[日本語] English
万見
- PDB-1q4q: Crystal structure of a DIAP1-Dronc complex -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1q4q
タイトルCrystal structure of a DIAP1-Dronc complex
要素
  • Apoptosis 1 inhibitor
  • Nedd2-like caspase CG8091-PA
キーワードAPOPTOSIS INHIBITOR / caspase / IAP / ubiquitination / apoptosis
機能・相同性
機能・相同性情報


hemocyte development / nurse cell apoptotic process / TP53 Regulates Transcription of Caspase Activators and Caspases / SMAC, XIAP-regulated apoptotic response / DS ligand bound to FT receptor / head involution / negative regulation of compound eye retinal cell programmed cell death / salivary gland histolysis / antennal morphogenesis / Deactivation of the beta-catenin transactivating complex ...hemocyte development / nurse cell apoptotic process / TP53 Regulates Transcription of Caspase Activators and Caspases / SMAC, XIAP-regulated apoptotic response / DS ligand bound to FT receptor / head involution / negative regulation of compound eye retinal cell programmed cell death / salivary gland histolysis / antennal morphogenesis / Deactivation of the beta-catenin transactivating complex / Regulation of necroptotic cell death / Regulation of PTEN localization / melanization defense response / sensory organ precursor cell division / caspase-9 / Activation of caspases through apoptosome-mediated cleavage / Regulation of PTEN stability and activity / Regulation of the apoptosome activity / compound eye retinal cell programmed cell death / spermatid nucleus differentiation / metamorphosis / positive regulation of Toll signaling pathway / border follicle cell migration / compound eye development / positive regulation of border follicle cell migration / chaeta development / sperm individualization / apoptosome / programmed cell death involved in cell development / caspase binding / programmed necrotic cell death / CARD domain binding / programmed cell death / cysteine-type endopeptidase inhibitor activity involved in apoptotic process / protein neddylation / ubiquitin conjugating enzyme binding / zymogen activation / NEDD8 ligase activity / negative regulation of JNK cascade / ubiquitin-like protein conjugating enzyme binding / execution phase of apoptosis / neuron remodeling / dendrite morphogenesis / ubiquitin-specific protease binding / protein autoprocessing / cysteine-type endopeptidase inhibitor activity / ectopic germ cell programmed cell death / protein K48-linked ubiquitination / protein autoubiquitination / positive regulation of protein ubiquitination / central nervous system development / positive regulation of apoptotic signaling pathway / determination of adult lifespan / RING-type E3 ubiquitin transferase / Wnt signaling pathway / protein polyubiquitination / ubiquitin-protein transferase activity / ubiquitin protein ligase activity / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / spermatogenesis / regulation of cell cycle / negative regulation of cell population proliferation / cysteine-type endopeptidase activity / ubiquitin protein ligase binding / apoptotic process / negative regulation of apoptotic process / perinuclear region of cytoplasm / protein homodimerization activity / zinc ion binding / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Inhibitor Of Apoptosis Protein (2mihbC-IAP-1); Chain A / Inhibitor Of Apoptosis Protein (2mihbC-IAP-1); Chain A / : / BIR repeat. / BIR repeat / Inhibitor of Apoptosis domain / BIR repeat profile. / Baculoviral inhibition of apoptosis protein repeat / Peptidase C14 family / Peptidase C14, caspase non-catalytic subunit p10 ...Inhibitor Of Apoptosis Protein (2mihbC-IAP-1); Chain A / Inhibitor Of Apoptosis Protein (2mihbC-IAP-1); Chain A / : / BIR repeat. / BIR repeat / Inhibitor of Apoptosis domain / BIR repeat profile. / Baculoviral inhibition of apoptosis protein repeat / Peptidase C14 family / Peptidase C14, caspase non-catalytic subunit p10 / Peptidase family C14A, cysteine active site / Caspase family cysteine active site. / Caspase family p10 domain profile. / Peptidase C14A, caspase catalytic domain / Caspase, interleukin-1 beta converting enzyme (ICE) homologues / Peptidase C14, p20 domain / Caspase family p20 domain profile. / : / Caspase domain / Caspase-like domain superfamily / Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) / Death-like domain superfamily / Ring finger / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Death-associated inhibitor of apoptosis 1 / Caspase Dronc
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Chai, J. / Yan, N. / Shi, Y.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 2003
タイトル: Molecular mechanism of Reaper-Grim-Hid-mediated suppression of DIAP1-dependent Dronc ubiquitination
著者: Chai, J. / Yan, N. / Huh, J.R. / Wu, J.-W. / Li, W. / Hay, B.A. / Shi, Y.
履歴
登録2003年8月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年11月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32020年1月22日Group: Advisory / Derived calculations
カテゴリ: pdbx_distant_solvent_atoms / pdbx_struct_assembly ...pdbx_distant_solvent_atoms / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop
Item: _pdbx_struct_assembly.details / _pdbx_struct_assembly.method_details / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Apoptosis 1 inhibitor
B: Apoptosis 1 inhibitor
C: Apoptosis 1 inhibitor
D: Apoptosis 1 inhibitor
E: Apoptosis 1 inhibitor
F: Apoptosis 1 inhibitor
G: Apoptosis 1 inhibitor
H: Apoptosis 1 inhibitor
I: Apoptosis 1 inhibitor
J: Apoptosis 1 inhibitor
K: Nedd2-like caspase CG8091-PA
L: Nedd2-like caspase CG8091-PA
M: Nedd2-like caspase CG8091-PA
N: Nedd2-like caspase CG8091-PA
O: Nedd2-like caspase CG8091-PA
P: Nedd2-like caspase CG8091-PA
Q: Nedd2-like caspase CG8091-PA
R: Nedd2-like caspase CG8091-PA
S: Nedd2-like caspase CG8091-PA
T: Nedd2-like caspase CG8091-PA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)156,18830
ポリマ－155,53420
非ポリマー65410
水10,034557
1
E: Apoptosis 1 inhibitor
S: Nedd2-like caspase CG8091-PA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,6193
ポリマ－15,5532
非ポリマー651
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
J: Apoptosis 1 inhibitor
T: Nedd2-like caspase CG8091-PA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,6193
ポリマ－15,5532
非ポリマー651
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: Apoptosis 1 inhibitor
O: Nedd2-like caspase CG8091-PA
ヘテロ分子


  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 15.6 kDa, 2 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,6193
ポリマ－15,5532
非ポリマー651
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1120 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area6130 Å2
手法PISA
4
B: Apoptosis 1 inhibitor
R: Nedd2-like caspase CG8091-PA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,6193
ポリマ－15,5532
非ポリマー651
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1020 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area6590 Å2
手法PISA
5
C: Apoptosis 1 inhibitor
P: Nedd2-like caspase CG8091-PA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,6193
ポリマ－15,5532
非ポリマー651
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1110 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area6190 Å2
手法PISA
6
D: Apoptosis 1 inhibitor
Q: Nedd2-like caspase CG8091-PA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,6193
ポリマ－15,5532
非ポリマー651
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area990 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area5970 Å2
手法PISA
7
F: Apoptosis 1 inhibitor
N: Nedd2-like caspase CG8091-PA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,6193
ポリマ－15,5532
非ポリマー651
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1120 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area6110 Å2
手法PISA
8
G: Apoptosis 1 inhibitor
K: Nedd2-like caspase CG8091-PA
ヘテロ分子


  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 15.6 kDa, 2 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,6193
ポリマ－15,5532
非ポリマー651
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1170 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area6600 Å2
手法PISA
9
H: Apoptosis 1 inhibitor
L: Nedd2-like caspase CG8091-PA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,6193
ポリマ－15,5532
非ポリマー651
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1100 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area6040 Å2
手法PISA
10
I: Apoptosis 1 inhibitor
M: Nedd2-like caspase CG8091-PA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,6193
ポリマ－15,5532
非ポリマー651
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area990 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area5920 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)128.900, 128.900, 183.695
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 120
Int Tables number170
Space group name H-MP65

-
要素

#1: タンパク質
Apoptosis 1 inhibitor / Inhibitor of apoptosis 1 / dIAP1 / Thread protein


分子量: 14078.695 Da / 分子数: 10 / 断片: DIAP1 BIR2 domain, residues 201-324 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q24306
#2: タンパク質・ペプチド
Nedd2-like caspase CG8091-PA / Dronc


分子量: 1474.688 Da / 分子数: 10 / 断片: Dronc peptide, residues 114-125 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: The peptide was synthesized. / 参照: UniProt: Q9XYF4
#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 557 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.55 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.8
詳細: Citrate, PEG 4000, ammonium sulfate, pH 5.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
110 mg/mlprotein1drop
2100 mMsodium citrate1reservoirpH5.8
315 %(w/v)PEG40001reservoir
4120 mMammonium sulfate1reservoir

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: A1 / 波長: 1.1 Å
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→99 Å / Num. obs: 94061 / % possible obs: 94.2 % / 冗長度: 6.2 % / Rmerge(I) obs: 0.054 / Rsym value: 0.057
反射 シェル解像度: 2.1→2.18 Å / % possible obs: 70.5 % / Rsym value: 0.173
反射
*PLUS
最低解像度: 99 Å / Num. measured all: 582663 / Rmerge(I) obs: 0.057
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 82 % / Rmerge(I) obs: 0.173

-
解析

ソフトウェア名称: CNS / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.1→20 Å / σ(F): 0
Rfactor反射数
Rfree0.246 -
Rwork0.199 -
all0.203 -
obs0.203 93347
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8599 0 10 557 9166
精密化
*PLUS
最低解像度: 20 Å / % reflection Rfree: 5 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONbond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONangle_d
X-RAY DIFFRACTIONangle_deg1.531

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る