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- PDB-1psa: STRUCTURE OF A PEPSIN(SLASH)RENIN INHIBITOR COMPLEX REVEALS A NOV... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1psa
タイトルSTRUCTURE OF A PEPSIN(SLASH)RENIN INHIBITOR COMPLEX REVEALS A NOVEL CRYSTAL PACKING INDUCED BY MINOR CHEMICAL ALTERATIONS IN THE INHIBITOR
要素PEPSIN A
キーワードHYDROLASE/hydrolase inhibitor / ACID PROTEINASE / HYDROLASE-hydrolase inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Surfactant metabolism / pepsin A / digestion / aspartic-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular exosome
類似検索 - 分子機能
Pepsin catalytic domain / Aspartic peptidase, N-terminal / A1 Propeptide / Eukaryotic aspartyl protease / Aspartic peptidase A1 family / Peptidase family A1 domain / Peptidase family A1 domain profile. / Cathepsin D, subunit A; domain 1 / Acid Proteases / Aspartic peptidase, active site ...Pepsin catalytic domain / Aspartic peptidase, N-terminal / A1 Propeptide / Eukaryotic aspartyl protease / Aspartic peptidase A1 family / Peptidase family A1 domain / Peptidase family A1 domain profile. / Cathepsin D, subunit A; domain 1 / Acid Proteases / Aspartic peptidase, active site / Eukaryotic and viral aspartyl proteases active site. / Aspartic peptidase domain superfamily / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
N-(ethoxycarbonyl)-L-leucyl-N-[(1R,2S,3S)-1-(cyclohexylmethyl)-2,3-dihydroxy-5-methylhexyl]-L-leucinamide / Chem-0ZL / Pepsin A
類似検索 - 構成要素
生物種Sus scrofa (ブタ)
手法X線回折 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Chen, L. / Abad-Zapatero, C.
引用
ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.B / 年: 1992
タイトル: Structure of a pepsin/renin inhibitor complex reveals a novel crystal packing induced by minor chemical alterations in the inhibitor.
著者: Chen, L. / Erickson, J.W. / Rydel, T.J. / Park, C.H. / Neidhart, D. / Luly, J. / Abad-Zapatero, C.
#1: ジャーナル: Adv.Exp.Med.Biol. / 年: 1991
タイトル: Inhibitor Binding Induces Structural Changes in Porcine Pepsin
著者: Abad-Zapatero, C. / Rydel, T.J. / Neidhart, D.J. / Luly, J. / Erickson, J.W.
#2: ジャーナル: Proteins / 年: 1990
タイトル: Revised 2.3 Angstroms Structure of Porcine Pepsin: Evidence for a Flexible Subdomain
著者: Abad-Zapatero, C. / Rydel, T.J. / Erickson, J.
履歴
登録1991年10月22日処理サイト: BNL
改定 1.01994年1月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Atomic model / Database references ...Atomic model / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary / Version format compliance
改定 1.32012年12月12日Group: Other
改定 1.42017年11月29日Group: Advisory / Derived calculations / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms ...pdbx_database_status / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conf / struct_conf_type
Item: _pdbx_database_status.process_site

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PEPSIN A
B: PEPSIN A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,1114
ポリマ－69,0272
非ポリマー1,0842
水1,982110
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)54.100, 74.400, 76.500
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 100.80
Int Tables number4
Space group name H-MP1121
Atom site foot note1: RESIDUES PRO A 23 AND PRO B 23 ARE CIS PROLINES.
2: RESIDUES 239 - 242 AND 278 - 281 OF CHAINS *A* AND *B* HAD THE WEAKEST ELECTRON DENSITY.
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.786, 0.036, 0.617), (0.043, -0.993, 0.113), (0.616, 0.116, 0.779)
ベクター: 54.298, 43.481, -21.646)
詳細THE TRANSFORMATION PRESENTED ON *MTRIX* RECORDS BELOW WILL YIELD APPROXIMATE COORDINATES FOR CHAIN *B* WHEN APPLIED TO CHAIN *A*.

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要素

#1: タンパク質 PEPSIN A


分子量: 34513.508 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: P00791, pepsin A
#2: 化合物 ChemComp-0ZL / N-(ethoxycarbonyl)-L-leucyl-N-[(1R,2S,3S)-1-(cyclohexylmethyl)-2,3-dihydroxy-5-methylhexyl]-L-leucinamide


タイプ: peptide-like, Peptide-like / クラス: 阻害剤 / 分子量: 541.763 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C29H55N3O6
参照: N-(ethoxycarbonyl)-L-leucyl-N-[(1R,2S,3S)-1-(cyclohexylmethyl)-2,3-dihydroxy-5-methylhexyl]-L-leucinamide
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 110 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
非ポリマーの詳細THE INHIBITOR A-62095 IS A TETRAPEPTIDE ANALOGUE WITH A T-BOC BLOCKING GROUP AND CONTAINING ...THE INHIBITOR A-62095 IS A TETRAPEPTIDE ANALOGUE WITH A T-BOC BLOCKING GROUP AND CONTAINING CYCLOHEXYL ALANINE AT THE P1 POSITION (XAO).

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.98 %
結晶化
*PLUS
pH: 2 / 手法: unknown
詳細: taken from Andreeva, N.S. et al (1984). J. Biol. Chem., 259, 11353-11365.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
120 mg/mlenzyme11
220 %ethanol11
32.5 Msulfuric acid11

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データ収集

放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射
*PLUS
最高解像度: 2.9 Å / 最低解像度: 3 Å / Num. all: 13736 / Num. obs: 11951 / % possible obs: 87 % / Num. measured all: 24379 / Rmerge(I) obs: 0.044

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解析

ソフトウェア名称: X-PLOR / 分類: 精密化
精密化解像度: 2.9→8 Å / Rfactor Rwork: 0.139
詳細: THE SPACE GROUP OF THIS STRUCTURE IS MONOCLINIC P21, WITH C AXIS UNIQUE. THE ASYMMETRIC UNIT CONTAINS TWO PEPSIN/ INHIBITOR COMPLEXES. RESIDUES 239 - 242 AND 278 - 281 OF CHAINS *A* AND *B* ...詳細: THE SPACE GROUP OF THIS STRUCTURE IS MONOCLINIC P21, WITH C AXIS UNIQUE. THE ASYMMETRIC UNIT CONTAINS TWO PEPSIN/ INHIBITOR COMPLEXES. RESIDUES 239 - 242 AND 278 - 281 OF CHAINS *A* AND *B* HAD THE WEAKEST ELECTRON DENSITY.
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4858 0 76 110 5044
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.014
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg3.17
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.9 Å / 最低解像度: 8 Å / Num. reflection all: 11284 / Rfactor obs: 0.139
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d3.17
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d27.6
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.3

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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