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- PDB-1psz: PNEUMOCOCCAL SURFACE ANTIGEN PSAA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1psz
タイトルPNEUMOCOCCAL SURFACE ANTIGEN PSAA
要素PROTEIN (SURFACE ANTIGEN PSAA)
キーワードIMMUNE SYSTEM / PSAA / ABC-TYPE BINDING PROTEIN / METAL-BINDING PROTEIN / PNEUMOCOCCAL SURFACE ANTIGEN
機能・相同性
機能・相同性情報


metal ion transport / cell adhesion / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Adhesin B / Adhesion lipoprotein / : / Periplasmic solute binding protein, ZnuA-like / Zinc-uptake complex component A periplasmic / Nitrogenase molybdenum iron protein domain / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Manganese ABC transporter substrate-binding lipoprotein PsaA
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)
手法X線回折 / 多重同系置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Lawrence, M.C. / Pilling, P.A. / Epa, V.C. / Berry, A.M. / Ogunniyi, A.D. / Paton, J.C.
引用
ジャーナル: Structure / 年: 1998
タイトル: The crystal structure of pneumococcal surface antigen PsaA reveals a metal-binding site and a novel structure for a putative ABC-type binding protein.
著者: Lawrence, M.C. / Pilling, P.A. / Epa, V.C. / Berry, A.M. / Ogunniyi, A.D. / Paton, J.C.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1998
タイトル: Expression, Purification and Preliminary X-Ray Crystallographic Analysis of PsaA, a Putative Metal-Transporter Protein of Streptococcus Pnuemoniae
著者: Pilling, P.A. / Lawrence, M.C. / Berry, A.M. / Ogunniyi, A.D. / Lock, R.A. / Paton, J.C.
履歴
登録1998年10月13日登録サイト: BNL / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年4月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12007年10月16日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年4月4日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.type
改定 1.42023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN (SURFACE ANTIGEN PSAA)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,2092
ポリマ－34,1431
非ポリマー651
水4,053225
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)60.024, 66.517, 69.838
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 PROTEIN (SURFACE ANTIGEN PSAA)


分子量: 34143.254 Da / 分子数: 1 / 変異: INCLUDES N-TERMINAL PURIFICATION TAG WRGSHHHHHHGSA / 由来タイプ: 組換発現
詳細: THE EXPRESSED CONSTRUCT LACKS THE PRO-LIPOPROTEIN RECOGNITION SEQUENCE LXXC
由来: (組換発現) Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)
株: D39 (SEROTYPE 2) / 細胞内の位置: EXTRACELLULAR / 細胞内の位置 (発現宿主): CYTOPLASM / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): SG12009 [PREP4] / 参照: UniProt: P0A4G2
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 225 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THE DATABASE ENTRY HAS RESIDUES 1 TO 309 THE CRYSTALLIZED PROTEIN HAS RESIDUES 20 TO 309 PRECEDED ...THE DATABASE ENTRY HAS RESIDUES 1 TO 309 THE CRYSTALLIZED PROTEIN HAS RESIDUES 20 TO 309 PRECEDED BY A 13 RESIDUE PURIFICATION TAG COORDINATES ARE PROVIDED FOR RESIDUES 24 TO 309

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 40 %
結晶化pH: 7.5
詳細: CRYSTALS WERE GROWN BY MICRO OR MACROSEEDING IN HANGING DROPS. PROTEIN CONCENTRATION 18 MG/ML. PRECIPITANT 3.0 M K2HPO4/NAH2PO4 (PH 7.5) 0.1 M MES ( PH 6.5) 0.1 M GUHCL AT 18 DEGREES.
結晶化
*PLUS
温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: Pilling, P.A., (1998) Acta Crystallogr., Sect.D, 54, 1464.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
13.0 Msodium potassium phosphate1droppH7.5
20.1 MMES1droppH6.5
30.1 M1dropGuHCl
43.0 Msodium potassium phosphate1reservoirpH7.5
50.1 MMES1reservoirpH6.5
60.1 M1reservoirGuHCl

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データ収集

回折平均測定温度: 108 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: MACSCIENCE M18X / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年6月15日 / 詳細: MIRRORS
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→20 Å / Num. obs: 19354 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 12.4
反射 シェル解像度: 2→2.05 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.39 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / % possible all: 99
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 99.6 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
SHARP位相決定
REFMAC精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 2→8 Å / SU B: 3.9 / SU ML: 0.11 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.2 / ESU R Free: 0.18
詳細: NO STEREOCHEMICAL CONSTRAINTS WERE APPLIED TO THE ZINC ION DURING REFINEMENT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.236 979 5 %RANDOM
Rwork0.178 ---
obs-19029 99.98 %-
原子変位パラメータBiso mean: 17.3 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2276 0 1 225 2502
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.0090.02
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.0270.04
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.0290.05
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it1.262
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it1.9443
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it1.6012
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it2.5053
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr0.0215
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.1010.15
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd0.1790.3
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd0.2530.3
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd0.1260.3
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor3.87
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor18.815
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor21.520
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor
ソフトウェア
*PLUS
名称: REFMAC / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor obs: 0.178
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 17.3 Å2
拘束条件
*PLUS
タイプ: p_mcbond_it / Dev ideal target: 2

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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