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万見
- PDB-1pu7: Crystal structure of H.pylori 3-methyladenine DNA glycosylase (Ma... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1pu7
タイトルCrystal structure of H.pylori 3-methyladenine DNA glycosylase (MagIII) bound to 3,9-dimethyladenine
要素3-METHYLADENINE DNA GLYCOSYLASE
キーワードHYDROLASE / Helix-hairpin-helix / 3-Methyladenine / BASE EXCISION REPAIR / GLYCOSYLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


base-excision repair / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / endonuclease activity
類似検索 - 分子機能
Helix-hairpin-helix motif / Helix-hairpin-Helix base-excision DNA repair enzymes (C-terminal) / Endonuclease Iii, domain 2 / Hypothetical protein; domain 2 / HhH-GPD superfamily base excision DNA repair protein / Helix-hairpin-helix, base-excision DNA repair, C-terminal / HhH-GPD domain / endonuclease III / Endonuclease III; domain 1 / DNA glycosylase ...Helix-hairpin-helix motif / Helix-hairpin-Helix base-excision DNA repair enzymes (C-terminal) / Endonuclease Iii, domain 2 / Hypothetical protein; domain 2 / HhH-GPD superfamily base excision DNA repair protein / Helix-hairpin-helix, base-excision DNA repair, C-terminal / HhH-GPD domain / endonuclease III / Endonuclease III; domain 1 / DNA glycosylase / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
6-AMINO-3,9-DIMETHYL-9H-PURIN-3-IUM / BETA-MERCAPTOETHANOL / Endonuclease III
類似検索 - 構成要素
生物種Helicobacter pylori (ピロリ菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.93 Å
データ登録者Eichman, B.F. / O'Rourke, E.J. / Radicella, J.P. / Ellenberger, T.
引用
ジャーナル: Embo J. / 年: 2003
タイトル: Crystal structures of 3-methyladenine DNA glycosylase MagIII and the recognition of alkylated bases
著者: Eichman, B.F. / O'Rourke, E.J. / Radicella, J.P. / Ellenberger, T.
#1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2000
タイトル: A NOVEL 3-METHYLADENINE DNA GLYCOSYLASE FROM HELICOBACTER PYLORI DEFINES A NEW CLASS WITHIN THE ENDONUCLEASE III FAMILY OF BASE EXCISION REPAIR GLYCOSYLASES
著者: O'ROURKE, E.J. / CHEVALIER, C. / BOITEUX, S. / LABIGNE, A. / IELPI, L. / RADICELLA, J.P.
履歴
登録2003年6月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年10月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.32023年8月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
Remark 999SEQUENCE THE DIFFERENCES BETWEEN THE SEQUENCES IN THE PDB ENTRY 1PU6 AND IN THE DATABASE REFERENCE ...SEQUENCE THE DIFFERENCES BETWEEN THE SEQUENCES IN THE PDB ENTRY 1PU6 AND IN THE DATABASE REFERENCE ARE DUE TO THE PARTICULAR H.PYLORI STRAIN. DATABASE REFERENCE REFERS TO H.PYLORI STRAIN J99; MAGIII WAS CLONED FROM H.PYLORI STRAIN 13/5 (SEE REFERENCE 1)

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 3-METHYLADENINE DNA GLYCOSYLASE
B: 3-METHYLADENINE DNA GLYCOSYLASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,9216
ポリマ－50,4362
非ポリマー4854
水6,521362
1
A: 3-METHYLADENINE DNA GLYCOSYLASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,4603
ポリマ－25,2181
非ポリマー2422
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: 3-METHYLADENINE DNA GLYCOSYLASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,4603
ポリマ－25,2181
非ポリマー2422
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)146.605, 44.399, 81.516
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 106.40, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

#1: タンパク質 3-METHYLADENINE DNA GLYCOSYLASE


分子量: 25218.064 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Helicobacter pylori (ピロリ菌) / 株: 13-5 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O25323
#2: 化合物 ChemComp-39A / 6-AMINO-3,9-DIMETHYL-9H-PURIN-3-IUM / 3,9-DIMETHYLADENINE / (3,9-ジメチル-6,9-ジヒドロ-3H-プリン-6-イリデン)イミニウム


分子量: 164.188 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H10N5
#3: 化合物 ChemComp-BME / BETA-MERCAPTOETHANOL / 2-メルカプトエタノ-ル


分子量: 78.133 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 362 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.24 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: PEG 4000, HEPES, MPD, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / 手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
14 mg/mlprotein1drop
22 %MPD1reservoir

-
データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: ELLIOTT GX-13 / 波長: 1.542 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2002年9月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.542 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.93→50 Å / Num. all: 35778 / Num. obs: 35778 / % possible obs: 95.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.2 % / Biso Wilson estimate: 21.3 Å2 / Rsym value: 0.05 / Net I/σ(I): 21.2
反射 シェル解像度: 1.93→2.02 Å / 冗長度: 3 % / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique all: 3327 / Rsym value: 0.299 / % possible all: 90.3
反射
*PLUS
Rmerge(I) obs: 0.05
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 90.3 % / Num. unique obs: 3327 / Rmerge(I) obs: 0.299

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1PU6

1pu6


解像度: 1.93→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.927 / SU B: 3.636 / SU ML: 0.102 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.168 / ESU R Free: 0.151
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2223 1837 5.1 %RANDOM
Rwork0.18309 ---
all0.1851 33940 --
obs0.1851 33940 93.47 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 12.48 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å2-0.3 Å2
2--0.81 Å20 Å2
3----0.97 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.93→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3461 0 32 362 3855
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0223578
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5461.9744824
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.3695428
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0990.2533
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.022658
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2120.21829
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1380.2308
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2980.279
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1330.227
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7371.52141
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.28523418
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.19631437
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.2584.51406
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.93→1.98 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.39 91
Rwork0.383 1733
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.6508-0.1184-0.22290.9220.03772.4192-0.0719-0.1369-0.02540.0920.0485-0.08580.07640.18060.02340.13070.0366-0.01680.1737-0.00720.131118.560919.023956.3694
21.02990.10390.17861.76310.5751.4630.00390.0749-0.0285-0.050.0446-0.070.01360.0791-0.04850.1301-0.00260.0120.1755-0.0030.1166109.600712.782234.7603
31.80990.0514-0.0121.4995-0.14182.1616-0.0262-0.152-0.07380.16970.0797-0.12350.01360.2532-0.05360.11410.013-0.02220.1872-0.00970.1334131.542841.13114.6352
40.84930.06250.02791.24520.35131.27540.00070.0067-0.0228-0.07230.0365-0.0529-0.03850.0588-0.03730.1273-0.00630.00710.1765-0.00470.1373120.402135.992-5.9139
5-106.393362.915321.4882-27.615139.7698-57.5695-0.0846-0.0960.1154-0.9676-0.98710.072-0.74910.71461.07170.1726-0.0023-0.00340.1682-0.0080.1694118.35119.346246.4965
6-62.803674.229635.06083.458123.8404-44.8285-0.08040.1437-0.0213-1.45050.41260.167-0.59310.8529-0.33220.1734-0.0027-0.00310.1707-0.00490.1729130.499732.10314.2275
70.0596-0.0019-0.04510.0524-0.06850.4214-0.00160.0059-0.00340.00450.0054-0.01190.01670.0455-0.00380.0216-0.0158-0.00330.0217-0.01670.0367116.822126.556921.751
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A2 - 24
2X-RAY DIFFRACTION1A145 - 216
3X-RAY DIFFRACTION2A25 - 144
4X-RAY DIFFRACTION2A983
5X-RAY DIFFRACTION3B2 - 24
6X-RAY DIFFRACTION3B145 - 216
7X-RAY DIFFRACTION4B25 - 144
8X-RAY DIFFRACTION4B983
9X-RAY DIFFRACTION5A219
10X-RAY DIFFRACTION6B220
11X-RAY DIFFRACTION7A303 - 662
12X-RAY DIFFRACTION7B301 - 659
精密化
*PLUS
最低解像度: 50 Å / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rfree: 0.222 / Rfactor Rwork: 0.183
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_d0.015
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_deg1.546

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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