PDB-1pd3: Influenza A NEP M1-binding domain

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1pd3

タイトル

Influenza A NEP M1-binding domain

要素

Nonstructural protein NS2

キーワード

UNKNOWN FUNCTION / influenza virus A / NEP/NS2

機能・相同性

機能・相同性情報

exit of virus from host cell nucleus through nuclear pore / Influenza Infection / Fusion of the Influenza Virion to the Host Cell Endosome / Release / Budding / Packaging of Eight RNA Segments / Uncoating of the Influenza Virion / Entry of Influenza Virion into Host Cell via Endocytosis / Viral RNP Complexes in the Host Cell Nucleus / NEP/NS2 Interacts with the Cellular Export Machinery ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多重同系置換 / 解像度: 2.6 Å

データ登録者

Baudin, F.

引用

ジャーナル: Embo J. / 年: 2003
タイトル: Crystal structure of the M1 protein-binding domain of the influenza A virus nuclear export protein (NEP/NS2).
著者: Akarsu, H. / Burmeister, W.P. / Petosa, C. / Petit, I. / Muller, C.W. / Ruigrok, R.W. / Baudin, F.

履歴

登録	2003年5月19日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2003年12月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月29日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Derived calculations / Version format compliance
改定 1.3	2024年2月14日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1pd3.cif.gz	34.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1pd3.ent.gz	25.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1pd3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1pd3_validation.pdf.gz	420.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1pd3_full_validation.pdf.gz	427.8 KB	表示
XML形式データ	1pd3_validation.xml.gz	7.2 KB	表示
CIF形式データ	1pd3_validation.cif.gz	8.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pd/1pd3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pd/1pd3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1waz-d 3wvi-4 2mlt-d 5e8b-1 2cce-d 2enc-d 3ra3-1 5emx-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#165 - 2013年9月人工設計されたタンパク質製の籠 (Designed Protein Cages) 類似性 (10) #62 - 2005年2月主要組織適合性複合体 (Major Histocompatibility Complex) 類似性 (10) #205 - 2017年1月核膜孔複合体 (Nuclear Pore Complex) 類似性 (1) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (1) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#165 - 2013年9月
人工設計されたタンパク質製の籠 (Designed Protein Cages)
類似性 (10)
#62 - 2005年2月
主要組織適合性複合体 (Major Histocompatibility Complex)
類似性 (10)
#205 - 2017年1月
核膜孔複合体 (Nuclear Pore Complex)
類似性 (1)
#60 - 2004年12月
ユビキチン (Ubiquitin)
類似性 (1)
#234 - 2019年6月
MDM2とがん (MDM2 and Cancer)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Nonstructural protein NS2

B: Nonstructural protein NS2

14.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Nonstructural protein NS2

登録者が定義した集合体
7.24 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Nonstructural protein NS2

登録者が定義した集合体
7.24 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

4

A: Nonstructural protein NS2

B: Nonstructural protein NS2

ソフトウェアが定義した集合体
14.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	82.691, 82.691, 61.111
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

#1: タンパク質	Nonstructural protein NS2 分子量: 7241.248 Da / 分子数: 2 / 断片: Residues 59-116 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: M1-binding domain of NEP 由来: (組換発現) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス) 属: Influenzavirus A / 遺伝子: NS2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P03508

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 4.62 Å³/Da / 溶媒含有率: 73.2 %

結晶化

温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: PROTEIN IN 20 MM TRIS-HCL PH7.5, 150 MM NACL, HANGING DROP METHOD, ROOM TEMPERATURE, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298.0K

結晶化

*PLUS

溶液の組成

*PLUS

ID	濃度	一般名	Crystal-ID	Sol-ID
1	20 mg/ml	protein	1	drop
2	0.4 M	ammonium di-phosphate	1	reservoir

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.933
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2002年9月30日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.6→46.6 Å / Num. obs: 7302 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 3.8 % / B_iso Wilson estimate: 48.47 Å² / R_merge(I) obs: 0.09 / R_sym value: 0.09 / Net I/σ(I): 6
反射シェル	解像度: 2.6→2.74 Å / 冗長度: 3.8 % / R_merge(I) obs: 0.32 / Mean I/σ(I) obs: 2 / R_sym value: 0.32 / % possible all: 100
反射	PLUS 最高解像度: 2.6 Å / R_merge(I) obs*: 0.09
反射シェル	PLUS % possible obs*: 100 %

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.1.24	精密化
MOSFLM		データ削減
CCP4	(SCALA)	データスケーリング
SOLVE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多重同系置換 / 解像度: 2.6→19.88 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.952 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.909 / SU B: 7.689 / SU ML: 0.162 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.269 / ESU R Free: 0.244

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.244	340	4.7 %	RANDOM
R_work	0.176	-	-	-
obs	0.179	6962	100 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 43.46 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	3.6 Å²	1.8 Å²	0 Å²
2-	-	3.6 Å²	0 Å²
3-	-	-	-5.4 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.6→19.88 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	948	0	0	0	948

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.043	0.021	964
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	3.302	1.933	1290
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.127	5	106
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.188	0.2	138
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.013	0.02	718
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.268	0.2	424
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.263	0.2	31
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.323	0.2	38
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.695	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.773	1.5	534
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.534	2	864
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.826	3	430
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	9.585	4.5	426
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.6→2.67 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.319	23
R_work	0.225	465

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0996	-0.2799	0.0405	1.306	-0.1202	0.6619	-0.0383	-0.0023	-0.0079	0.0006	0.1224	0.0721	0.0388	-0.167	-0.0841	0.0327	-0.012	-0.0048	0.028	0.0111	0.0236	36.6153	18.4943	4.9896
2	0.0008	1.0704	-0.0705	3.2932	0.589	0.6734	0.0109	-0.0514	-0.022	0.0082	0.0253	-0.0863	0.018	0.057	-0.0362	0.0421	-0.0155	0.0185	0.0154	-0.0053	0.0273	47.3771	20.6452	5.0394
3	-0.1333	-0.2254	-0.3547	1.4824	0.4416	1.1298	-0.0725	-0.0359	0.0596	0.0724	0.1654	-0.0756	0.0693	0.195	-0.0929	0.0261	0.02	-0.0044	0.0456	-0.0171	0.015	47.408	20.0384	14.9174
4	-0.4309	-0.3359	0.4239	0.4878	-0.0056	1.4857	0.0397	0.0376	-0.0178	0.0276	0.0429	0.0323	0.0787	-0.098	-0.0826	0.0311	0.0233	0.0064	0.0176	0.0072	0.0362	36.5085	18.8888	14.8256

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	63 - 87	5 - 29
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	93 - 116	35 - 58
3	X-RAY DIFFRACTION	3	B	B	63 - 87	5 - 29
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	B	93 - 116	35 - 58

精密化

*PLUS

最高解像度: 2.6 Å / % reflection R_free: 5 %

溶媒の処理

*PLUS

原子変位パラメータ

*PLUS

拘束条件

*PLUS

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_d	0.043
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_deg	3.3

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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