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- PDB-1pt3: Crystal structures of nuclease-ColE7 complexed with octamer DNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1pt3
タイトルCrystal structures of nuclease-ColE7 complexed with octamer DNA
要素
  • 5'-GCGATCGC-3'
  • Colicin E7
キーワードHydrolase/DNA / HNH MOTIF / ENDONUCLEASE / COLICIN / PROTEIN-DNA COMPLEX / Hydrolase-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


extrachromosomal circular DNA / endonuclease activity / killing of cells of another organism / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / defense response to bacterium / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Colicin E7 immunity protein; Chain B, fragment: Endonuclease domain / Colicin/pyocin, DNase domain / Colicin/pyocin, DNase domain superfamily / Colicin/Pyocin-S2, DNase domain / Colicin, receptor domain / Coiled-coil receptor-binding R-domain of colicin E2 / Cloacin colicin family / Colicin-like bacteriocin tRNase domain / Pyosin/cloacin translocation domain / Pyosin/cloacin translocation domain superfamily ...Colicin E7 immunity protein; Chain B, fragment: Endonuclease domain / Colicin/pyocin, DNase domain / Colicin/pyocin, DNase domain superfamily / Colicin/Pyocin-S2, DNase domain / Colicin, receptor domain / Coiled-coil receptor-binding R-domain of colicin E2 / Cloacin colicin family / Colicin-like bacteriocin tRNase domain / Pyosin/cloacin translocation domain / Pyosin/cloacin translocation domain superfamily / HNH nucleases / HNH nuclease / His-Me finger superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Escherichia coli str. K12 substr. (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Hsia, K.C. / Chak, K.F. / Cheng, Y.S. / Ku, W.Y. / Yuan, H.S.
引用ジャーナル: STRUCTURE / 年: 2004
タイトル: DNA binding and degradation by the HNH protein ColE7.
著者: Hsia, K.C. / Chak, K.F. / Liang, P.H. / Cheng, Y.S. / Ku, W.Y. / Yuan, H.S.
履歴
登録2003年6月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年3月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32023年8月16日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: 5'-GCGATCGC-3'
D: 5'-GCGATCGC-3'
G: 5'-GCGATCGC-3'
H: 5'-GCGATCGC-3'
E: 5'-GCGATCGC-3'
F: 5'-GCGATCGC-3'
A: Colicin E7
B: Colicin E7


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,8898
ポリマ－43,8898
非ポリマー00
水4,179232
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)59.430, 46.470, 78.450
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.39, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 2 CHAIN(S).

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要素

#1: DNA鎖
5'-GCGATCGC-3'


分子量: 2427.605 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: This sequence occurs naturally in E. coli.
#2: タンパク質 Colicin E7 / 3.1.-.-


分子量: 14661.624 Da / 分子数: 2 / Fragment: residues 449-576 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli str. K12 substr. (大腸菌)
生物種: Escherichia coli / 株: W3110 / 遺伝子: COLE7 / プラスミド: PQE70 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): M15
参照: UniProt: Q47112, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 232 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.38 %
結晶化温度: 298 K / pH: 7.5
詳細: 2.5 mM EDTA, 12.5 mM Tris-HCl (pH 7.5), 0.1 M Ammonium Formate, and 10 % PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K, pH 7.50
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1EDTA11
2Tris-HCl11
3Ammonium Formate11
4PEG 335011
5H2O11
6PEG 335012
7Ammonium Formate12
8H2O12
結晶化
*PLUS
pH: 7.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
110 mg/mlprotein1drop
22.5 mMEDTA1drop
312.5 mMTris-HCl1droppH7.5
40.1 Mammonium formate1drop
510 %PEG33501drop
60.2 Mammonium formate1reservoir
720 %PEG33501reservoir
81

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データ収集

回折平均測定温度: 120 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL12B2 / 波長: 1
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2003年1月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→40 Å / Num. obs: 15076 / % possible obs: 96.6 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.07 % / Biso Wilson estimate: 32.2 Å2 / Rsym value: 0.045 / Net I/σ(I): 36.4
反射 シェル解像度: 2.49→2.58 Å / Mean I/σ(I) obs: 7.8 / Rsym value: 0.241 / % possible all: 84.4
反射
*PLUS
最高解像度: 2.5 Å / % possible obs: 96.7 % / Num. measured all: 61443 / Rmerge(I) obs: 0.04
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 83.2 % / Rmerge(I) obs: 0.236

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7CEI

7cei


解像度: 2.5→27.73 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Data cutoff high absF: 567313.87 / Data cutoff high rms absF: 567313.87 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.289 1455 10.1 %RANDOM
Rwork0.216 ---
obs0.216 14389 95.3 %-
all-14389 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 40.96 Å2 / ksol: 0.29 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 44.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.81 Å20 Å2-0.96 Å2
2--9.19 Å20 Å2
3----15 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.5 Å0.34 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.54 Å0.36 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→27.73 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2064 966 0 232 3262
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.011
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d4.83
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.461.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.462
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.082
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.262.5
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.66 Å / Rfactor Rfree error: 0.029 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.399 188 8.6 %
Rwork0.301 2004 -
obs--88.1 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2DNA-RNA_REP.PARAMDNA-RNA.TOP
X-RAY DIFFRACTION3WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION4ION.PARAMION.TOP
X-RAY DIFFRACTION5
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.5 Å / 最低解像度: 50 Å
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg23.4
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg4.83

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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