PDB-1q8c: A conserved hypothetical protein from Mycoplasma genitalium shows...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1q8c

タイトル

A conserved hypothetical protein from Mycoplasma genitalium shows structural homology to NusB proteins

要素

Hypothetical protein MG027

キーワード

STRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / NusB / hypothetical protein / MG027 / GI 3844637 / BSGC structure funded by NIH / Protein Structure Initiative / PSI / Berkeley Structural Genomics Center

機能・相同性

Protein of unknown function DUF1948 / Domain of unknown function (DUF1948) / N-utilizing Substance Protein B Homolog; Chain A / NusB-like / NusB-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / IODIDE ION / Uncharacterized protein MG027

機能・相同性情報

生物種

Mycoplasma genitalium (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Liu, J. / Yokota, H. / Kim, R. / Kim, S.-H. / Berkeley Structural Genomics Center (BSGC)

引用

ジャーナル: Proteins / 年: 2004
タイトル: A conserved hypothetical protein from Mycoplasma genitalium shows structural homology to nusb proteins
著者: Liu, J. / Yokota, H. / Kim, R. / Kim, S.-H.

履歴

登録	2003年8月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2003年9月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月29日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2024年2月14日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1q8c.cif.gz	41.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1q8c.ent.gz	28.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1q8c.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1q8c_validation.pdf.gz	426.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1q8c_full_validation.pdf.gz	429.8 KB	表示
XML形式データ	1q8c_validation.xml.gz	8.5 KB	表示
CIF形式データ	1q8c_validation.cif.gz	10.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q8/1q8c ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q8/1q8c	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4c8p-d 3vep-3 2k4j-d 4li4-d 3vep-1 3p6h-d 4j6l-5 3p6g-d 4gj0-1 3rzy-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: BSGCAIR30482

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Hypothetical protein MG027

ヘテロ分子

18.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	41.401, 41.401, 99.008
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	76
Space group name H-M	P4₁

#1: タンパク質	Hypothetical protein MG027 分子量: 17505.410 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mycoplasma genitalium (バクテリア) / 参照: UniProt: P47273
#2: 化合物	ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド分子量: 126.904 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 61 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 2.42 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.25 %

結晶化

*PLUS

温度: 4 ℃ / 手法: 蒸気拡散法

溶液の組成

*PLUS

ID	濃度	一般名	Crystal-ID	Sol-ID
1	22 mg/ml	protein	1	drop
2	0.2 M	sodium iodide	1	reservoir
3	20 %	PEG3350	1	reservoir

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ALS

/ ビームライン: 5.0.2 / 波長: 0.9790, 0.9638, 1.0086

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD

放射

プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.979	1
2	0.9638	1
3	1.0086	1

反射

解像度: 2→25 Å / Num. all: 12019 / Num. obs: 11286 / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / R_sym value: 0.064

反射シェル

解像度: 2→2.05 Å / % possible all: 98.4

反射

*PLUS

最低解像度: 25 Å / Num. obs: 11273 / % possible obs: 94.7 % / Num. measured all: 35519 / R_merge(I) obs: 0.061

反射シェル

*PLUS

% possible obs: 99.8 % / R_merge(I) obs: 0.68 / Mean I/σ(I) obs: 1.8

-
解析

ソフトウェア

名称: REFMAC / バージョン: 5 / 分類: 精密化

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.914 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.913 / SU B: 7.457 / SU ML: 0.194 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.26 / ESU R Free: 0.2 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.27153	1032	9.7 %	RANDOM
R_work	0.25352	-	-	-
obs	0.25527	9565	94 %	-
all	-	10112	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 40.739 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.35 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	1.35 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.69 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1087	0	12	61	1160

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.022	1102
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	1033
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.472	1.97	1482
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.941	3	2419
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.765	5	130
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	16.167	15	227
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.085	0.2	176
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	1176
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	203
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.25	0.2	311
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.239	0.2	1151
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.086	0.2	606
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.254	0.2	25
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.223	0.5	1
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.247	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.39	0.2	25
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.371	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.243	1.5	660
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.412	2	1068
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.811	3	442
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.303	4.5	414
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.001→2.052 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.369	64
R_work	0.356	534

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.1881	-0.2595	0.7848	3.7732	0.2196	6.1682	-0.2453	-0.1871	0.2861	0.0462	0.0514	0.513	-0.1416	-0.5641	0.1939	0.0117	0.0227	-0.0165	0.0977	-0.0701	0.1133	28.931	3.6077	81.6041
2	6.0753	1.9945	-0.3752	4.6751	0.3245	5.3716	-0.2093	0.1938	0.5389	-0.1794	0.0733	0.9987	-0.1228	-0.8533	0.136	0.0934	0.079	-0.1108	0.2256	-0.0491	0.3168	22.8055	7.4446	74.2219

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	12 - 88	12 - 88
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	97 - 151	97 - 151

ソフトウェア

*PLUS

バージョン: 5.1.19 / 分類: refinement

精密化

*PLUS

最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 24.99 Å / % reflection R_free: 8 % / R_factor R_free: 0.272 / R_factor R_work: 0.254

溶媒の処理

*PLUS

原子変位パラメータ

*PLUS

拘束条件

*PLUS

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_d	0.013
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_deg	1.47

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関連情報:EMDBヘッダ

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