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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1pp2 | ||||||
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タイトル | THE REFINED CRYSTAL STRUCTURE OF DIMERIC PHOSPHOLIPASE A2 AT 2.5 ANGSTROMS. ACCESS TO A SHIELDED CATALYTIC CENTER | ||||||
![]() | CALCIUM-FREE PHOSPHOLIPASE A2 | ||||||
![]() | HYDROLASE | ||||||
機能・相同性 | ![]() phospholipase A2 activity => GO:0004623 / phospholipase A2 activity => GO:0004623 / phospholipase A2 activity / phospholipase A2 / arachidonic acid secretion / phospholipid metabolic process / lipid catabolic process / toxin activity / calcium ion binding / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() | ||||||
![]() | Brunie, S. / Sigler, P.B. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: The refined crystal structure of dimeric phospholipase A2 at 2.5 A. Access to a shielded catalytic center. 著者: Brunie, S. / Bolin, J. / Gewirth, D. / Sigler, P.B. #1: ![]() タイトル: A Comparison of the Crystal Structures of Phospholipase A2 from Bovine Pancreas and Crotalus Atrox Venom 著者: Renetseder, R. / Brunie, S. / Dijkstra, B.W. / Drenth, J. / Sigler, P.B. #2: ![]() タイトル: The 2.5 Angstroms Crystal Structure of a Dimeric Phospholipase A2 from the Venom of Crotalus Atrox 著者: Keith, C. / Feldman, D.S. / Deganello, S. / Glick, J. / Ward, K.B. / Jones, E.O. / Sigler, P.B. #3: ![]() タイトル: Characterization of Crystals of Two Venom Phospholipases A2 著者: Pasek, M. / Keith, C. / Feldman, D. / Sigler, P.B. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 62.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 45.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (-0.12725, 0.1029, -0.98652), ベクター: 詳細 | THE ENZYME IS A DIMER COMPOSED OF TWO IDENTICAL SUBUNITS OF 122 RESIDUES EACH. THE *RIGHT* SUBUNIT HAS BEEN ASSIGNED CHAIN IDENTIFIER *R*. THE *LEFT* SUBUNIT HAS BEEN ASSIGNED CHAIN IDENTIFIER *L*. THE TRANSFORMATION PRESENTED ON THE *MTRIX* RECORDS BELOW WILL YIELD APPROXIMATE COORDINATES FOR THE *RIGHT* SUBUNIT (CHAIN *R*) WHEN APPLIED TO THE *LEFT* SUBUNIT (CHAIN *L*). | |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 13607.277 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.48 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ / pH: 7.2 / 手法: microdialysis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射 | 散乱光タイプ: x-ray |
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放射波長 | 相対比: 1 |
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解析
ソフトウェア | 名称: PROLSQ / 分類: 精密化 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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精密化 | Rfactor obs: 0.178 / 最高解像度: 2.5 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 最高解像度: 2.5 Å
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拘束条件 |
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精密化 | *PLUS σ(I): 2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |