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- PDB-1pxy: Crystal structure of the actin-crosslinking core of Arabidopsis f... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1pxy
タイトルCrystal structure of the actin-crosslinking core of Arabidopsis fimbrin
要素fimbrin-like protein
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / CALPONIN HOMOLOGY / F-ACTIN-BINDING DOMAIN (ABD) / F-ACTIN-CROSSLINKING / Structural Genomics / PSI / Protein Structure Initiative / New York SGX Research Center for Structural Genomics / NYSGXRC
機能・相同性
機能・相同性情報


actin filament network formation / actin filament bundle / actin filament bundle assembly / actin filament / circadian rhythm / actin filament binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Fimbrin/Plastin / Calponin-like domain / Actin-binding Protein, T-fimbrin; domain 1 / Actinin-type actin-binding domain signature 2. / Actinin-type actin-binding domain, conserved site / Calponin homology domain / Calponin homology (CH) domain / Calponin homology domain / CH domain superfamily / Calponin homology (CH) domain profile. ...Fimbrin/Plastin / Calponin-like domain / Actin-binding Protein, T-fimbrin; domain 1 / Actinin-type actin-binding domain signature 2. / Actinin-type actin-binding domain, conserved site / Calponin homology domain / Calponin homology (CH) domain / Calponin homology domain / CH domain superfamily / Calponin homology (CH) domain profile. / EF-hand domain pair / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Klein, M.G. / Shi, W. / Tseng, Y. / Wirtz, D. / Almo, S.C. / Burley, S.K. / New York SGX Research Center for Structural Genomics (NYSGXRC)
引用ジャーナル: Structure / 年: 2004
タイトル: Structure of the actin crosslinking core of fimbrin.
著者: Klein, M.G. / Shi, W. / Ramagopal, U. / Tseng, Y. / Wirtz, D. / Kovar, D.R. / Staiger, C.J. / Almo, S.C.
履歴
登録2003年7月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年6月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年2月3日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / struct_ref_seq_dif
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42021年10月27日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.52023年8月16日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: fimbrin-like protein
B: fimbrin-like protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)115,0952
ポリマ－115,0952
非ポリマー00
水3,423190
1
A: fimbrin-like protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,5481
ポリマ－57,5481
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: fimbrin-like protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,5481
ポリマ－57,5481
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)62.688, 104.981, 104.411
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 103.93, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 fimbrin-like protein


分子量: 57547.645 Da / 分子数: 2 / 断片: actin-crosslinking core, residues 123-623 / 変異: V240L / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
プラスミド: pGEX4T-2 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q7G188
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 190 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.53 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.2
詳細: 6% PEG 8000, 100 mM Tris, 1mM DTT, pH 8.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 200 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X9B / 波長: 0.984, 0.9786, 0.9789, 0.9560
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2001年3月1日
放射モノクロメーター: Double flat crystal monochromator with fixed exit geometry
プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.9841
20.97861
30.97891
40.9561
反射解像度: 2.4→30 Å / Num. all: 51046 / Num. obs: 44865 / % possible obs: 87.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.97 % / Rsym value: 0.067 / Net I/σ(I): 20.71
反射 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.315 / Mean I/σ(I) obs: 3.35 / Num. unique all: 4394 / Rsym value: 0.303 / % possible all: 86.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
CNS1精密化
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散
開始モデル: PDB ENTRY 1AOA

1aoa


解像度: 2.4→20 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2699 4559 -RANDOM
Rwork0.2293 ---
all0.2293 44865 --
obs0.2293 44865 93.3 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7518 0 0 190 7708
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.49 Å /
Rfactor反射数
Rfree0.3347 298
Rwork0.2761 -
obs-3167

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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