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- PDB-1pd2: CRYSTAL STRUCTURE OF HEMATOPOIETIC PROSTAGLANDIN D SYNTHASE COMPL... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1pd2
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF HEMATOPOIETIC PROSTAGLANDIN D SYNTHASE COMPLEX WITH GLUTATHIONE
要素HEMATOPOIETIC PROSTAGLANDIN D SYNTHASE
キーワードLIGASE / HEMATOPOIETIC PROSTAGLANDIN D SYNTHASE / PGDS / GST / SIGMA-CLASS GST
機能・相同性
機能・相同性情報


Synthesis of Prostaglandins (PG) and Thromboxanes (TX) / Glutathione conjugation / prostaglandin-D synthase / prostaglandin-D synthase activity / negative regulation of male germ cell proliferation / response to selenium ion / response to nematode / prostaglandin biosynthetic process / prostaglandin metabolic process / glutathione transferase ...Synthesis of Prostaglandins (PG) and Thromboxanes (TX) / Glutathione conjugation / prostaglandin-D synthase / prostaglandin-D synthase activity / negative regulation of male germ cell proliferation / response to selenium ion / response to nematode / prostaglandin biosynthetic process / prostaglandin metabolic process / glutathione transferase / glutathione transferase activity / glutathione metabolic process / calcium ion binding / magnesium ion binding / protein homodimerization activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Glutathione S-transferase, C-terminal domain / : / Glutathione S-transferase, N-terminal domain / Glutathione transferase family / Glutathione S-transferase, C-terminal / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 - #10 / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 / Glutathione S-transferase, C-terminal-like / Soluble glutathione S-transferase C-terminal domain profile. / Soluble glutathione S-transferase N-terminal domain profile. ...Glutathione S-transferase, C-terminal domain / : / Glutathione S-transferase, N-terminal domain / Glutathione transferase family / Glutathione S-transferase, C-terminal / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 - #10 / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 / Glutathione S-transferase, C-terminal-like / Soluble glutathione S-transferase C-terminal domain profile. / Soluble glutathione S-transferase N-terminal domain profile. / Glutathione S-transferase, N-terminal / Glutathione S-transferase, C-terminal domain superfamily / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / Up-down Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GLUTATHIONE / Hematopoietic prostaglandin D synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Miyano, M. / Ago, H.
引用
ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 1997
タイトル: Cloning and crystal structure of hematopoietic prostaglandin D synthase.
著者: Kanaoka, Y. / Ago, H. / Inagaki, E. / Nanayama, T. / Miyano, M. / Kikuno, R. / Fujii, Y. / Eguchi, N. / Toh, H. / Urade, Y. / Hayaishi, O.
#1: ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 1999
タイトル: Erratum. Cloning and Crystal Structure of Hematopoietic Prostaglandin D Synthase
著者: Kanaoka, Y. / Ago, H. / Inagaki, E. / Nanayama, T. / Miyano, M. / Kikuno, R. / Fujii, Y. / Eguchi, N. / Toh, H. / Urade, Y. / Hayaishi, O.
履歴
登録1998年12月14日登録サイト: BNL / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年10月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32011年12月14日Group: Non-polymer description
改定 1.42017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.52023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
1: HEMATOPOIETIC PROSTAGLANDIN D SYNTHASE
2: HEMATOPOIETIC PROSTAGLANDIN D SYNTHASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,2634
ポリマ－46,6482
非ポリマー6152
水1,78399
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3740 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area18730 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.500, 56.500, 233.400
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.969084, 0.134643, 0.206756), (-0.151277, -0.986232, -0.066794), (0.194916, -0.096007, 0.97611)
ベクター: -4.0292, 100.8681, 4.9353)

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要素

#1: タンパク質 HEMATOPOIETIC PROSTAGLANDIN D SYNTHASE / HPGDS / SPLEEN TYPE PGDS / GLUTATHIONE DEPENDENT PGDS


分子量: 23323.943 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 細胞内の位置: CYTOPLASM / 器官: SPLEEN / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 細胞内の位置 (発現宿主): CYTOPLASMIC / 遺伝子 (発現宿主): DE3 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / Variant (発現宿主): DE3 / 参照: UniProt: O35543, prostaglandin-D synthase
#2: 化合物 ChemComp-GSH / GLUTATHIONE / グルタチオン


分子量: 307.323 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N3O6S
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 99 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.62 %
結晶化詳細: VAPOR DIFFUSION METHOD RESERVOIR SOLUTION: 18% (W/V) PEG 6K, 100 MM AMMONIUM CITRATE 5MM CACL2, 10MM DTT, 2% (V/V) 1,4-DIOXANE PROTEIN SOLUTION: 7.3 MG/ML PROTEIN (50 MM TRIS-HCL [PH 7.5]) ...詳細: VAPOR DIFFUSION METHOD RESERVOIR SOLUTION: 18% (W/V) PEG 6K, 100 MM AMMONIUM CITRATE 5MM CACL2, 10MM DTT, 2% (V/V) 1,4-DIOXANE PROTEIN SOLUTION: 7.3 MG/ML PROTEIN (50 MM TRIS-HCL [PH 7.5]) EACH 4 UL WAS MIXED FOR DROPLET
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
17.3 MG/ML PROTEIN (50 MM TRIS-HCL [PH 7.5})11
210% (W/V) PEG 6K12
3100 MM AMMONIUM CITRATE12
45MM CACL212
510MM DTT12
62% (V/V) 1,4-DIOXANE12
結晶化
*PLUS
温度: 22.5 ℃ / pH: 7.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
17.3 mg/mlprotein1drop
250 mMTris-HCl1drop
310 mMGSH1drop
418 %(w/v)PEG60001reservoir
5100 mMammonium citrate1reservoir
65 mM1reservoirCaCl2
710 mMdithiothreitol1reservoir
82 %(v/v)1,4-dioxane1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-6A / 波長: 1
検出器タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→40 Å / Num. obs: 77899 / % possible obs: 95.1 % / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.085

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
WEISデータスケーリング
ROTAVATAデータ削減
PHASES位相決定
X-PLOR3.1精密化
WEISデータ削減
CCP4(AGROVATAデータスケーリング
ROTAVATAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 2.3→6 Å / 交差検証法: PROCHECK / σ(F): 2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.289 -10 %RANDOM
Rwork0.204 ---
obs-17811 95.1 %-
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.2 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3296 0 40 99 3435
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.613
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
Refine LS restraints NCSNCS model details: RESTRAINTS
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.4 Å / Total num. of bins used: 8 /
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3278 -5 %
Rwork0.2776 1852 -
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.3 Å / 最低解像度: 6 Å / σ(F): 2 / % reflection Rfree: 10 % / Rfactor obs: 0.204
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
LS精密化 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.3 Å / 最低解像度: 2.4 Å / % reflection Rfree: 5 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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