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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1q15 | ||||||
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タイトル | Carbapenam Synthetase | ||||||
要素 | CarA | ||||||
キーワード | BIOSYNTHETIC PROTEIN / CMPr / (2S / 5S)-5-carboxymethylproline / b-LS / b-lactam synthetase / AS-B / class B asparagine synthetase / AMP-CPP / a / b-methyleneadenosine 5-triphosphate / CEA / N2-(carboxyethyl)-L-arginine / CMA / N2-(carboxylmethyl)-L-arginine | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 carbapenam-3-carboxylate synthase / asparagine synthase (glutamine-hydrolyzing) activity / asparagine biosynthetic process / antibiotic biosynthetic process / ATP binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Pectobacterium carotovorum (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å | ||||||
データ登録者 | Miller, M.T. / Gerratana, B. / Stapon, A. / Townsend, C.A. / Rosenzweig, A.C. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2003 タイトル: Crystal Structure of Carbapenam Synthetase (CarA) 著者: Miller, M.T. / Gerratana, B. / Stapon, A. / Townsend, C.A. / Rosenzweig, A.C. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1q15.cif.gz | 379.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1q15.ent.gz | 314 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1q15.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1q15_validation.pdf.gz | 455.7 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1q15_full_validation.pdf.gz | 494.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1q15_validation.xml.gz | 70.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1q15_validation.cif.gz | 96.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q1/1q15 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q1/1q15 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 56054.000 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Pectobacterium carotovorum (バクテリア) プラスミド: pET24a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9XB61 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.76 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 23-26 % (w/v) PEG 4000, 100 mM Na citrate, pH 5.6, 210-250 mM ammonium acetate, and 100 mM cesium chloride, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ / pH: 7.5 / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-1 / 波長: 0.9789,0.9417,0.9793 | ||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2003年1月26日 / 詳細: Flat mirror (vertical focusing) | ||||||||||||
放射 | モノクロメーター: single crystal Si(311) bent monochromator (horizontal focusing) プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 2.3→24.22 Å / Num. obs: 91582 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 1 / Biso Wilson estimate: 19.2 Å2 / Limit h max: 26 / Limit h min: -26 / Limit k max: 78 / Limit k min: -26 / Limit l max: 42 / Limit l min: 0 / Observed criterion F min: 14 / Rsym value: 0.091 / Net I/σ(I): 7.4 | ||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 2.3→2.42 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Rsym value: 0.311 / % possible all: 99.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 開始モデル: de novo 解像度: 2.3→19.98 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / Data cutoff high absF: 2498836.12 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: CNS bulk solvent model used / Bsol: 31.7287 Å2 / ksol: 0.383535 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 83.26 Å2 / Biso mean: 29.32 Å2 / Biso min: 5.41 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→19.98 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.3 Å / 最低解像度: 20 Å / % reflection Rfree: 10 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |