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万見
- PDB-1q0k: Crystal structure of Ni-containing superoxide dismutase with Ni-l... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1q0k
タイトルCrystal structure of Ni-containing superoxide dismutase with Ni-ligation corresponding to the thiosulfate-reduced state
要素Superoxide dismutase [Ni]
キーワードOXIDOREDUCTASE / HOMOHEXAMER OF FOUR-HELIX BUNDLES
機能・相同性
機能・相同性情報


superoxide dismutase / superoxide dismutase activity / nickel cation binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Nickel-containing superoxide dismutase / Superoxide dismutase, Nickel-type / Nickel-containing superoxide dismutase superfamily / Nickel-containing superoxide dismutase / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
NICKEL (II) ION / THIOSULFATE / Superoxide dismutase [Ni]
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces seoulensis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Wuerges, J. / Lee, J.-W. / Yim, Y.-I. / Yim, H.-S. / Kang, S.-O. / Djinovic Carugo, K.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2004
タイトル: Crystal structure of nickel-containing superoxide dismutase reveals another type of active site
著者: Wuerges, J. / Lee, J.-W. / Yim, Y.-I. / Yim, H.-S. / Kang, S.-O. / Djinovic Carugo, K.
履歴
登録2003年7月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年5月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Superoxide dismutase [Ni]
B: Superoxide dismutase [Ni]
C: Superoxide dismutase [Ni]
D: Superoxide dismutase [Ni]
E: Superoxide dismutase [Ni]
F: Superoxide dismutase [Ni]
G: Superoxide dismutase [Ni]
H: Superoxide dismutase [Ni]
I: Superoxide dismutase [Ni]
J: Superoxide dismutase [Ni]
K: Superoxide dismutase [Ni]
L: Superoxide dismutase [Ni]
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)161,69848
ポリマ－158,49512
非ポリマー3,20336
水9,080504
1
A: Superoxide dismutase [Ni]
B: Superoxide dismutase [Ni]
C: Superoxide dismutase [Ni]
D: Superoxide dismutase [Ni]
E: Superoxide dismutase [Ni]
F: Superoxide dismutase [Ni]
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,84924
ポリマ－79,2486
非ポリマー1,60118
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area17370 Å2
ΔGint-201 kcal/mol
Surface area26100 Å2
手法PISA
2
G: Superoxide dismutase [Ni]
H: Superoxide dismutase [Ni]
I: Superoxide dismutase [Ni]
J: Superoxide dismutase [Ni]
K: Superoxide dismutase [Ni]
L: Superoxide dismutase [Ni]
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,84924
ポリマ－79,2486
非ポリマー1,60118
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area17270 Å2
ΔGint-199 kcal/mol
Surface area26280 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)111.635, 113.651, 129.356
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Cell settingorthorhombic
Space group name H-MP212121
詳細The biological assembly is a homohexamer which shows a threefold symmetry axis and three twofold symmetry axes in a plane perpendicular to the threefold axis

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要素

#1: タンパク質
Superoxide dismutase [Ni] / E.C.1.15.1.1 / nickel-containing superoxide dismutase / NiSOD / Ni-containing superoxide dismutase


分子量: 13207.948 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: THE ASYMMETRIC UNIT CONTAINS TWO HEXAMERS / 由来: (天然) Streptomyces seoulensis (バクテリア) / 参照: UniProt: P80734, superoxide dismutase
#2: 化合物
ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物
ChemComp-THJ / THIOSULFATE


分子量: 112.128 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: O3S2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 504 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.1 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.25
詳細: ammonium sulfate, 2-propanol, pH 5.25, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 5.2R / 波長: 1.1271 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年6月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1271 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→40.2 Å / Num. all: 96025 / Num. obs: 95957 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 38.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.051 / Net I/σ(I): 10.3
反射 シェル解像度: 2.1→2.21 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.406 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique all: 13779 / % possible all: 99.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
CNS精密化
CCP4(SCALA)データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.1→40.2 Å / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.238 4836 5 %random
Rwork0.204 ---
all-96475 --
obs-95957 99.5 %-
原子変位パラメータBiso mean: 42.9 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→40.2 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11172 0 132 504 11808
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d18.6
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.76
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.39
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.08
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.26
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.25

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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