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万見
- PDB-1pjf: Solid State NMR structure of the Pf1 Major Coat Protein in Magnet... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1pjf
タイトルSolid State NMR structure of the Pf1 Major Coat Protein in Magnetically Aligned Bacteriophage
要素COAT PROTEIN B
キーワードVIRAL PROTEIN / Helical virus
機能・相同性Inovirus Coat protein B / Capsid protein G8P / helical viral capsid / host cell membrane / membrane / Capsid protein G8P
機能・相同性情報
生物種Pseudomonas phage Pf1 (ウイルス)
手法個体NMR / CONSTRUCTION OF BACTERIOPHAGE MODEL BASED ON THE SOLID STATE NMR STRUCTURE OF THE MAJOR COAT PROTEIN MONOMER
データ登録者Thiriot, D.S. / Nevzorov, A.A. / Zagyanskiy, L. / Wu, C.H. / Opella, S.J.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2004
タイトル: Structure of the coat protein in Pf1 bacteriophage determined by solid-state NMR spectroscopy.
著者: Thiriot, D.S. / Nevzorov, A.A. / Zagyanskiy, L. / Wu, C.H. / Opella, S.J.
履歴
登録2003年6月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年8月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32012年6月6日Group: Structure summary
改定 1.42024年5月1日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: COAT PROTEIN B


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,6121
ポリマ－4,6121
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)27 / 116
代表モデルnearest structure to the average of the 60 best ramachandran structures (based on a statistical ramachandran potential) out of 1000 total structures.

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要素

#1: タンパク質・ペプチド COAT PROTEIN B / Major coat protein


分子量: 4612.393 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: Pseudomonas aeruginosa (ATCC #25102) was the host bacteria.
由来: (天然) Pseudomonas phage Pf1 (ウイルス) / 属: Inovirus / 参照: UniProt: P03621

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実験情報

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実験

実験手法: 個体NMR
NMR実験タイプ: PISEMA
NMR実験の詳細Text: MODEL 1 IS THE BASIC SOLID-STATE NMR STRUCTURE (NO SIDECHAINS), WHILE MODELS 2-27 ARE IDENTICAL TRANSLATED AND ROTATED COPIES OF MODEL 1 (WITH SIDECHAINS ADDED AND ENERGY MINIMIZED) INCLUDED TO ...Text: MODEL 1 IS THE BASIC SOLID-STATE NMR STRUCTURE (NO SIDECHAINS), WHILE MODELS 2-27 ARE IDENTICAL TRANSLATED AND ROTATED COPIES OF MODEL 1 (WITH SIDECHAINS ADDED AND ENERGY MINIMIZED) INCLUDED TO PRESENT THE MODEL OF THE WHOLE BACTERIOPHAGE ASSEMBLY.

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試料調製

詳細内容: 50 MG/ML PF1 MAJOR COAT PROTEIN, U-15N, 5 MM SODIUM BORATE BUFFER
試料状態pH: 8 / 圧: AMBIENT / 温度: 303 K

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 750 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
MATLAB SCRIPTS 6.5, SCWRL2.95 (BLUE HORIZON MODIFIED)NEVZOROV, THIRIOT (MATLAB SCRIPTS), BOWER, COHEN, DUNBRACK, MAJUMDAR, CHUKKAPALLI (SCWRL)精密化
Felix2000.1構造決定
XwinNMR構造決定
MATLAB SCRIPT6.5構造決定
精密化手法: CONSTRUCTION OF BACTERIOPHAGE MODEL BASED ON THE SOLID STATE NMR STRUCTURE OF THE MAJOR COAT PROTEIN MONOMER
ソフトェア番号: 1
詳細: SIDECHAINS WERE ADDED TO THE SOLID STATE NMR BACKBONE STRUCTURE USING THE PROGRAM SCWRL. A BACTERIOPHAGE MODEL WAS CONSTRUCTED BY APPLYING PUBLISHED X- RAY FIBER AND NEUTRON DIFFRACTION ...詳細: SIDECHAINS WERE ADDED TO THE SOLID STATE NMR BACKBONE STRUCTURE USING THE PROGRAM SCWRL. A BACTERIOPHAGE MODEL WAS CONSTRUCTED BY APPLYING PUBLISHED X- RAY FIBER AND NEUTRON DIFFRACTION SYMMETRY AND DISTANCE CONSTRAINTS (INITIAL PHAGE), WHICH WAS FURTHER REFINED BY COMPARING THE REPULSIVE AMBER ENERGY (USING SCWRL) OF MANY CONFIGURATIONS IN WHICH THE MONOMERS HAD BEEN SYMMETRICALLY ROTATED AND TRANSLATED WITH RESPECT TO THE INITIAL PHAGE.
代表構造選択基準: nearest structure to the average of the 60 best ramachandran structures (based on a statistical ramachandran potential) out of 1000 total structures.
NMRアンサンブル計算したコンフォーマーの数: 116 / 登録したコンフォーマーの数: 27

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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