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- PDB-1pp2: THE REFINED CRYSTAL STRUCTURE OF DIMERIC PHOSPHOLIPASE A2 AT 2.5 ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1pp2
タイトルTHE REFINED CRYSTAL STRUCTURE OF DIMERIC PHOSPHOLIPASE A2 AT 2.5 ANGSTROMS. ACCESS TO A SHIELDED CATALYTIC CENTER
要素CALCIUM-FREE PHOSPHOLIPASE A2
キーワードHYDROLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


phospholipase A2 / calcium-dependent phospholipase A2 activity / arachidonate secretion / lipid catabolic process / negative regulation of T cell proliferation / phospholipid metabolic process / phospholipid binding / toxin activity / calcium ion binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Phospholipase A2, aspartic acid active site / Phospholipase A2 aspartic acid active site. / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 / Phospholipase A2, histidine active site / Phospholipase A2 histidine active site. / Phospholipase A2 domain / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 domain ...Phospholipase A2, aspartic acid active site / Phospholipase A2 aspartic acid active site. / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 / Phospholipase A2, histidine active site / Phospholipase A2 histidine active site. / Phospholipase A2 domain / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 domain / Phospholipase A2 domain superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Acidic phospholipase A2
類似検索 - 構成要素
生物種Crotalus atrox (ヘビ)
手法X線回折 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Brunie, S. / Sigler, P.B.
引用
ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1985
タイトル: The refined crystal structure of dimeric phospholipase A2 at 2.5 A. Access to a shielded catalytic center.
著者: Brunie, S. / Bolin, J. / Gewirth, D. / Sigler, P.B.
#1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1985
タイトル: A Comparison of the Crystal Structures of Phospholipase A2 from Bovine Pancreas and Crotalus Atrox Venom
著者: Renetseder, R. / Brunie, S. / Dijkstra, B.W. / Drenth, J. / Sigler, P.B.
#2: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1981
タイトル: The 2.5 Angstroms Crystal Structure of a Dimeric Phospholipase A2 from the Venom of Crotalus Atrox
著者: Keith, C. / Feldman, D.S. / Deganello, S. / Glick, J. / Ward, K.B. / Jones, E.O. / Sigler, P.B.
#3: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1975
タイトル: Characterization of Crystals of Two Venom Phospholipases A2
著者: Pasek, M. / Keith, C. / Feldman, D. / Sigler, P.B.
履歴
登録1986年3月10日処理サイト: BNL
改定 1.01986年5月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年6月5日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site
改定 1.42024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
R: CALCIUM-FREE PHOSPHOLIPASE A2
L: CALCIUM-FREE PHOSPHOLIPASE A2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,2152
ポリマ－27,2152
非ポリマー00
水2,468137
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2530 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area11640 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.400, 100.200, 48.600
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.12725, 0.1029, -0.98652), (0.09793, -0.98844, -0.11573), (-0.98702, -0.11134, 0.1157)
ベクター: 61.65457, 79.66322, 62.94765)
詳細THE ENZYME IS A DIMER COMPOSED OF TWO IDENTICAL SUBUNITS OF 122 RESIDUES EACH. THE *RIGHT* SUBUNIT HAS BEEN ASSIGNED CHAIN IDENTIFIER *R*. THE *LEFT* SUBUNIT HAS BEEN ASSIGNED CHAIN IDENTIFIER *L*. THE TRANSFORMATION PRESENTED ON THE *MTRIX* RECORDS BELOW WILL YIELD APPROXIMATE COORDINATES FOR THE *RIGHT* SUBUNIT (CHAIN *R*) WHEN APPLIED TO THE *LEFT* SUBUNIT (CHAIN *L*).

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要素

#1: タンパク質 CALCIUM-FREE PHOSPHOLIPASE A2


分子量: 13607.277 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Crotalus atrox (ヘビ) / 参照: UniProt: P00624, phospholipase A2
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 137 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.48 %
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / pH: 7.2 / 手法: microdialysis
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
1100 mM11NaCl
210 mMTris-HCl11
40.1 mM11CaCl2
510 mM12Na2EDTA
60.1 mM12CaCl2
3phospholipase A2 solution11

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データ収集

放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1

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解析

ソフトウェア名称: PROLSQ / 分類: 精密化
精密化Rfactor obs: 0.178 / 最高解像度: 2.5 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 2.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1892 0 0 137 2029
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.028
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg4
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor
精密化
*PLUS
σ(I): 2
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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