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万見
- PDB-1pg3: Acetyl CoA Synthetase, Acetylated on Lys609 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1pg3
タイトルAcetyl CoA Synthetase, Acetylated on Lys609
要素acetyl-CoA synthetase
キーワードLIGASE / AMP-forming / Adenylate-forming / thioester-forming / Lysine acetylation
機能・相同性
機能・相同性情報


acetate-CoA ligase / acetate-CoA ligase activity / acetyl-CoA biosynthetic process from acetate / acetyl-CoA biosynthetic process / AMP binding / chemotaxis / ATP binding / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Acetate-CoA ligase / Acetyl-coenzyme A synthetase, N-terminal domain / Acetyl-coenzyme A synthetase N-terminus / ANL, N-terminal domain / ANL, C-terminal domain / ANL, N-terminal domain / AMP-binding enzyme C-terminal domain / AMP-binding enzyme, C-terminal domain / AMP-binding, conserved site / Putative AMP-binding domain signature. ...Acetate-CoA ligase / Acetyl-coenzyme A synthetase, N-terminal domain / Acetyl-coenzyme A synthetase N-terminus / ANL, N-terminal domain / ANL, C-terminal domain / ANL, N-terminal domain / AMP-binding enzyme C-terminal domain / AMP-binding enzyme, C-terminal domain / AMP-binding, conserved site / Putative AMP-binding domain signature. / AMP-dependent synthetase/ligase / AMP-binding enzyme / GMP Synthetase; Chain A, domain 3 / AMP-binding enzyme, C-terminal domain superfamily / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
COENZYME A / ADENOSINE-5'-MONOPHOSPHATE-PROPYL ESTER / Acetyl-coenzyme A synthetase
類似検索 - 構成要素
生物種Salmonella enterica (サルモネラ菌)
手法X線回折 / フーリエ合成 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Gulick, A.M. / Starai, V.J. / Horswill, A.R. / Homick, K.M. / Escalante-Semerena, J.C.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2003
タイトル: The 1.75 A Crystal Structure of Acetyl-CoA Synthetase Bound to Adenosine-5'-propylphosphate and Coenzyme A
著者: Gulick, A.M. / Starai, V.J. / Horswill, A.R. / Homick, K.M. / Escalante-Semerena, J.C.
履歴
登録2003年5月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2003年6月3日ID: 1NNN
改定 1.02003年6月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年4月4日Group: Advisory / Data collection / カテゴリ: diffrn_source / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / Item: _diffrn_source.type
改定 1.42021年10月27日Group: Advisory / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52023年8月16日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: acetyl-CoA synthetase
B: acetyl-CoA synthetase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)147,10014
ポリマ－144,3652
非ポリマー2,73512
水6,792377
1
A: acetyl-CoA synthetase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,5507
ポリマ－72,1821
非ポリマー1,3676
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: acetyl-CoA synthetase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,5507
ポリマ－72,1821
非ポリマー1,3676
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)59.981, 143.160, 71.934
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.57, 90.00
Int Tables number4
Cell settingmonoclinic
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 acetyl-CoA synthetase / E.C.6.2.1.1


分子量: 72182.422 Da / 分子数: 2 / 変異: R174C / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella enterica (サルモネラ菌)
遺伝子: ACS / プラスミド: pTYB1 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8ZKF6, acetate-CoA ligase

-
非ポリマー , 5種, 389分子

#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-COA / COENZYME A / CoA


分子量: 767.534 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H36N7O16P3S
#4: 化合物 ChemComp-PRX / ADENOSINE-5'-MONOPHOSPHATE-PROPYL ESTER / ADENOSINE-5'-PROPYLPHOSPHATE / 5′-アデニル酸プロピル


分子量: 389.301 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C13H20N5O7P
#5: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 377 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.6 %
結晶化温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: PEG 8000, ethylene glycol, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 287K
結晶化
*PLUS
温度: 14 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
110 mg/mlprotein1drop
21 mMCoA1drop
31 mMTCEP1drop
41 mMadenosine-5'-propylphosphate1drop
510-14 %PEG80001reservoir
610 %ethylene glycol1reservoir
750 mMMES1reservoirpH6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 113 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2002年6月6日 / 詳細: Osmic Max-Flux confocal focusing mirrors
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.29→24.21 Å / Num. all: 53761 / Num. obs: 51511 / % possible obs: 95.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Biso Wilson estimate: 24 Å2 / Rsym value: 0.101 / Net I/σ(I): 7.9
反射 シェル解像度: 2.29→2.38 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique all: 4037 / Rsym value: 0.384 / % possible all: 78.3
反射
*PLUS
最高解像度: 2.3 Å / Num. obs: 177381 / % possible obs: 95.9 % / Num. measured all: 51552 / Rmerge(I) obs: 0.105
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.3 Å / % possible obs: 78.3 % / Num. unique obs: 4037 / Num. measured obs: 9516 / Rmerge(I) obs: 0.384

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 1NNM

1nnm
PDB 未公開エントリ


解像度: 2.3→24.22 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.236 2608 -random, same as 1NNM r-free set
Rwork0.196 ---
all-53547 --
obs-51411 96 %-
原子変位パラメータBiso mean: 23.06 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.05 Å20 Å2-2.24 Å2
2---1.42 Å20 Å2
3---1.37 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.31 Å0.24 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.31 Å0.23 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→24.22 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9835 0 174 377 10386
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d1.18
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 8

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkRfactor Rfree errorNum. reflection obs% reflection obs (%)
2.3-2.40.2862710.2460.017540780.7
2.4-2.530.2873170.230.016636895.3
2.53-2.690.2822980.2130.016646396.1
2.69-2.90.2863190.2160.016651997.3
2.9-3.190.2483510.2020.013659998.1
3.19-3.650.2263610.1980.012667299.2
3.65-4.590.1983470.1630.011670999.7
4.59-24.220.2153530.1930.011677499.7
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.3 Å / 最低解像度: 30 Å / Rfactor Rfree: 0.239 / Rfactor Rwork: 0.199
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
LS精密化 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.3 Å / 最低解像度: 2.44 Å / Rfactor Rfree: 0.283 / Rfactor Rwork: 0.25

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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