PDB-1q2j: Structural basis for tetrodotoxin-resistant sodium channel bindin...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1q2j

タイトル

Structural basis for tetrodotoxin-resistant sodium channel binding by mu-conotoxin SmIIIA

要素

Mu-conotoxin SmIIIA

キーワード

TOXIN / mu-conotoxin

機能・相同性

Conotoxin, mu-type / Mu-conotoxin family signature. / sodium channel inhibitor activity / toxin activity / extracellular region / Mu-conotoxin SmIIIA

機能・相同性情報

生物種

Conus stercusmuscarum (アケボノイモ)

手法

溶液NMR

データ登録者

Keizer, D.W. / West, P.J. / Lee, E.F. / Olivera, B.M. / Bulaj, G. / Yoshikami, D. / Norton, R.S.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2003
タイトル: Structural basis for tetrodotoxin-resistant sodium channel binding by mu-conotoxin SmIIIA.
著者: Keizer, D.W. / West, P.J. / Lee, E.F. / Yoshikami, D. / Olivera, B.M. / Bulaj, G. / Norton, R.S.

履歴

登録	2003年7月24日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2004年2月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月29日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 2.0	2019年12月25日	Group: Data collection / Derived calculations / Polymer sequence カテゴリ: entity_poly / pdbx_nmr_software ...entity_poly / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_mod_residue / pdbx_struct_oper_list / struct_conn Item: _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _pdbx_nmr_software.name ..._entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_struct_mod_residue.parent_comp_id / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.1	2020年6月24日	Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Source and taxonomy / Structure summary カテゴリ: entity / pdbx_entity_src_syn ...entity / pdbx_entity_src_syn / pdbx_struct_mod_residue / struct_ref / struct_ref_seq Item: _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_src_syn.ncbi_taxonomy_id ..._entity.pdbx_description / _pdbx_entity_src_syn.ncbi_taxonomy_id / _pdbx_entity_src_syn.organism_common_name / _pdbx_entity_src_syn.organism_scientific / _pdbx_entity_src_syn.pdbx_beg_seq_num / _pdbx_entity_src_syn.pdbx_end_seq_num / _pdbx_struct_mod_residue.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1q2j.cif.gz	118.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1q2j.ent.gz	94.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1q2j.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1q2j_validation.pdf.gz	359.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1q2j_full_validation.pdf.gz	482 KB	表示
XML形式データ	1q2j_validation.xml.gz	10.1 KB	表示
CIF形式データ	1q2j_validation.cif.gz	16 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q2/1q2j ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q2/1q2j	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Mu-conotoxin SmIIIA

2.62 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 200	structures with the lowest energy
代表モデル	モデル #13	closest to the average

#1: タンパク質・ペプチド	Mu-conotoxin SmIIIA 分子量: 2620.018 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成詳細: THE PEPTIDE WAS CHEMICALLY SYNTHESIZED. The sequence of the peptide is naturally found in the Conus stercusmuscarum (fly speck cone snail). 由来: (合成) Conus stercusmuscarum (アケボノイモ) / 参照: UniProt: P60207

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	2D TOCSY
1	2	1	2D NOESY
1	3	1	DQF-COSY

NMR実験の詳細

Text: This structure was determined using standard 2D homonuclear techniques.

-
試料調製

詳細	内容: 0.9 mM SmIIIA, 95% H2O, 5% D2O / 溶媒系: 95% H2O/5% D2O
試料状態	pH: 4.7 / 圧: ambient / 温度: 278 K
結晶化	*PLUS 手法: other / 詳細: NMR

-
NMR測定

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M

放射波長

相対比: 1

NMRスペクトロメーター

タイプ	製造業者	モデル	磁場強度 (MHz)	Spectrometer-ID
Bruker AMX	Bruker	AMX	500	1
Bruker DRX	Bruker	DRX	600	2

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
XwinNMR	3.5	Bruker Biospin	collection
XEASY	1.3.13	Bartels	データ解析
CYANA	1.0.3	Guentert	構造決定
X-PLOR	Xplor-NIH	Schweiters	構造決定
X-PLOR	Xplor-NIH	Schweiters	精密化

代表構造

選択基準: closest to the average

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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