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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1q8n | ||||||
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タイトル | Solution Structure of the Malachite Green RNA Binding Aptamer | ||||||
要素 | RNA Aptamer | ||||||
キーワード | RNA / rna aptamer / malachite green / base triple / base quadruple / rna ligand interactions | ||||||
機能・相同性 | MALACHITE GREEN / RNA / RNA (> 10) 機能・相同性情報 | ||||||
手法 | 溶液NMR / simulated annealing | ||||||
データ登録者 | Flinders, J. / DeFina, S.C. / Brackett, D.M. / Baugh, C. / Wilson, C. / Dieckmann, T. | ||||||
引用 | ジャーナル: Chembiochem / 年: 2004 タイトル: Recognition of planar and nonplanar ligands in the malachite green-RNA aptamer complex. 著者: Flinders, J. / DeFina, S.C. / Brackett, D.M. / Baugh, C. / Wilson, C. / Dieckmann, T. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1q8n.cif.gz | 606.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1q8n.ent.gz | 509.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1q8n.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1q8n_validation.pdf.gz | 407 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1q8n_full_validation.pdf.gz | 574 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1q8n_validation.xml.gz | 54 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1q8n_validation.cif.gz | 84.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q8/1q8n ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q8/1q8n | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: RNA鎖 | 分子量: 12317.421 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 詳細: This sequence was synthesized in vitro and does not occur naturally. |
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#2: 化合物 | ChemComp-MGR / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||||||||||||||||||
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NMR実験 |
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NMR実験の詳細 | Text: This structure was determined with the aid of the crystal structure of a similar RNA aptamer. |
-試料調製
詳細 |
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試料状態 |
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結晶化 | *PLUS 手法: other / 詳細: NMR |
-NMR測定
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M |
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放射波長 | 相対比: 1 |
NMRスペクトロメーター | タイプ: Bruker DRX / 製造業者: Bruker / モデル: DRX / 磁場強度: 600 MHz |
-解析
NMR software |
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精密化 | 手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1 詳細: The structure was based on 423 NOE constraints (148 intranucleotide, 119 sequential, 66 medium to long range, and 90 RNA to ligand NOEs) and 219 dihedral angle restraints. | ||||||||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: lowest energy | ||||||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 25 |