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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1qg5 | ||||||
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タイトル | HIGH RESOLUTION CRYSTAL STRUCTURE OF THE BOVINE BETA-LACTOGLOBULIN (ISOFORM A) | ||||||
要素 | BETA-LACTOGLOBULIN | ||||||
キーワード | TRANSPORT PROTEIN / LIPOCALIN / ISOFORM A | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 retinol binding / long-chain fatty acid binding / extracellular region / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Bos taurus (ウシ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Oliveira, K.M.G. / Sawyer, L. / Polikarpov, I. | ||||||
引用 | ジャーナル: Eur.J.Biochem. / 年: 2001 タイトル: Crystal structures of bovine beta-lactoglobulin in the orthorhombic space group C222(1). Structural differences between genetic variants A and B and features of the Tanford transition. 著者: Oliveira, K.M. / Valente-Mesquita, V.L. / Botelho, M.M. / Sawyer, L. / Ferreira, S.T. / Polikarpov, I. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1qg5.cif.gz | 44.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1qg5.ent.gz | 31.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1qg5.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1qg5_validation.pdf.gz | 365.5 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1qg5_full_validation.pdf.gz | 370.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1qg5_validation.xml.gz | 5.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1qg5_validation.cif.gz | 7.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qg/1qg5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qg/1qg5 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 18387.264 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 詳細: ISOFORM A DIFFERS IN A PRIMARY AMINO ACID SEQUENCE FROM ISOFORM B AT POSITIONS 64(ASP-->GLY) AND 118 (VAL-->ALA) 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 器官: BREAST / Secretion: BREAST / Variant: VARIANT A / 組織: MAMMARY GLAND / 参照: UniProt: P02754 |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 42 % / 解説: DATA WERE COLLECTED USING OSCILLATION METHOD | ||||||||||||||||||||
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結晶化 | 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.9 詳細: THE CRYSTAL WAS GROWN AT PH 7.9, HANGING DROP METHOD. DROP CONTAINED 2.5M (NH4) 2SO4, 180MM TRIZMA BUFFER, AND 20MG/ML PROTEIN REMARK 290, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP | ||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 291 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: LNLS / ビームライン: D03B-MX1 / 波長: 1.38 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年9月15日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: SI (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.38 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→12.92 Å / Num. obs: 9631 / % possible obs: 90.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.8 % / Biso Wilson estimate: 28.4 Å2 / Rsym value: 0.066 / Net I/σ(I): 12.7 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.05 Å / Rsym value: 0.463 / % possible all: 91.2 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 12.9 Å / Rmerge(I) obs: 0.066 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 91.2 % / Rmerge(I) obs: 0.46 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2→9.5 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.21
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原子変位パラメータ | Biso mean: 42.9 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→9.5 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: REFMAC / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor Rfree: 0.283 / Rfactor Rwork: 0.212 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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