500	1
Bruker DRX 500 AVANCE800	Bruker	DRX 500 AVANCE800	800	2

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
X-PLOR	3.1	BRUNGER	精密化
X-PLOR			構造決定

精密化

手法: DISTANCE GEOMETRY, SIMULATED ANNEALING / ソフトェア番号: 1
詳細: USING THE STANDARD SOFT REFINEMENT PROTOCOL OF X-PLOR.

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: LOWEST VIOLATED RESTRAINT ENERGY
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 15

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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