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- PDB-1pjl: Crystal structure of human m-NAD-ME in ternary complex with NAD a... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1pjl
タイトルCrystal structure of human m-NAD-ME in ternary complex with NAD and Lu3+
要素NAD-dependent malic enzyme, mitochondrial
キーワードOXIDOREDUCTASE
機能・相同性
機能・相同性情報


malate dehydrogenase (oxaloacetate-decarboxylating) / regulation of NADP metabolic process / malate dehydrogenase (decarboxylating) (NAD+) activity / malic enzyme activity / malate dehydrogenase (decarboxylating) (NADP+) activity / oxaloacetate decarboxylase activity / malate metabolic process / Pyruvate metabolism / pyruvate metabolic process / Mitochondrial protein degradation ...malate dehydrogenase (oxaloacetate-decarboxylating) / regulation of NADP metabolic process / malate dehydrogenase (decarboxylating) (NAD+) activity / malic enzyme activity / malate dehydrogenase (decarboxylating) (NADP+) activity / oxaloacetate decarboxylase activity / malate metabolic process / Pyruvate metabolism / pyruvate metabolic process / Mitochondrial protein degradation / NAD binding / electron transfer activity / mitochondrial matrix / intracellular membrane-bounded organelle / mitochondrion / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Malic enzyme, N-terminal domain / Malic enzyme, conserved site / Malic enzymes signature. / Malic oxidoreductase / Malic enzyme, N-terminal domain / Malic enzyme, N-terminal domain / Malic enzyme, NAD-binding / Malic enzyme, N-terminal domain superfamily / Malic enzyme, N-terminal domain / Malic enzyme, NAD binding domain ...Malic enzyme, N-terminal domain / Malic enzyme, conserved site / Malic enzymes signature. / Malic oxidoreductase / Malic enzyme, N-terminal domain / Malic enzyme, N-terminal domain / Malic enzyme, NAD-binding / Malic enzyme, N-terminal domain superfamily / Malic enzyme, N-terminal domain / Malic enzyme, NAD binding domain / Malic enzyme, NAD binding domain / Aminoacid dehydrogenase-like, N-terminal domain superfamily / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / NAD-dependent malic enzyme, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Yang, Z. / Batra, R. / Floyd, D.L. / Hung, H.-C. / Chang, G.-G. / Tong, L.
引用ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2000
タイトル: Potent and competitive inhibition of malic enzymes by lanthanide ions
著者: Yang, Z. / Batra, R. / Floyd, D.L. / Hung, H.-C. / Chang, G.-G. / Tong, L.
履歴
登録2003年6月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年6月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NAD-dependent malic enzyme, mitochondrial
B: NAD-dependent malic enzyme, mitochondrial
C: NAD-dependent malic enzyme, mitochondrial
D: NAD-dependent malic enzyme, mitochondrial
E: NAD-dependent malic enzyme, mitochondrial
F: NAD-dependent malic enzyme, mitochondrial
G: NAD-dependent malic enzyme, mitochondrial
H: NAD-dependent malic enzyme, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)541,81432
ポリマ－529,7998
非ポリマー12,01524
水1,13563
1
A: NAD-dependent malic enzyme, mitochondrial
B: NAD-dependent malic enzyme, mitochondrial
C: NAD-dependent malic enzyme, mitochondrial
D: NAD-dependent malic enzyme, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)270,90716
ポリマ－264,9004
非ポリマー6,00712
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area21950 Å2
ΔGint-114 kcal/mol
Surface area80050 Å2
手法PISA
2
E: NAD-dependent malic enzyme, mitochondrial
F: NAD-dependent malic enzyme, mitochondrial
G: NAD-dependent malic enzyme, mitochondrial
H: NAD-dependent malic enzyme, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)270,90716
ポリマ－264,9004
非ポリマー6,00712
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area22110 Å2
ΔGint-108 kcal/mol
Surface area80110 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)113.3, 119.0, 125.9
Angle α, β, γ (deg.)116.5, 94.8, 102.8
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質
NAD-dependent malic enzyme, mitochondrial / NAD-ME / Malic enzyme 2


分子量: 66224.875 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ME2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P23368, malate dehydrogenase (oxaloacetate-decarboxylating)
#2: 化合物
ChemComp-LU / LUTETIUM (III) ION / LU


分子量: 174.967 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Lu
#3: 化合物
ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 63 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.99 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 100 mM Hepes, 6% PEG8000, 5% MPD, 0.5 mM LuCl3, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / pH: 7.4 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
18 mg/mlprotein1drop
215 mMTris1droppH7.4
3120 mM1dropKCl
46 mMdithiothreitol1drop
50.2 mMEDTA1drop
63 mMNAD+1drop
7100 mMHEPES1reservoirpH7.0
86 %PEG80001reservoir
95 %MPD1reservoir
1010 mMtartronate1reservoir
110.5 mM1reservoirLuCl3
125 mMdithiothreitol1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: F1 / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 1999年11月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→20 Å / Num. all: 122000 / Num. obs: 105876 / % possible obs: 0.82 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.053
反射
*PLUS
Num. measured all: 306727

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
X-PLOR精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.9→20 Å / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.263 7500 random
Rwork0.204 --
all0.204 122000 -
obs0.204 100233 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数34752 0 712 63 35527
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d1.3
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.9 Å / 最低解像度: 20 Å / Num. reflection all: 122000 / Num. reflection obs: 100233 / σ(F): 2 / Num. reflection Rfree: 7500 / % reflection Rfree: 7.5 % / Rfactor all: 0.204 / Rfactor obs: 0.204 / Rfactor Rfree: 0.263 / Rfactor Rwork: 0.204
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.3

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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