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- PDB-1plx: NMR structure of Methionine-Enkephalin in fast tumbling Bicelles/DMPG -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1plx
タイトルNMR structure of Methionine-Enkephalin in fast tumbling Bicelles/DMPG
要素Met-enkephalin 1
キーワードNEUROPEPTIDE
機能・相同性
機能・相同性情報


synaptic vesicle lumen / neuronal dense core vesicle lumen / chromaffin granule lumen / opioid receptor binding / opioid peptide activity / synaptic signaling via neuropeptide / general adaptation syndrome, behavioral process / aggressive behavior / positive regulation of behavioral fear response / symmetric synapse ...synaptic vesicle lumen / neuronal dense core vesicle lumen / chromaffin granule lumen / opioid receptor binding / opioid peptide activity / synaptic signaling via neuropeptide / general adaptation syndrome, behavioral process / aggressive behavior / positive regulation of behavioral fear response / symmetric synapse / G protein-coupled opioid receptor signaling pathway / response to epinephrine / cell body fiber / sensory perception / cellular response to vitamin D / neuropeptide hormone activity / startle response / transmission of nerve impulse / locomotory exploration behavior / response to immobilization stress / behavioral fear response / neuropeptide signaling pathway / glial cell proliferation / axon terminus / cellular response to cAMP / sensory perception of pain / cellular response to transforming growth factor beta stimulus / Peptide ligand-binding receptors / Post-translational protein phosphorylation / response to nicotine / response to toxic substance / cellular response to virus / response to calcium ion / osteoblast differentiation / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / response to estradiol / cellular response to oxidative stress / G alpha (i) signalling events / chemical synaptic transmission / perikaryon / response to ethanol / response to lipopolysaccharide / response to hypoxia / endoplasmic reticulum lumen / neuronal cell body / dendrite / signal transduction / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Proenkephalin A / Opioid neuropeptide precursor / Vertebrate endogenous opioids neuropeptide / Endogenous opioids neuropeptides precursors signature.
類似検索 - ドメイン・相同性
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Marcotte, I. / Separovic, F. / Auger, M. / Gagne, S.M.
引用ジャーナル: Biophys.J. / 年: 2004
タイトル: A multidimensional (1)h NMR investigation of the conformation of methionine-enkephalin in fast-tumbling bicelles.
著者: Marcotte, I. / Separovic, F. / Auger, M. / Gagne, S.M.
履歴
登録2003年6月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年3月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月23日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Met-enkephalin 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5741
ポリマ－5741
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)80 / 200structures with the lowest energy
代表モデルモデル #11 and 2, closest to the average of each of the two conformers

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Met-enkephalin 1


分子量: 573.662 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: THE PEPETIDE WAS CHEMICALLY SYNTHESIZED. THE SEQUENCE OF THE PEPTIDE IS NATURALLY FOUND IN HOMO SAPIENS (HUMAN)
参照: UniProt: P01210

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D NOESY
121g-COSY
NMR実験の詳細Text: PFG diffusion experiments were also performed on the sample

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試料調製

詳細内容: 5.1uM Menk; (DMPC+DMPG)/DHPC: 0.5:1 (molar ratio); DMPC/DMPG: 9:1 (molar ratio); Lipid/peptide: 25:1 (molar ratio); 10% w/v of lipids in water; 90%H2O, 10%D2O
溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料状態イオン強度: 9mM / pH: 4.8 / 圧: ambient / 温度: 295 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメータータイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
VNMR6.1CVarian Inc.collection
NMRPipe2.0 Rev 2001.117.12.48Frank Delaglio解析
NMRView5.0.4Bruce A. Johnsonデータ解析
CNS1.1Axel T. Brunger構造決定
CNS1.1Axel T. Brunger精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: The structures are based on a total of 2 phi angle and 58 NOE-derived distance constraints. 1000 high-temperature steps were used (15 ps) up to a final temperature of 50000 K then 1000 ...詳細: The structures are based on a total of 2 phi angle and 58 NOE-derived distance constraints. 1000 high-temperature steps were used (15 ps) up to a final temperature of 50000 K then 1000 cooling steps (250 K, 15 ps) were applied. Finally, 10 cycles of 200 minimization steps were performed A repel constant value of 0.8 was used
代表構造選択基準: 1 and 2, closest to the average of each of the two conformers
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 80

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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