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万見
- PDB-1pzf: T.gondii LDH1 ternary complex with APAD+ and oxalate -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1pzf
タイトルT.gondii LDH1 ternary complex with APAD+ and oxalate
要素lactate dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / APAD / Rossmann fold / tetramer / apicomplexa
機能・相同性
機能・相同性情報


L-lactate dehydrogenase (NAD+) activity / lactate metabolic process / pyruvate metabolic process / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
Malate dehydrogenase, type 3 / L-2-Hydroxyisocaproate Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Lactate dehydrogenase/glycoside hydrolase, family 4, C-terminal / L-lactate/malate dehydrogenase / Lactate/malate dehydrogenase, N-terminal / Lactate/malate dehydrogenase, C-terminal / lactate/malate dehydrogenase, NAD binding domain / lactate/malate dehydrogenase, alpha/beta C-terminal domain / Lactate dehydrogenase/glycoside hydrolase, family 4, C-terminal / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain ...Malate dehydrogenase, type 3 / L-2-Hydroxyisocaproate Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Lactate dehydrogenase/glycoside hydrolase, family 4, C-terminal / L-lactate/malate dehydrogenase / Lactate/malate dehydrogenase, N-terminal / Lactate/malate dehydrogenase, C-terminal / lactate/malate dehydrogenase, NAD binding domain / lactate/malate dehydrogenase, alpha/beta C-terminal domain / Lactate dehydrogenase/glycoside hydrolase, family 4, C-terminal / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
3-ACETYLPYRIDINE ADENINE DINUCLEOTIDE / OXALATE ION / L-lactate dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Kavanagh, K.L. / Elling, R.A. / Wilson, D.K.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2004
タイトル: Structure of Toxoplasma gondii LDH1: Active-Site Differences from Human Lactate Dehydrogenases and the Structural Basis for Efficient APAD+ Use.
著者: Kavanagh, K.L. / Elling, R.A. / Wilson, D.K.
履歴
登録2003年7月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年2月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: lactate dehydrogenase
B: lactate dehydrogenase
C: lactate dehydrogenase
D: lactate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)145,96412
ポリマ－142,9624
非ポリマー3,0028
水6,738374
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area23870 Å2
ΔGint-109 kcal/mol
Surface area41180 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.065, 124.976, 86.686
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 106.09, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
lactate dehydrogenase / LDH


分子量: 35740.531 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
遺伝子: lactate dehydrogenase / プラスミド: pTYB2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P90613, L-lactate dehydrogenase
#2: 化合物
ChemComp-OXL / OXALATE ION / しゅう酸ジアニオン


分子量: 88.019 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2O4
#3: 化合物
ChemComp-A3D / 3-ACETYLPYRIDINE ADENINE DINUCLEOTIDE


分子量: 662.437 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H28N6O14P2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 374 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.34 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 0.9 M ammonium sulfate, 100 mM acetate, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
結晶化
*PLUS
温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
112 mg/mlprotein1drop
210 mMcosubstrate1drop
35 mMoxalate1dropor oxamate
40.85-0.90 Mammonium sulfate1reservoir
5100 mMacetate1reservoirpH4.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 1.03 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2002年3月15日
放射モノクロメーター: crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.03 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→30 Å / Num. all: 70916 / Num. obs: 70313 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / Rmerge(I) obs: 0.121 / Net I/σ(I): 9.2
反射 シェル解像度: 2.2→2.24 Å / Rmerge(I) obs: 0.386 / % possible all: 91.7
反射
*PLUS
Num. measured all: 224085
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.2 Å / % possible obs: 91.7 % / Mean I/σ(I) obs: 2.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
位相決定from isomorphous structureモデル構築
CNS1精密化
位相決定FROM ISOMORPHOUS STRUCTURE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1PZH

1pzh


解像度: 2.2→30 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2176 3559 5 %random
Rwork0.1775 ---
obs0.1775 70134 99.4 %-
all-70549 --
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.531 Å20 Å2-1.66 Å2
2--4.171 Å20 Å2
3----4.702 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9872 0 200 374 10446
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.6771.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it32
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.3652
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it4.0232.5
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1CNS_TOPPAR:protein_rep.paramCNS_TOPPAR:protein.top
X-RAY DIFFRACTION2par.oxltop.oxl
X-RAY DIFFRACTION3CNS_TOPPAR:water_rep.paramCNS_TOPPAR:water.top
X-RAY DIFFRACTION4par.apadtop.apad
拘束条件
*PLUS
タイプ: c_angle_deg / Dev ideal: 1.41

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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