PDB-1pkv: The N-terminal domain of riboflavin synthase in complex with ribo...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1pkv

タイトル

The N-terminal domain of riboflavin synthase in complex with riboflavin

要素

Riboflavin synthase alpha chain

キーワード

TRANSFERASE / dimer / beta-barrel / greek key motif

機能・相同性

機能・相同性情報

riboflavin synthase / riboflavin synthase activity / riboflavin biosynthetic process / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.6 Å

データ登録者

Meining, W. / Eberhardt, S. / Bacher, A. / Ladenstein, R.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2003
タイトル: The structure of the N-terminal domain of riboflavin synthase in complex with riboflavin at 2.6A resolution.
著者: Meining, W. / Eberhardt, S. / Bacher, A. / Ladenstein, R.

履歴

登録	2003年6月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2004年6月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月29日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.3	2023年8月16日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1pkv.cif.gz	51 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1pkv.ent.gz	36 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1pkv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1pkv_validation.pdf.gz	1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1pkv_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	1pkv_validation.xml.gz	10.1 KB	表示
CIF形式データ	1pkv_validation.cif.gz	12.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pk/1pkv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pk/1pkv	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1i8dS 1hze 1kzl S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3wah-2 3a3g-2 2xon-1 5t0s-d 3g5g-4 6jlg-8 3g5g-5 3g5g-2 4noh-1 3ddy-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#219 - 2018年3月液胞型ATPアーゼ (Vacuolar ATPase) 類似性 (1) #131 - 2010年11月インテイン (Inteins) 類似性 (1) #72 - 2005年12月 ATP合成酵素 (ATP Synthase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Riboflavin synthase alpha chain

B: Riboflavin synthase alpha chain

ヘテロ分子

21.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	50.161, 104.383, 85.113
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Refine code	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	PHE	PHE	ILE	ILE	1	A	A	2 - 15	2 - 15
2	1	1	PHE	PHE	ILE	ILE	1	B	B	2 - 15	2 - 15
3	2	1	ASP	ASP	GLU	GLU	3	A	A	16 - 17	16 - 17
4	2	1	ASP	ASP	GLU	GLU	3	B	B	16 - 17	16 - 17
5	3	1	PHE	PHE	PHE	PHE	1	A	A	21	21
6	3	1	PHE	PHE	PHE	PHE	1	B	B	21	21
7	4	1	ARG	ARG	ARG	ARG	3	A	A	22	22
8	4	1	ARG	ARG	ARG	ARG	3	B	B	22	22
9	5	1	THR	THR	MET	MET	1	A	A	23 - 32	23 - 32
10	5	1	THR	THR	MET	MET	1	B	B	23 - 32	23 - 32
11	6	1	THR	THR	LEU	LEU	1	A	A	67 - 68	67 - 68
12	6	1	THR	THR	LEU	LEU	1	B	B	67 - 68	67 - 68
13	7	1	ILE	ILE	LEU	LEU	1	A	A	70 - 76	70 - 76
14	7	1	ILE	ILE	LEU	LEU	1	B	B	70 - 76	70 - 76
15	8	1	LYS	LYS	ASN	ASN	6	A	A	18 - 20	18 - 20
16	8	1	LYS	LYS	ASN	ASN	6	B	B	18 - 20	18 - 20
17	9	1	MET	MET	GLU	GLU	5	A	A	64 - 66	64 - 66
18	9	1	MET	MET	GLU	GLU	5	B	B	64 - 66	64 - 66
19	10	1	ASN	ASN	ASN	ASN	3	A	A	55 - 57	55 - 57
20	10	1	ASN	ASN	ASN	ASN	3	B	B	55 - 57	55 - 57
21	11	1	HIS	HIS	LEU	LEU	1	A	A	58 - 63	58 - 63
22	11	1	HIS	HIS	LEU	LEU	1	B	B	58 - 63	58 - 63
23	12	1	ARG	ARG	ARG	ARG	5	A	A	69	69
24	12	1	ARG	ARG	ARG	ARG	5	B	B	69	69
25	13	1	LEU	LEU	ASP	ASP	3	A	A	33 - 34	33 - 34
26	13	1	LEU	LEU	ASP	ASP	3	B	B	33 - 34	33 - 34
27	14	1	GLY	GLY	LEU	LEU	1	A	A	35 - 36	35 - 36
28	14	1	GLY	GLY	LEU	LEU	1	B	B	35 - 36	35 - 36
29	15	1	GLU	GLU	GLU	GLU	3	A	A	37	37
30	15	1	GLU	GLU	GLU	GLU	3	B	B	37	37
31	16	1	THR	THR	ILE	ILE	1	A	A	38 - 54	38 - 54
32	16	1	THR	THR	ILE	ILE	1	B	B	38 - 54	38 - 54
33	17	1	LYS	LYS	LYS	LYS	3	A	A	77	77
34	17	1	LYS	LYS	LYS	LYS	3	B	B	77	77
35	18	1	VAL	VAL	ALA	ALA	1	A	A	78 - 87	78 - 87
36	18	1	VAL	VAL	ALA	ALA	1	B	B	78 - 87	78 - 87
1	1	2	RBF	RBF	RBF	RBF	1	A	C	100
2	1	2	RBF	RBF	RBF	RBF	1	B	D	101
1	1	3	HOH	HOH	HOH	HOH	1	A	E	101 - 116
2	1	3	HOH	HOH	HOH	HOH	1	B	F	103 - 116

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3

詳細

the asymmetric unit contains the dimer, which is also found in solution

#1: タンパク質	Riboflavin synthase alpha chain 分子量: 10575.960 Da / 分子数: 2 / 断片: N-terminal domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: RIBE OR RIBC OR B1662 OR SF1690 / 細胞株 (発現宿主): XL1-Blue cells / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P29015, UniProt: P0AFU8*PLUS, riboflavin synthase
#2: 化合物	ChemComp-RBF / RIBOFLAVIN / RIBOFLAVINE / VITAMIN B2 / リボフラビン分子量: 376.364 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₂₀N₄O₆
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 37 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.63 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.29 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 70 mM sodium potassium phosphate, pH 7.0, 100 mM sodium chloride, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 110 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X11 / 波長: 0.8424 Å
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年3月17日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.8424 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.6→20 Å / Num. all: 7171 / Num. obs: 7131 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射シェル	解像度: 2.6→2.63 Å / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.1.24	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
AMoRE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 1I8D

1i8d

解像度: 2.6→19.7 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.949 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.906 / SU B: 8.765 / SU ML: 0.188 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.485 / ESU R Free: 0.281 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: Chains C and D in ncs group 2 correspond to the residues 100 and 101 in the coordinates; chain E in ncs group 3 corresponds to water molecules 1-17, 32, 34, 36, 37 and chain F in ncs group 3 ...

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23469	337	4.7 %	RANDOM
R_work	0.17409	-	-	-
all	0.17699	7131	-	-
obs	0.17699	6793	99.46 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 38.393 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.58 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	2.17 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.59 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.6→19.7 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1330	0	54	37	1421

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.02	0.021	1372
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.798	1.985	1869
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.087	5	170
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.112	0.2	225
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	997
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.219	0.2	544
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.183	0.2	65
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.318	0.2	44
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.068	1.5	848
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.151	2	1373
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.216	3	524
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.286	4.5	496

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	551	tight positional	0.08	0.05
2	2	B	27	tight positional	0.04	0.05
3	3	A	7	tight positional	0.13	0.05
1	1	A	16	medium positional	0.21	0.5
1	1	A	63	loose positional	0.89	5
1	1	A	551	tight thermal	0.22	0.5
2	2	B	27	tight thermal	0.31	0.5
3	3	A	7	tight thermal	0.55	0.5
1	1	A	16	medium thermal	0.98	2
1	1	A	63	loose thermal	4.04	10

LS精密化シェル

解像度: 2.6→2.668 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.318	31
R_work	0.242	475

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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