[日本語] English
万見
- PDB-1pls: SOLUTION STRUCTURE OF A PLECKSTRIN HOMOLOGY DOMAIN -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1pls
タイトルSOLUTION STRUCTURE OF A PLECKSTRIN HOMOLOGY DOMAIN
要素PLECKSTRIN HOMOLOGY DOMAIN
キーワードPHOSPHORYLATION
機能・相同性
機能・相同性情報


: / protein secretion by platelet / regulation of cell diameter / negative regulation of inositol phosphate biosynthetic process / positive regulation of actin filament depolymerization / platelet degranulation / phospholipase C-inhibiting G protein-coupled receptor signaling pathway / positive regulation of actin filament bundle assembly / phosphatidylinositol metabolic process / positive regulation of integrin activation ...: / protein secretion by platelet / regulation of cell diameter / negative regulation of inositol phosphate biosynthetic process / positive regulation of actin filament depolymerization / platelet degranulation / phospholipase C-inhibiting G protein-coupled receptor signaling pathway / positive regulation of actin filament bundle assembly / phosphatidylinositol metabolic process / positive regulation of integrin activation / cell projection organization / ruffle organization / phosphatidylinositol-3,4-bisphosphate binding / negative regulation of calcium-mediated signaling / positive regulation of platelet activation / vesicle docking involved in exocytosis / cortical actin cytoskeleton organization / negative regulation of G protein-coupled receptor signaling pathway / thrombin-activated receptor signaling pathway / hematopoietic progenitor cell differentiation / protein kinase C binding / integrin-mediated signaling pathway / platelet aggregation / ruffle membrane / Platelet degranulation / actin cytoskeleton organization / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / intracellular signal transduction / protein homodimerization activity / extracellular region / membrane / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Pleckstrin, DEP domain / : / Domain found in Dishevelled, Egl-10, and Pleckstrin (DEP) / DEP domain profile. / Domain found in Dishevelled, Egl-10, and Pleckstrin / DEP domain / Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB) / PH-domain like / PH domain / PH domain profile. ...Pleckstrin, DEP domain / : / Domain found in Dishevelled, Egl-10, and Pleckstrin (DEP) / DEP domain profile. / Domain found in Dishevelled, Egl-10, and Pleckstrin / DEP domain / Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB) / PH-domain like / PH domain / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / PH-like domain superfamily / Roll / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR
データ登録者Yoon, H.S. / Hajduk, P.J. / Petros, A.M. / Olejniczak, E.T. / Meadows, R.P. / Fesik, S.W.
引用
ジャーナル: Nature / 年: 1994
タイトル: Solution structure of a pleckstrin-homology domain.
著者: Yoon, H.S. / Hajduk, P.J. / Petros, A.M. / Olejniczak, E.T. / Meadows, R.P. / Fesik, S.W.
#1: ジャーナル: Nature / 年: 1994
タイトル: Pleckstrin Homology Domains Bind to Phosphatidylinositol-4,5-Biphosphate
著者: Harlan, J.E. / Hajduk, P.J. / Yoon, H.S. / Fesik, S.W.
履歴
登録1994年5月3日処理サイト: BNL
改定 1.01995年6月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年11月29日Group: Derived calculations / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly ...pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_conf / struct_conf_type
Item: _pdbx_database_status.process_site
改定 1.42024年5月1日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: PLECKSTRIN HOMOLOGY DOMAIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,3411
ポリマ－13,3411
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Atom site foot note1: CIS PROLINE - PRO 58
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)25 / -
代表モデル

-
要素

#1: タンパク質 PLECKSTRIN HOMOLOGY DOMAIN


分子量: 13341.479 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CDNA / 参照: UniProt: P08567

-
実験情報

-
実験

実験手法: 溶液NMR

-
試料調製

結晶化
*PLUS
手法: other

-
解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR精密化
X-PLOR位相決定
NMR software名称: X-PLOR / 開発者: BRUNGER / 分類: 精密化
NMRアンサンブル登録したコンフォーマーの数: 25

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る