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万見
- PDB-1q6x: Crystal structure of rat choline acetyltransferase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1q6x
タイトルCrystal structure of rat choline acetyltransferase
要素choline O-acetyltransferase
キーワードTRANSFERASE / alpha beta sandwich / extended loop / two domains
機能・相同性
機能・相同性情報


choline O-acetyltransferase / choline O-acetyltransferase activity / Synthesis of PC / acetylcholine biosynthetic process / rhythmic excitation / establishment of synaptic specificity at neuromuscular junction / rhythmic behavior / Acetylcholine Neurotransmitter Release Cycle / neuromuscular synaptic transmission / choline binding ...choline O-acetyltransferase / choline O-acetyltransferase activity / Synthesis of PC / acetylcholine biosynthetic process / rhythmic excitation / establishment of synaptic specificity at neuromuscular junction / rhythmic behavior / Acetylcholine Neurotransmitter Release Cycle / neuromuscular synaptic transmission / choline binding / adult walking behavior / muscle organ development / antral ovarian follicle growth / dendrite development / response to nutrient / neuron differentiation / memory / chemical synaptic transmission / response to ethanol / response to hypoxia / neuron projection / response to xenobiotic stimulus / axon / neuronal cell body / synapse / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Choline/Carnitine o-acyltransferase, domain 2 / Acyltransferase ChoActase/COT/CPT / Choline/carnitine acyltransferase domain / Choline/Carnitine o-acyltransferase, domain 2 / Choline/Carnitine o-acyltransferase / Acyltransferases ChoActase / COT / CPT family signature 1. / Acyltransferases ChoActase / COT / CPT family signature 2. / Chloramphenicol Acetyltransferase / Chloramphenicol acetyltransferase-like domain / Chloramphenicol acetyltransferase-like domain superfamily ...Choline/Carnitine o-acyltransferase, domain 2 / Acyltransferase ChoActase/COT/CPT / Choline/carnitine acyltransferase domain / Choline/Carnitine o-acyltransferase, domain 2 / Choline/Carnitine o-acyltransferase / Acyltransferases ChoActase / COT / CPT family signature 1. / Acyltransferases ChoActase / COT / CPT family signature 2. / Chloramphenicol Acetyltransferase / Chloramphenicol acetyltransferase-like domain / Chloramphenicol acetyltransferase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Choline O-acetyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Cai, Y. / Rodgers, D.W.
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2004
タイトル: Choline acetyltransferase structure reveals distribution of mutations that cause motor disorders.
著者: Cai, Y. / Cronin, C.N. / Engel, A.G. / Ohno, K. / Hersh, L.B. / Rodgers, D.W.
履歴
登録2003年8月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年6月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 999SEQUENCE THE AUTHOR MAINTAINS THAT THE SEQUENCE IN THE SEQUENCE DATABASE IS INCORRECT

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: choline O-acetyltransferase
B: choline O-acetyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)144,9964
ポリマ－144,9502
非ポリマー462
水6,215345
1
A: choline O-acetyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,4982
ポリマ－72,4751
非ポリマー231
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: choline O-acetyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,4982
ポリマ－72,4751
非ポリマー231
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)84.701, 78.882, 139.364
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 98.38, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細The biological assembly is a single polypeptide chain, and there are two biological assemblies in the asymmetric unit.

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要素

#1: タンパク質 choline O-acetyltransferase


分子量: 72475.164 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: cholinergic gene locus / プラスミド: pLENTY / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DH5alphaF'IQ / 参照: UniProt: P32738, choline O-acetyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 345 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.27 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: PEG 20000, (2-(N-Morpholino)ethanesulfonic acid, sodium chloride, 2-mercaptoethanol, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 0.97934 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2002年11月23日 / 詳細: double crystal focusing mirror
放射モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→30 Å / Num. all: 62300 / Num. obs: 62219 / Observed criterion σ(F): -4 / Observed criterion σ(I): -4 / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 38.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.075 / Net I/σ(I): 8.1
反射 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / 冗長度: 3.76 % / Rmerge(I) obs: 0.337 / Mean I/σ(I) obs: 3.9 / Num. unique all: 6012 / % possible all: 95.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1NDB

1ndb


解像度: 2.5→28.94 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: Only C-alpha positions could be assigned for residues 356-367 in both chains A and B
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.251 6279 10.1 %RANDOM
Rwork0.223 ---
all0.226 62034 --
obs0.226 62033 98.1 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 16.3927 Å2 / ksol: 0.312752 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 30.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-7.56 Å20 Å20.24 Å2
2---3.67 Å20 Å2
3----3.89 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.36 Å0.3 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.29 Å0.19 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→28.94 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9334 0 2 345 9681
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d21.9
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.84
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it10.211.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it11.212
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it7.222
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it6.72.5
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.66 Å / Rfactor Rfree error: 0.01 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.331 1043 10.2 %
Rwork0.288 9232 -
obs-9232 98.3 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3ION.PARAMION.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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