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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1pss | ||||||
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タイトル | CRYSTALLOGRAPHIC ANALYSES OF SITE-DIRECTED MUTANTS OF THE PHOTOSYNTHETIC REACTION CENTER FROM RHODOBACTER SPHAEROIDES | ||||||
要素 | (PHOTOSYNTHETIC REACTION ...) x 3 | ||||||
キーワード | PHOTOSYNTHETIC REACTION CENTER | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 : / plasma membrane-derived chromatophore membrane / plasma membrane light-harvesting complex / bacteriochlorophyll binding / photosynthesis, light reaction / electron transporter, transferring electrons within the cyclic electron transport pathway of photosynthesis activity / photosynthetic electron transport in photosystem II / membrane => GO:0016020 / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Rhodobacter sphaeroides (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 3 Å | ||||||
データ登録者 | Chirino, A.J. / Feher, G. / Rees, D.C. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 1994 タイトル: Crystallographic analyses of site-directed mutants of the photosynthetic reaction center from Rhodobacter sphaeroides. 著者: Chirino, A.J. / Lous, E.J. / Huber, M. / Allen, J.P. / Schenck, C.C. / Paddock, M.L. / Feher, G. / Rees, D.C. #1: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1988 タイトル: Structure of the Reaction Center from Rhodobacter Sphaeroides R-26 and 2.4.1:Protein-Cofactor (Bacteriochlorophyll,Bacteriopheophytin, and Carotenoid) Interactions 著者: Yeates, T.O. / Komiya, H. / Chirino, A. / Rees, D.C. / Allen, J.P. / Feher, G. #2: ジャーナル: Annu.Rev.Biochem. / 年: 1989 タイトル: The Bacterial Photosynthetic Reaction Center as a Model for Membrane Proteins 著者: Rees, D.C. / Komiya, H. / Yeates, T.O. / Allen, J.P. / Feher, G. #3: ジャーナル: Nature / 年: 1989 タイトル: Structure and Function of Bacterial Photosynthetic Reaction Centers 著者: Feher, G. / Allen, J.P. / Okamura, M.Y. / Rees, D.C. #4: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1988 タイトル: Structure of the Reaction Center from Rhodobacter Sphaeroides R-26 and 2.4.1: Symmetry Relations and Sequence Comparisons between Different Species 著者: Komiya, H. / Yeates, T.O. / Rees, D.C. / Allen, J.P. / Feher, G. #5: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1988 タイトル: Structure of the Reaction Center from Rhodobacter Sphaeroides R-26: Protein-Cofactor (Quinones and Fe2+) Interactions 著者: Allen, J.P. / Feher, G. / Yeates, T.O. / Komiya, H. / Rees, D.C. #6: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1987 タイトル: Structure of the Reaction Center from Rhodobacter Sphaeroides R-26: Membrane-Protein Interactions 著者: Yeates, T.O. / Komiya, H. / Rees, D.C. / Allen, J.P. / Feher, G. #7: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1987 タイトル: Structure of the Reaction Center from Rhodobacter Sphaeroides R-26: The Protein Subunits 著者: Allen, J.P. / Feher, G. / Yeates, T.O. / Komiya, H. / Rees, D.C. #8: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1987 タイトル: Structure of the Reaction Center from Rhodobacter Sphaeroides R-26: The Cofactors 著者: Allen, J.P. / Feher, G. / Yeates, T.O. / Komiya, H. / Rees, D.C. #9: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1986 タイトル: Structure Homology of the Reaction Center from Rhodopseudomonas Sphaeroides and Rhodopseudomonas Viridis as Determined by X-Ray Diffraction 著者: Allen, J.P. / Feher, G. / Yeates, T.O. / Rees, D.C. / Desenhofer, J. / Michel, H. / Huber, R. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1pss.cif.gz | 187.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1pss.ent.gz | 145.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1pss.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ps/1pss ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ps/1pss | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Atom site foot note | 1: LEU L 269 - PRO L 270 OMEGA = 34.32 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION 2: CIS PROLINE - PRO M 49 3: PRO M 96 - PRO M 97 OMEGA =125.41 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION 4: CIS PROLINE - PRO M 99 5: ARG H 83 - PRO H 84 OMEGA =251.89 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION 6: ALA H 245 - PRO H 246 OMEGA =149.81 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION |
-要素
-PHOTOSYNTHETIC REACTION ... , 3種, 3分子 LMH
#1: タンパク質 | 分子量: 29795.633 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Rhodobacter sphaeroides (バクテリア) 参照: UniProt: P02954, UniProt: P0C0Y8*PLUS |
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#2: タンパク質 | 分子量: 33209.246 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Rhodobacter sphaeroides (バクテリア) 参照: UniProt: P02953, UniProt: P0C0Y9*PLUS |
#3: タンパク質 | 分子量: 25691.557 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Rhodobacter sphaeroides (バクテリア) 参照: UniProt: P11846, UniProt: P0C0Y7*PLUS |
-非ポリマー , 5種, 10分子
#4: 化合物 | ChemComp-BCL / #5: 化合物 | #6: 化合物 | #7: 化合物 | ChemComp-FE / | #8: 化合物 | ChemComp-CRT / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.21 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS pH: 8 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: taken from Allen, J.P. et al (1986). Proc. Natl. Acad. Sci., 83, 8589-8593. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射 | 散乱光タイプ: x-ray |
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放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 3 Å / Num. obs: 21518 / % possible obs: 68.9 % / Num. measured all: 61853 / Rmerge(I) obs: 0.077 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | Rfactor Rwork: 0.223 / Rfactor obs: 0.223 / 最高解像度: 3 Å 詳細: THE STRUCTURE OF THE H-CHAIN IS BASED MAINLY ON MOLECULAR REPLACEMENT FROM THE RPS. VIRIDIS REACTION CENTER STRUCTURE AND IS LESS RELIABLE THAN REST OF THE STRUCTURE. IN GENERAL THE ...詳細: THE STRUCTURE OF THE H-CHAIN IS BASED MAINLY ON MOLECULAR REPLACEMENT FROM THE RPS. VIRIDIS REACTION CENTER STRUCTURE AND IS LESS RELIABLE THAN REST OF THE STRUCTURE. IN GENERAL THE TRANSMEMBRANE REGION OF THE STRUCTURE IS MORE RELIABLE THAN THE HYDROPHILIC REGIONS OF THE MOLECULE. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 最高解像度: 3 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 3 Å / Num. reflection obs: 18066 / σ(F): 2 / Rfactor obs: 0.223 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS タイプ: x_angle_d / Dev ideal: 3.41 |