PDB-1qfb: THE CYCLIC PEPTIDE CONTRYPHAN-R FROM CONUS RADIATUS

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1qfb

タイトル

THE CYCLIC PEPTIDE CONTRYPHAN-R FROM CONUS RADIATUS

要素

PROTEIN (CONTRYPHAN-R)

キーワード

TOXIN / CYCLIC PEPTIDE / DISULFIDE BRIDGE / D-CONFIGURATION / CONUS PEPTIDE / STIFF-TAIL SYNDROME / VENOM DUCT PEPTIDE

機能・相同性

Contryphan, conserved site / Contryphan family signature. / Conotoxin / Conotoxin / ion channel inhibitor activity / toxin activity / extracellular region / : / Contryphan-R

機能・相同性情報

手法

溶液NMR / SIMULATED ANNEALING, ENERGY MINIMISATION IN CHARMM19

データ登録者

Pallaghy, P.K. / Melnikova, A.P. / Jimenez, E.C. / Olivera, B.M. / Norton, R.S.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 1999
タイトル: Solution structure of contryphan-R, a naturally occurring disulfide-bridged octapeptide containing D-tryptophan: comparison with protein loops.
著者: Pallaghy, P.K. / Melnikova, A.P. / Jimenez, E.C. / Olivera, B.M. / Norton, R.S.

履歴

登録	1999年4月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	1999年9月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月26日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2017年11月29日	Group: Derived calculations カテゴリ: pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_conf
改定 1.4	2019年11月27日	Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: citation / struct_conn Item: _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.5	2023年12月27日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1qfb.cif.gz	47.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1qfb.ent.gz	32.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1qfb.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qf/1qfb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qf/1qfb	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: PROTEIN (CONTRYPHAN-R)

991 Da, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 200	LOWEST NOE & TOTAL ENERGY
代表モデル	モデル #1

#1: タンパク質・ペプチド	PROTEIN (CONTRYPHAN-R) / CONTRYPHAN 分子量: 991.123 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成詳細: THIS PEPTIDE WAS CHEMICALLY SYNTHESIZED. THE SEQUENCE OF THIS PEPTIDE IS NATURALLY FOUND IN THE VENOM DUCT OF CONUS RADIATUS (CONE SHELL). 参照: PIR: 2144177, UniProt: P58786*PLUS

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	NOESY
1	2	1	TCOSY
1	3	1	DQFCOSY

NMR実験の詳細

Text: THE STRUCTURE WAS DETERMINED USING HOMONUCLEAR 1H NMR SPECTROSCOPY ON A SYNTHETIC SAMPLE.

-
試料調製

詳細	内容: 90% WATER/10% D2O
試料状態	pH: 3 / 温度: 278.0 K
結晶化	*PLUS 手法: other / 詳細: NMR

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker DRX600 / 製造業者: Bruker / モデル: DRX600 / 磁場強度: 600 MHz

-
解析

NMR software

名称	開発者	分類
X-PLOR	BRUNGER	精密化
X-PLOR		構造決定

精密化

手法: SIMULATED ANNEALING, ENERGY MINIMISATION IN CHARMM19
ソフトェア番号: 1
詳細: REFINEMENT WAS PERFORMED IN THE CHARMM19 FORCE FIELD WITH A BOX OF EXPLICIT WATER MOLECULES TREATED WITH PBC.

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: LOWEST NOE & TOTAL ENERGY
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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