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万見
- PDB-1q2h: Phenylalanine Zipper Mediates APS Dimerization -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1q2h
タイトルPhenylalanine Zipper Mediates APS Dimerization
要素adaptor protein with pleckstrin homology and src homology 2 domains
キーワードSIGNALING PROTEIN / signal transduction
機能・相同性
機能・相同性情報


antigen receptor-mediated signaling pathway / regulation of Ras protein signal transduction / B-1 B cell homeostasis / transmembrane receptor protein tyrosine kinase adaptor activity / regulation of metabolic process / Regulation of KIT signaling / brown fat cell differentiation / stress fiber / ruffle / signaling adaptor activity ...antigen receptor-mediated signaling pathway / regulation of Ras protein signal transduction / B-1 B cell homeostasis / transmembrane receptor protein tyrosine kinase adaptor activity / regulation of metabolic process / Regulation of KIT signaling / brown fat cell differentiation / stress fiber / ruffle / signaling adaptor activity / SH2 domain binding / actin filament / B cell receptor signaling pathway / cytokine-mediated signaling pathway / insulin receptor signaling pathway / nervous system development / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / actin cytoskeleton organization / intracellular signal transduction / identical protein binding / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Helix Hairpins - #110 / SH2B2, SH2 domain / Phenylalanine zipper / Phenylalanine zipper superfamily / Phenylalanine zipper / SH2B adapter protein / Helix Hairpins / PH domain / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. ...Helix Hairpins - #110 / SH2B2, SH2 domain / Phenylalanine zipper / Phenylalanine zipper superfamily / Phenylalanine zipper / SH2B adapter protein / Helix Hairpins / PH domain / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / Helix non-globular / SH2 domain / Special / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Src homology 2 domains / SH2 domain / SH2 domain superfamily / PH-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
SH2B adapter protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Dhe-Paganon, S. / Werner, E.D. / Nishi, M. / Chi, Y.-I. / Shoelson, S.E.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2004
タイトル: A phenylalanine zipper mediates APS dimerization.
著者: Dhe-Paganon, S. / Werner, E.D. / Nishi, M. / Hansen, L. / Chi, Y.-I. / Shoelson, S.E.
履歴
登録2003年7月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年8月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年12月21日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: adaptor protein with pleckstrin homology and src homology 2 domains
B: adaptor protein with pleckstrin homology and src homology 2 domains
C: adaptor protein with pleckstrin homology and src homology 2 domains


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,3363
ポリマ－23,3363
非ポリマー00
水1,15364
1
A: adaptor protein with pleckstrin homology and src homology 2 domains
B: adaptor protein with pleckstrin homology and src homology 2 domains


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,5572
ポリマ－15,5572
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3910 Å2
ΔGint-50 kcal/mol
Surface area7890 Å2
手法PISA
2
C: adaptor protein with pleckstrin homology and src homology 2 domains

C: adaptor protein with pleckstrin homology and src homology 2 domains


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,5572
ポリマ－15,5572
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,-y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)69.740, 57.480, 51.720
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 adaptor protein with pleckstrin homology and src homology 2 domains / APS


分子量: 7778.675 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: APS / プラスミド: pET28a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O14492
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 64 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.62 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 0.48-0.68 M sodium iodide, 2.5 % PEG 4K, 0.09 M sodium citrate, 10 mM DTT, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X12C / 波長: 0.95000, 0.9174, 0.9211, 0.9208
検出器タイプ: BRANDEIS - B4 / 検出器: CCD / 日付: 2002年1月1日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.951
20.91741
30.92111
40.92081
反射解像度: 1.7→30 Å / Num. obs: 19012 / Observed criterion σ(I): 0

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.7→30 Å / σ(F): 0 / 詳細: waters picked at level greater than 3.0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.27 927 3.9 %
Rwork0.25 --
obs-19012 80.8 %
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--9.13 Å20 Å20 Å2
2--2.964 Å20 Å2
3---6.166 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1528 0 0 64 1592

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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