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- PDB-1psu: Structure of the E. coli PaaI protein from the phyenylacetic acid... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1psu
タイトルStructure of the E. coli PaaI protein from the phyenylacetic acid degradation operon
要素Phenylacetic acid degradation protein PaaI
キーワードHYDROLASE / STRUCTURAL GENOMICS / NYSGXRC / T820 / PHENYLACETIC ACID / DEGRADATION / OPERON / PSI / Protein Structure Initiative / New York SGX Research Center for Structural Genomics
機能・相同性
機能・相同性情報


acyl-CoA hydrolase activity / phenylacetate catabolic process / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3価のアルコールのエステル加水分解酵素
類似検索 - 分子機能
Phenylacetic acid degradation protein PaaD / : / Phenylacetic acid degradation-related domain / Thioesterase domain / Thioesterase superfamily / Hotdog Thioesterase / Thiol Ester Dehydrase; Chain A / HotDog domain superfamily / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Acyl-coenzyme A thioesterase PaaI
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Kniewel, R. / Buglino, J. / Solorzano, V. / Wu, J. / Lima, C.D. / Burley, S.K. / New York SGX Research Center for Structural Genomics (NYSGXRC)
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2006
タイトル: Structure, function, and mechanism of the phenylacetate pathway hot dog-fold thioesterase PaaI.
著者: Song, F. / Zhuang, Z. / Finci, L. / Dunaway-Mariano, D. / Kniewel, R. / Buglino, J.A. / Solorzano, V. / Wu, J. / Lima, C.D.
履歴
登録2003年6月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年7月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32013年11月13日Group: Database references
改定 1.42021年2月3日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: audit_author / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.52024年10月16日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phenylacetic acid degradation protein PaaI
B: Phenylacetic acid degradation protein PaaI


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,2002
ポリマ－30,2002
非ポリマー00
水2,576143
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1600 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area13090 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)69.847, 69.847, 117.168
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Cell settingtrigonal
Space group name H-MP3121
詳細UNKNOWN, BUT LIKELY DIMER FORMED BY SUBUNITS A AND B

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要素

#1: タンパク質 Phenylacetic acid degradation protein PaaI / paaI


分子量: 15100.206 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: PAAI / プラスミド: PET T7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834 DE3 / 参照: UniProt: P76084
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 143 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.9 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6
詳細: 13% PEG 4000, 0.1M Bis-Tris pH 6.0, 20% MPD, 0.2M Lithium Sulfate , VAPOR DIFFUSION, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.9798 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2003年6月7日
放射モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: SAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9798 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→20 Å / Num. all: 26774 / Num. obs: 26640 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 35.2 Å2 / Rsym value: 0.106
反射 シェル解像度: 1.9→1.97 Å / % possible all: 94.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
RESOLVEモデル構築
CNS1.1精密化
RESOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.2→19.87 Å / Rfactor Rfree error: 0.009 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.251 797 5.2 %RANDOM
Rwork0.22 ---
obs0.22 15441 89.1 %-
all-17330 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 40.1892 Å2 / ksol: 0.36252 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 36.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.44 Å21.5 Å20 Å2
2--4.44 Å20 Å2
3----8.89 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error free: 0.32 Å / Luzzati sigma a free: 0.26 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→19.87 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2002 0 0 143 2145
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.1
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d24.9
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.67
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.451.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.332
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.962
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it4.362.5
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.34 Å / Rfactor Rfree error: 0.027 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.304 123 5.8 %
Rwork0.268 1997 -
obs--75.1 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2DNA-RNA_REP.PARAMDNA-RNA.TOP
X-RAY DIFFRACTION3WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION4ION.PARAMION.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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