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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1poc | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF BEE-VENOM PHOSPHOLIPASE A2 IN A COMPLEX WITH A TRANSITION-STATE ANALOGUE | ||||||
![]() | PHOSPHOLIPASE A2 | ||||||
![]() | HYDROLASE | ||||||
機能・相同性 | ![]() calcium-dependent phospholipase A2 activity / phospholipase A2 / arachidonic acid secretion / phospholipid metabolic process / lipid catabolic process / calcium ion binding / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() | ||||||
![]() | Scott, D.L. / Otwinowski, Z. / Sigler, P.B. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of bee-venom phospholipase A2 in a complex with a transition-state analogue. 著者: Scott, D.L. / Otwinowski, Z. / Gelb, M.H. / Sigler, P.B. #1: ![]() タイトル: Interfacial Catalysis: The Mechanism of Phospholipase A2 著者: Scott, D.L. / White, S.P. / Otwinowski, Z. / Yuan, W. / Gelb, M.H. / Sigler, P.B. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 37.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 29.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 428.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 435.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 6.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 8.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 15274.324 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 参照: UniProt: P00630, phospholipase A2 |
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#2: 化合物 | ChemComp-CA / |
#3: 化合物 | ChemComp-GEL / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.67 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS pH: 7.6 / 手法: 蒸気拡散法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射 | 散乱光タイプ: x-ray |
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放射波長 | 相対比: 1 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | Rfactor Rwork: 0.192 / Rfactor obs: 0.192 / 最高解像度: 2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 最高解像度: 2 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 2 Å / Rfactor obs: 0.192 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS タイプ: x_angle_d / Dev ideal: 2.1 |