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- PDB-1prh: THE X-RAY CRYSTAL STRUCTURE OF THE MEMBRANE PROTEIN PROSTAGLANDIN... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1prh
タイトルTHE X-RAY CRYSTAL STRUCTURE OF THE MEMBRANE PROTEIN PROSTAGLANDIN H2 SYNTHASE-1
要素PROSTAGLANDIN H2 SYNTHASE-1
キーワードOXIDOREDUCTASE(DIOXYGENASE / PEROXIDASE)
機能・相同性
機能・相同性情報


prostaglandin-endoperoxide synthase / prostaglandin-endoperoxide synthase activity / cyclooxygenase pathway / oxidoreductase activity, acting on single donors with incorporation of molecular oxygen, incorporation of two atoms of oxygen / prostaglandin biosynthetic process / peroxidase activity / regulation of blood pressure / response to oxidative stress / neuron projection / intracellular membrane-bounded organelle ...prostaglandin-endoperoxide synthase / prostaglandin-endoperoxide synthase activity / cyclooxygenase pathway / oxidoreductase activity, acting on single donors with incorporation of molecular oxygen, incorporation of two atoms of oxygen / prostaglandin biosynthetic process / peroxidase activity / regulation of blood pressure / response to oxidative stress / neuron projection / intracellular membrane-bounded organelle / heme binding / endoplasmic reticulum membrane / protein homodimerization activity / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Myeloperoxidase, subunit C / Haem peroxidase domain superfamily, animal type / Haem peroxidase, animal-type / Haem peroxidase domain superfamily, animal type / Animal haem peroxidase / Animal heme peroxidase superfamily profile. / Laminin / Laminin / EGF-like domain ...: / Myeloperoxidase, subunit C / Haem peroxidase domain superfamily, animal type / Haem peroxidase, animal-type / Haem peroxidase domain superfamily, animal type / Animal haem peroxidase / Animal heme peroxidase superfamily profile. / Laminin / Laminin / EGF-like domain / Haem peroxidase superfamily / EGF-like domain profile. / EGF-like domain / Ribbon / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Prostaglandin G/H synthase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Ovis aries (ヒツジ)
手法X線回折 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Picot, D. / Loll, P.J. / Garavito, R.M.
引用
ジャーナル: Nature / 年: 1994
タイトル: The X-ray crystal structure of the membrane protein prostaglandin H2 synthase-1.
著者: Picot, D. / Loll, P.J. / Garavito, R.M.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1992
タイトル: X-Ray Crystal Structure of Canine Myeloperoxidase at 3 Angstroms Resolution
著者: Zeng, J. / Fenna, R.E.
履歴
登録1994年3月7日処理サイト: BNL
改定 1.01995年3月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年6月5日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification
Remark 650HELIX HELIX -- THE NOMENCLATURE FOR THE HELICES 1 - 19 IS BASED ON THE TOPOLOGICAL AND SPATIAL ...HELIX HELIX -- THE NOMENCLATURE FOR THE HELICES 1 - 19 IS BASED ON THE TOPOLOGICAL AND SPATIAL EQUIVALENCE OF SECONDARY STRUCTURE BETWEEN PROSTAGLANDIN H SYNTHASE AND MYELO-PEROXIDASE (ZENG AND FENNA, 1992). HELICES IDENTIFIED WITH A LETTER A - E HAVE NO EQUIVALENT IN MYELOPEROXIDASE.
Remark 700SHEET SHEET -- ONLY A SMALL REGION OF BETA-SHEET IS OBSERVED IN THE EGF-LIKE MODULE (RESIDUES 33 - ...SHEET SHEET -- ONLY A SMALL REGION OF BETA-SHEET IS OBSERVED IN THE EGF-LIKE MODULE (RESIDUES 33 - 72) ALTHOUGH THE EXACT HYDROGEN BONDING SCHEME IS NOT UNEQUIVOCAL AT THE PRESENT RESOLUTION.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROSTAGLANDIN H2 SYNTHASE-1
B: PROSTAGLANDIN H2 SYNTHASE-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)128,9684
ポリマ－127,7352
非ポリマー1,2332
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7140 Å2
ΔGint-66 kcal/mol
Surface area41010 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)99.400, 210.300, 233.100
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Atom site foot note1: CIS PROLINE - PRO A 127
2: ASP A 584 - PRO A 585 OMEGA = 240.54 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION
3: CIS PROLINE - PRO B 127
4: ASP B 584 - PRO B 585 OMEGA = 240.42 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.99534, -0.0599, 0.07562), (-0.05926, -0.23888, -0.96924), (0.07612, -0.9692, 0.23422)
ベクター: 81.43, 234.505, 179.08299)
詳細THE TRANSFORMATION PRESENTED ON *MTRIX* RECORDS BELOW WILL YIELD APPROXIMATE COORDINATES FOR CHAIN *B* WHEN APPLIED TO CHAIN *A*.

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要素

#1: タンパク質 PROSTAGLANDIN H2 SYNTHASE-1


分子量: 63867.344 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Ovis aries (ヒツジ)
参照: UniProt: P05979, prostaglandin-endoperoxide synthase
#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
構成要素の詳細RESIDUES ASN 68, ASN 144 AND ASN 410 ARE GLYCOSYLATED AND THE FIRST 1 - 2 SUGARS ARE VISIBLE IN THE MAP(S).
Has protein modificationY
非ポリマーの詳細COX -- THE CYCLOOXYGENASE ACTIVE SITE IS LOCATED WITHIN A LONG HYDROPHOBIC CHANNEL AT A REGION ...COX -- THE CYCLOOXYGENASE ACTIVE SITE IS LOCATED WITHIN A LONG HYDROPHOBIC CHANNEL AT A REGION DEFINED BY RESIDUES ARG 120, SER 530 (SITE OF ASPIRIN ACETYLATION), TYR 385, AND GLU 524. THE CRYSTALS CONTAIN A NON-STEROIDAL ANTI-INFLAMMATORY DRUG FLURBIPROFEN AND THE DRUG BINDING SITE HAS BEEN IDENTIFIED (SEE D. PICOT, P.J. LOLL AND R.M. GARAVITO, 1994), ALTHOUGH REGULARIZED AND REFINED COORDINATES FOR THE PROTEIN-BOUND DRUG ARE NOT YET AVAILABLE.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 74.19 %
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.7
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式詳細
120 mMsodium phosphate1drop
2100-200 mM1dropNaCl
30.6 %(w/v)beta-octyl glucopyranoside1drop
40.1 mMflurbiprofen1drop
52-4 %PEG40001drop
620 mMsodium phosphate1reservoir2-4 times concentrate
7100-200 mM1reservoirNaCl2-4 times concentrate
80.6 %(w/v)beta-octyl glucopyranoside1reservoir2-4 times concentrate
90.1 mMflurbiprofen1reservoir2-4 times concentrate
104-8 %PEG40001reservoir

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データ収集

放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射
*PLUS
最高解像度: 3.4 Å / Num. obs: 32349 / % possible obs: 96.3 % / Num. measured all: 112745 / Rmerge(I) obs: 0.076

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解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR精密化
X-PLOR位相決定
精密化解像度: 3.5→20 Å / σ(F): 2
詳細: COORDINATES GIVEN HERE FOR RESIDUES 33 - 586 WHERE THE MAIN CHAIN ELECTRON DENSITY IS WELL DEFINED. ELECTRON DENSITY FOR THE EXTREME AMINO-TERMINUS (RESIDUES 25 - 33) AND THE EXTREME C- ...詳細: COORDINATES GIVEN HERE FOR RESIDUES 33 - 586 WHERE THE MAIN CHAIN ELECTRON DENSITY IS WELL DEFINED. ELECTRON DENSITY FOR THE EXTREME AMINO-TERMINUS (RESIDUES 25 - 33) AND THE EXTREME C-TERMINUS (RESIDUES 587 - 600) IS POORLY DEFINED. RESOLUTION IS TOO LIMITED TO CLEARLY DEFINE TURN STEREOCHEMISTRY. PHASED BY MIR (3 DERIVATIVES), SOLVENT FLATTENED AND TWO-FOLD AVERAGED ABOUT THE NON-CRYSTALLOGRAPHIC SYMMETRY AXIS.
Rfactor反射数
Rfree0.316 -
Rwork0.267 -
obs0.267 32349
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.5→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9006 0 86 0 9092
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.014
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg3.2
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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