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- PDB-1ptr: PROTEIN KINASE C DELTA CYS2 DOMAIN COMPLEXED WITH PHORBOL-13-ACETATE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ptr
タイトルPROTEIN KINASE C DELTA CYS2 DOMAIN COMPLEXED WITH PHORBOL-13-ACETATE
要素PROTEIN KINASE C DELTA TYPE
キーワードPHOSPHOTRANSFERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


DAG and IP3 signaling / positive regulation of glucosylceramide catabolic process / VEGFR2 mediated cell proliferation / positive regulation of sphingomyelin catabolic process / Apoptotic cleavage of cellular proteins / SHC1 events in ERBB2 signaling / Effects of PIP2 hydrolysis / regulation of ceramide biosynthetic process / Interferon gamma signaling / HuR (ELAVL1) binds and stabilizes mRNA ...DAG and IP3 signaling / positive regulation of glucosylceramide catabolic process / VEGFR2 mediated cell proliferation / positive regulation of sphingomyelin catabolic process / Apoptotic cleavage of cellular proteins / SHC1 events in ERBB2 signaling / Effects of PIP2 hydrolysis / regulation of ceramide biosynthetic process / Interferon gamma signaling / HuR (ELAVL1) binds and stabilizes mRNA / Calmodulin induced events / endolysosome / negative regulation of filopodium assembly / positive regulation of ceramide biosynthetic process / Role of phospholipids in phagocytosis / termination of signal transduction / diacylglycerol-dependent, calcium-independent serine/threonine kinase activity / calcium,diacylglycerol-dependent serine/threonine kinase activity / protein kinase C / cellular response to hydroperoxide / CLEC7A (Dectin-1) signaling / negative regulation of glial cell apoptotic process / RHO GTPases Activate NADPH Oxidases / negative regulation of actin filament polymerization / neutrophil activation / negative regulation of platelet aggregation / B cell proliferation / immunoglobulin mediated immune response / insulin receptor substrate binding / cellular response to angiotensin / negative regulation of MAPK cascade / Neutrophil degranulation / negative regulation of insulin receptor signaling pathway / post-translational protein modification / enzyme activator activity / positive regulation of superoxide anion generation / positive regulation of apoptotic signaling pathway / cell chemotaxis / non-membrane spanning protein tyrosine kinase activity / non-specific protein-tyrosine kinase / cellular response to hydrogen peroxide / positive regulation of protein import into nucleus / nuclear matrix / cellular response to UV / cellular senescence / cell-cell junction / peptidyl-serine phosphorylation / defense response to bacterium / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / apoptotic process / DNA damage response / protein kinase binding / perinuclear region of cytoplasm / endoplasmic reticulum / mitochondrion / zinc ion binding / ATP binding / nucleus / membrane / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Protein kinase C, delta / Protein kinase C delta/epsilon/eta/theta, C2 domain / Protein kinase C, delta/epsilon/eta/theta types / Wheat Germ Agglutinin (Isolectin 2); domain 1 - #20 / Protein kinase, C-terminal / Protein kinase C terminal domain / Wheat Germ Agglutinin (Isolectin 2); domain 1 / Diacylglycerol/phorbol-ester binding / Phorbol esters/diacylglycerol binding domain (C1 domain) / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type signature. ...Protein kinase C, delta / Protein kinase C delta/epsilon/eta/theta, C2 domain / Protein kinase C, delta/epsilon/eta/theta types / Wheat Germ Agglutinin (Isolectin 2); domain 1 - #20 / Protein kinase, C-terminal / Protein kinase C terminal domain / Wheat Germ Agglutinin (Isolectin 2); domain 1 / Diacylglycerol/phorbol-ester binding / Phorbol esters/diacylglycerol binding domain (C1 domain) / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type signature. / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type profile. / Protein kinase C conserved region 1 (C1) domains (Cysteine-rich domains) / Protein kinase C-like, phorbol ester/diacylglycerol-binding domain / C2 domain / C2 domain profile. / C1-like domain superfamily / Extension to Ser/Thr-type protein kinases / AGC-kinase, C-terminal / AGC-kinase C-terminal domain profile. / C2 domain superfamily / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
13-ACETYLPHORBOL / Protein kinase C delta type
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Zhang, G. / Hurley, J.H.
引用ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 1995
タイトル: Crystal structure of the cys2 activator-binding domain of protein kinase C delta in complex with phorbol ester.
著者: Zhang, G. / Kazanietz, M.G. / Blumberg, P.M. / Hurley, J.H.
履歴
登録1995年5月11日処理サイト: BNL
改定 1.01995年7月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN KINASE C DELTA TYPE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,3494
ポリマ－5,8121
非ポリマー5373
水00
1
A: PROTEIN KINASE C DELTA TYPE
ヘテロ分子

A: PROTEIN KINASE C DELTA TYPE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,6988
ポリマ－11,6242
非ポリマー1,0756
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_566x,-y+1,-z+11
単位格子
Length a, b, c (Å)32.400, 63.500, 65.500
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質・ペプチド PROTEIN KINASE C DELTA TYPE


分子量: 5811.855 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P28867, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; キナーゼ（アルコールにつなげるもの）
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-PRB / 13-ACETYLPHORBOL / ホルボ-ル13-アセタ-ト


分子量: 406.469 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H30O7

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.55 %
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / pH: 6.8 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: used as seeds
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
18 mg/mlprotein1drop
255 %ammonium sulfate1drop
30.1 Mphosphate1drop
41 mMDTT1drop
525 %isopropanol1reservoir
60.2 Mammonium acetate1reservoir
70.1 Msodium phosphate1reservoir

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データ収集

放射光源波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IIC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1995年1月5日
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→20 Å / Num. obs: 3215 / % possible obs: 94.6 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 9 % / Rmerge(I) obs: 0.06
反射
*PLUS
Rmerge(I) obs: 0.06

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3.1モデル構築
X-PLOR3.1精密化
DENZOデータ削減
X-PLOR3.1位相決定
精密化解像度: 2.2→6 Å / σ(F): 0 /
Rfactor反射数
Rwork0.194 -
obs0.194 3215
原子変位パラメータBiso mean: 19.4 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数387 0 31 0 418
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg3.2
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
タイプ: x_bond_d / Dev ideal: 0.013

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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