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万見
- PDB-1q5v: Apo-NikR -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1q5v
タイトルApo-NikR
要素Nickel responsive regulator
キーワードTRANSCRIPTION (転写 (生物学)) / homotetramer / ribbon-helix-helix domain / beta sandwich
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of DNA-templated transcription initiation / response to nickel cation / DNA-binding transcription repressor activity / nickel cation binding / core promoter sequence-specific DNA binding / デオキシリボ核酸 / transcription regulator complex / sequence-specific DNA binding / transcription cis-regulatory region binding / regulation of DNA-templated transcription ...negative regulation of DNA-templated transcription initiation / response to nickel cation / DNA-binding transcription repressor activity / nickel cation binding / core promoter sequence-specific DNA binding / デオキシリボ核酸 / transcription regulator complex / sequence-specific DNA binding / transcription cis-regulatory region binding / regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Nickel-responsive transcriptional regulator NikR, proteobacteria / Transcription factor, NikR, nickel binding C-terminal / Nickel-responsive transcriptional regulator NikR / NikR C terminal nickel binding domain / ACT-like. Chain A, domain 2 / Acetolactate synthase/Transcription factor NikR, C-terminal / Ribbon-helix-helix protein, CopG / Ribbon-helix-helix protein, copG family / Met repressor-like / Arc Repressor Mutant ...Nickel-responsive transcriptional regulator NikR, proteobacteria / Transcription factor, NikR, nickel binding C-terminal / Nickel-responsive transcriptional regulator NikR / NikR C terminal nickel binding domain / ACT-like. Chain A, domain 2 / Acetolactate synthase/Transcription factor NikR, C-terminal / Ribbon-helix-helix protein, CopG / Ribbon-helix-helix protein, copG family / Met repressor-like / Arc Repressor Mutant / Arc-type ribbon-helix-helix / Ribbon-helix-helix / ACT-like domain / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Nickel-responsive regulator
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / Se-SAD / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Schreiter, E.R. / Sintchak, M.D. / Guo, Y. / Chivers, P.T. / Sauer, R.T. / Drennan, C.L.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 2003
タイトル: Crystal Structure of the Nickel-Responsive Transcription Factor NikR
著者: Schreiter, E.R. / Sintchak, M.D. / Guo, Y. / Chivers, P.T. / Sauer, R.T. / Drennan, C.L.
履歴
登録2003年8月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年9月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nickel responsive regulator
B: Nickel responsive regulator
C: Nickel responsive regulator
D: Nickel responsive regulator


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,4754
ポリマ－60,4754
非ポリマー00
水39622
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11980 Å2
ΔGint-69 kcal/mol
Surface area23480 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)46.360, 69.530, 158.810
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Cell settingorthorhombic
Space group name H-MP212121
詳細The biological assembly is a homotetramer. One biological homotetramer is present in the asymmetric unit.

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要素

#1: タンパク質
Nickel responsive regulator / NIKR


分子量: 15118.806 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: NIKR / プラスミド: pET-22b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DL41 / 参照: UniProt: P0A6Z6
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.87 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: PEG 6000, magnesium chloride, N-(2-(acetamido)imino)diacetic acid (ADA), pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
結晶化
*PLUS
pH: 8 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
18 mg/mlprotein1drop
220 mMTris1droppH8.0
3300 mM1dropNaCl
4100 mMADA1reservoirpH6.5
56 %(w/v)PEG60001reservoir
650 mM1reservoirMgCl2

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンAPS 8-BM10.9791
シンクロトロンNSLS X2521.1
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 3151CCD2002年7月2日
ADSC QUANTUM 3152CCD2002年4月11日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SAGITALLY FOCUSED Si(220) DCMSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2Si(111) or (220)SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97911
21.11
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. all: 23458 / Num. obs: 23458 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(F): -1 / Observed criterion σ(I): -1 / 冗長度: 10.7 % / Rsym value: 0.052 / Net I/σ(I): 27
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / Mean I/σ(I) obs: 5.8 / Rsym value: 0.359 / % possible all: 97.4
反射
*PLUS
Num. measured all: 250494 / Rmerge(I) obs: 0.052
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 97.4 % / Rmerge(I) obs: 0.359

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: Se-SAD / 解像度: 2.3→38.57 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.305 1826 7.9 %RANDOM
Rwork0.248 ---
all0.253 23601 --
obs0.248 23161 98.1 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 42.3448 Å2 / ksol: 0.309638 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 65.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--7.84 Å20 Å20 Å2
2---2.19 Å20 Å2
3---10.03 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error free: 0.51 Å / Luzzati sigma a free: 0.49 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→38.57 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3626 0 0 22 3648
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d24.1
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.75
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it3.521.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it5.352
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it5.12
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it7.082.5
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.44 Å / Rfactor Rfree error: 0.029 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.469 264 7.2 %
Rwork0.39 3388 -
obs--94.6 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAM
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.3 Å / 最低解像度: 50 Å / % reflection Rfree: 8 % / Rfactor Rwork: 0.247
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg24.1
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.75

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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