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- PDB-1pyg: STRUCTURAL BASIS FOR THE ACTIVATION OF GLYCOGEN PHOSPHORYLASE B B... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1pyg
タイトルSTRUCTURAL BASIS FOR THE ACTIVATION OF GLYCOGEN PHOSPHORYLASE B BY ADENOSINE MONOPHOSPHATE
要素GLYCOGEN PHOSPHORYLASE B
キーワードGLYCOGEN PHOSPHORYLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


glycogen phosphorylase / glycogen phosphorylase activity / : / : / glycogen catabolic process / skeletal muscle myofibril / pyridoxal phosphate binding / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
Glycosyl transferase, family 35 / Glycogen/starch/alpha-glucan phosphorylase / Phosphorylase pyridoxal-phosphate attachment site / Carbohydrate phosphorylase / Phosphorylase pyridoxal-phosphate attachment site. / Glycogen Phosphorylase B; / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE MONOPHOSPHATE / PYRIDOXAL-5'-DIPHOSPHATE / Glycogen phosphorylase, muscle form
類似検索 - 構成要素
生物種Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
手法X線回折 / 解像度: 2.87 Å
データ登録者Sprang, S.
引用
ジャーナル: Science / 年: 1991
タイトル: Structural basis for the activation of glycogen phosphorylase b by adenosine monophosphate.
著者: Sprang, S.R. / Withers, S.G. / Goldsmith, E.J. / Fletterick, R.J. / Madsen, N.B.
#1: ジャーナル: Protein Sci. / 年: 1992
タイトル: Multiple Phosphate Positions in the Catalytic Site of Glycogen Phosphorylase: Structure of the Pyridoxal-5'-Pyrophosphate Coenzyme-Substrate Analog
著者: Sprang, S.R. / Madsen, N.B. / Withers, S.G.
#2: ジャーナル: Science / 年: 1989
タイトル: Domain Separation in the Activation of Glycogen Phosphorylase A
著者: Goldsmith, E.J. / Sprang, S.R. / Hamlin, R. / Xuong, N.-H. / Fletterick, R.J.
#3: ジャーナル: Nature / 年: 1988
タイトル: Structural Changes in Glycogen Phosphorylase Induced by Phosphorylation
著者: Sprang, S.R. / Acharya, K.R. / Goldsmith, E.J. / Stuart, D.I. / Varvill, K. / Fletterick, R.J. / Madsen, N.B. / Johnson, L.N.
#4: ジャーナル: Science / 年: 1987
タイトル: Structure of the Nucleotide Activation Switch in Glycogen Phosphorylase A
著者: Sprang, S. / Goldsmith, E. / Fletterick, R.
#5: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1982
タイトル: Catalytic Site of Glycogen Phosphorylase: Structural Changes During Activation and Mechanistic Implications
著者: Withers, S.G. / Madsen, N.B. / Sprang, S.R. / Fletterick, R.J.
#6: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1981
タイトル: Evidence for Direct Phosphate-Phosphate Interaction between Pyridoxal Phosphate and Substrate in the Glycogen Phosphorylase Catalytic Mechanism
著者: Withers, S.G. / Madsen, N.B. / Sykes, B.D. / Takagi, M. / Shimomura, S. / Fukui, T.
#7: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1979
タイトル: The Structure of Glycogen Phosphorylase a at 2.5 Angstroms Resolution
著者: Sprang, S. / Fletterick, R.J.
履歴
登録1992年7月7日処理サイト: BNL
改定 1.01994年1月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32024年6月5日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GLYCOGEN PHOSPHORYLASE B
B: GLYCOGEN PHOSPHORYLASE B
C: GLYCOGEN PHOSPHORYLASE B
D: GLYCOGEN PHOSPHORYLASE B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)391,86212
ポリマ－389,1654
非ポリマー2,6978
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)169.900, 209.900, 123.400
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Atom site foot note1: LEU B 834 - PRO B 835 OMEGA =149.97 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.350535, -0.933351, 0.077341), (-0.934715, 0.343488, -0.091235), (0.058589, -0.104273, -0.992821)131.83342, 97.40679, 73.89686
2given(0.353237, 0.935351, 0.018495), (0.935352, -0.353489, 0.012713), (0.018429, 0.012808, -0.999748)-25.14774, 35.31074, 68.63091
3given(-0.99478, 0.008122, -0.101724), (-0.015958, -0.996945, 0.076459), (-0.100792, 0.077683, 0.99187)114.06797, 127.50858, 0.79177
詳細THE TRANSFORMATION PRESENTED AS *MTRIX 1* BELOW WILL YIELD APPROXIMATE COORDINATES FOR CHAIN *B* WHEN APPLIED TO CHAIN *A*. THE TRANSFORMATION PRESENTED AS *MTRIX 2* BELOW WILL YIELD APPROXIMATE COORDINATES FOR CHAIN *C* WHEN APPLIED TO CHAIN *A*. THE TRANSFORMATION PRESENTED AS *MTRIX 3* BELOW WILL YIELD APPROXIMATE COORDINATES FOR CHAIN *D* WHEN APPLIED TO CHAIN *A*.

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要素

#1: タンパク質
GLYCOGEN PHOSPHORYLASE B


分子量: 97291.203 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: P00489, glycogen phosphorylase
#2: 化合物
ChemComp-AMP / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / AMP


分子量: 347.221 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O7P / コメント: AMP*YM
#3: 化合物
ChemComp-PDP / PYRIDOXAL-5'-DIPHOSPHATE


分子量: 327.122 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H11NO9P2
構成要素の詳細PLPP-GPB IS STABILIZED IN THE CATALYTICALLY ACTIVE R-STATE BY ADENOSINE MONOPHOSPHATE. IN THE ...PLPP-GPB IS STABILIZED IN THE CATALYTICALLY ACTIVE R-STATE BY ADENOSINE MONOPHOSPHATE. IN THE ABSENCE OF GLYCOGEN, PHOSPHORYLASE DIMERS ASSOCIATE TO FORM TETRAMERS WITH 222 SYMMETRY. THE ASYMETRIC UNIT CONTAINS ONE TETRAMER OF PHOSPHORYLASE. SUBUNITS ARE NUMBERED AS CHAINS A, B, C, AND D. THE PYROPHOSPHORYL GROUP OF THE COENZYME ANALOG IS FOUND IN TWO CONFORMATIONS, GIVEN CHAIN LOCATION INDICATORS A AND B.
Has protein modificationY
非ポリマーの詳細PYRIDOXAL-5'-PYROPHOSPHORYL GLYCOGEN PHOSPHORYLASE B (PLPP-GPB) IS A COVALENT ANALOG OF THE ENZYME- ...PYRIDOXAL-5'-PYROPHOSPHORYL GLYCOGEN PHOSPHORYLASE B (PLPP-GPB) IS A COVALENT ANALOG OF THE ENZYME-SUBSTRATE COMPLEX WHERE THE SUBSTRATE IS INORGANIC PHOSPHATE. PHOSPHORYLASE CATALYSES THE PHOSPHOROLYTIC DEGRADATION OF GLYCOGEN, A POLYMER OF GLUCOSE UNITS CONNECTED BY ALPHA-D-(1,4) LINKAGES. THE PRODUCT, GLUCOSE-1-PHOSPHATE (G-1-P), IS GENERATED BY NUCLEOPHILIC SUBSTITUTION BY PHOSPHATE AT THE 1' POSITION OF THE NON-REDUCING HEXOSE, WITH PROTONATION OF THE O4' OXYGEN OF THE POLYMERIC LEAVING GROUP. THE REACTION MECHANISM IS KNOWN TO INVOLVE CLOSE APPROXIMATION BETWEEN THE PHOSPHATE GROUP OF THE COENZYME (PYRIDOXAL PHOSPHATE) AND THE SUBSTRATE PHOSPHATE (THE REACTION IS FREELY REVERSIBLE WITH A K EQ NEAR 1. THE REVERSE REACTION LENGTHENS THE AMYLOSE CHAIN BY ONE UNIT WITH OLIGOSACCHARIDE AND G-1-P AS SUBSTRATES). THUS, PYRIDOXAL-5'-PYROPHOSPHORYL IS A COVALENT MIMIC OF THE PHOSPHATE-PHOSPHATE BRIDGE THOUGHT TO FORM NEAR THE TRANSITION STATE. SPECIFICALLY, PLPP MIMICS THE CLOSE CONTACT EXPECTED FOR A PSEUDO-BOND BETWEEN THE PHOSPHATE GROUPS WITH PYRIMIDALIZATION OF THE PLP PHOSPHATE, AS PROPOSED FOR AN ELECTROPHILIC CATALYTIC ROLE OF THE PLP. PLPP IS ATTACHED TO LYSINE 680 BY A SHIFF BASE LINKAGE.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.47 %
結晶化
*PLUS
pH: 6.8 / 手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
15-7 mg/mlprotein1drop
250 mMtriethanolamine1drop
3100 mM1dropKCl
41 mMethylenediaminetetraacetic acid1drop
51 mMdithiothreitol1drop
62.5 mMmagnesium acetate1drop
70.5 mMAMP1drop
812.5 mMmaltoheptaose1drop
93-4 %PEG80001drop
108 %PEG80001reservoir

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データ収集

放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射
*PLUS
最高解像度: 3 Å / Num. all: 88004 / Num. obs: 77728 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(I): 3 / Num. measured all: 522198 / Rmerge(I) obs: 0.053

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解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR精密化
X-PLOR位相決定
精密化解像度: 2.87→8 Å / Rfactor Rwork: 0.185 / Rfactor all: 0.22
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.87→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数25970 0 168 0 26138
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.014
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg3.2
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 3 Å / 最低解像度: 8 Å / Rfactor obs: 0.185
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
タイプ: x_angle_d / Dev ideal: 3.2

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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