PDB-1pcq: Crystal structure of groEL-groES

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1pcq

タイトル

Crystal structure of groEL-groES

要素

groEL protein
groES protein

キーワード

CHAPERONE

機能・相同性

機能・相同性情報

GroEL-GroES complex / chaperonin ATPase / virion assembly / chaperone cofactor-dependent protein refolding / protein folding chaperone / isomerase activity / ATP-dependent protein folding chaperone / response to radiation / unfolded protein binding / protein folding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 2.808 Å

データ登録者

Chaudhry, C. / Farr, G.W. / Todd, M.J. / Rye, H.S. / Brunger, A.T. / Adams, P.D. / Horwich, A.L. / Sigler, P.B.

引用

ジャーナル: Embo J. / 年: 2003
タイトル: Role of the gamma-phosphate of ATP in triggering protein folding by GroEL-GroES: function, structure and energetics.
著者: Chaudhry, C. / Farr, G.W. / Todd, M.J. / Rye, H.S. / Brunger, A.T. / Adams, P.D. / Horwich, A.L. / Sigler, P.B.

履歴

登録	2003年5月16日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2003年10月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月29日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2024年2月14日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_ncs_dom_lim / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1pcq.cif.gz	1.3 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1pcq.ent.gz	1.1 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1pcq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1pcq_validation.pdf.gz	4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1pcq_full_validation.pdf.gz	4.3 MB	表示
XML形式データ	1pcq_validation.xml.gz	254.4 KB	表示
CIF形式データ	1pcq_validation.cif.gz	347.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pc/1pcq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pc/1pcq	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1pf9C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3zq0-d 3zq1-d 1pf9-d 2c7c-d 1sx4-d 1svt-d 1gru-d 4v4o-2 4v4o-1 3zpz-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#32 - 2002年8月シャペロン (Chaperones) 類似性 (19) #148 - 2012年4月 Rasタンパク質 (Ras Protein) 類似性 (1) #80 - 2006年8月 AAA+プロテアーゼ (AAA+ Proteases) 類似性 (1) #13 - 2001年1月アルコール脱水素酵素 (Alcohol Dehydrogenase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: groEL protein

B: groEL protein

C: groEL protein

D: groEL protein

E: groEL protein

F: groEL protein

G: groEL protein

H: groEL protein

I: groEL protein

J: groEL protein

K: groEL protein

L: groEL protein

M: groEL protein

N: groEL protein

O: groES protein

P: groES protein

Q: groES protein

R: groES protein

S: groES protein

T: groES protein

U: groES protein

ヘテロ分子

850 kDa, 21 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	255.546, 266.855, 187.049
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Refine code: 1

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	ALA	ALA	SER	SER	A	A	2 - 135	1 - 134
2	1	1	ALA	ALA	SER	SER	B	B	2 - 135	1 - 134
3	1	1	ALA	ALA	SER	SER	C	C	2 - 135	1 - 134
4	1	1	ALA	ALA	SER	SER	D	D	2 - 135	1 - 134
5	1	1	ALA	ALA	SER	SER	E	E	2 - 135	1 - 134
6	1	1	ALA	ALA	SER	SER	F	F	2 - 135	1 - 134
7	1	1	ALA	ALA	SER	SER	G	G	2 - 135	1 - 134
8	2	1	GLY	GLY	K	K	A	A - W	410 - 603	409
9	2	1	GLY	GLY	K	K	B	B - AA	410 - 703	409
10	2	1	GLY	GLY	K	K	C	C - EA	410 - 803	409
11	2	1	GLY	GLY	K	K	D	D - IA	410 - 903	409
12	2	1	GLY	GLY	K	K	E	E - MA	410 - 1003	409
13	2	1	GLY	GLY	K	K	F	F - QA	410 - 1103	409
14	2	1	GLY	GLY	K	K	G	G - UA	410 - 1203	409
1	1	2	VAL	VAL	VAL	VAL	A	A	136 - 190	135 - 189
2	1	2	VAL	VAL	VAL	VAL	B	B	136 - 190	135 - 189
3	1	2	VAL	VAL	VAL	VAL	C	C	136 - 190	135 - 189
4	1	2	VAL	VAL	VAL	VAL	D	D	136 - 190	135 - 189
5	1	2	VAL	VAL	VAL	VAL	E	E	136 - 190	135 - 189
6	1	2	VAL	VAL	VAL	VAL	F	F	136 - 190	135 - 189
7	1	2	VAL	VAL	VAL	VAL	G	G	136 - 190	135 - 189
8	2	2	GLY	GLY	GLU	GLU	A	A	375 - 409	374 - 408
9	2	2	GLY	GLY	GLU	GLU	B	B	375 - 409	374 - 408
10	2	2	GLY	GLY	GLU	GLU	C	C	375 - 409	374 - 408
11	2	2	GLY	GLY	GLU	GLU	D	D	375 - 409	374 - 408
12	2	2	GLY	GLY	GLU	GLU	E	E	375 - 409	374 - 408
13	2	2	GLY	GLY	GLU	GLU	F	F	375 - 409	374 - 408
14	2	2	GLY	GLY	GLU	GLU	G	G	375 - 409	374 - 408
1	1	3	GLU	GLU	GLY	GLY	A	A	191 - 374	190 - 373
2	1	3	GLU	GLU	GLY	GLY	B	B	191 - 374	190 - 373
3	1	3	GLU	GLU	GLY	GLY	C	C	191 - 374	190 - 373
4	1	3	GLU	GLU	GLY	GLY	D	D	191 - 374	190 - 373
5	1	3	GLU	GLU	GLY	GLY	E	E	191 - 374	190 - 373
6	1	3	GLU	GLU	GLY	GLY	F	F	191 - 374	190 - 373
7	1	3	GLU	GLU	GLY	GLY	G	G	191 - 374	190 - 373
1	1	4	ALA	ALA	SER	SER	H	H	2 - 135	1 - 134
2	1	4	ALA	ALA	SER	SER	I	I	2 - 135	1 - 134
3	1	4	ALA	ALA	SER	SER	J	J	2 - 135	1 - 134
4	1	4	ALA	ALA	SER	SER	K	K	2 - 135	1 - 134
5	1	4	ALA	ALA	SER	SER	L	L	2 - 135	1 - 134
6	1	4	ALA	ALA	SER	SER	M	M	2 - 135	1 - 134
7	1	4	ALA	ALA	SER	SER	N	N	2 - 135	1 - 134
8	2	4	GLY	GLY	PRO	PRO	H	H	410 - 525	409 - 524
9	2	4	GLY	GLY	PRO	PRO	I	I	410 - 525	409 - 524
10	2	4	GLY	GLY	PRO	PRO	J	J	410 - 525	409 - 524
11	2	4	GLY	GLY	PRO	PRO	K	K	410 - 525	409 - 524
12	2	4	GLY	GLY	PRO	PRO	L	L	410 - 525	409 - 524
13	2	4	GLY	GLY	PRO	PRO	M	M	410 - 525	409 - 524
14	2	4	GLY	GLY	PRO	PRO	N	N	410 - 525	409 - 524
1	1	5	VAL	VAL	VAL	VAL	H	H	136 - 190	135 - 189
2	1	5	VAL	VAL	VAL	VAL	I	I	136 - 190	135 - 189
3	1	5	VAL	VAL	VAL	VAL	J	J	136 - 190	135 - 189
4	1	5	VAL	VAL	VAL	VAL	K	K	136 - 190	135 - 189
5	1	5	VAL	VAL	VAL	VAL	L	L	136 - 190	135 - 189
6	1	5	VAL	VAL	VAL	VAL	M	M	136 - 190	135 - 189
7	1	5	VAL	VAL	VAL	VAL	N	N	136 - 190	135 - 189
8	2	5	GLY	GLY	GLU	GLU	H	H	375 - 409	374 - 408
9	2	5	GLY	GLY	GLU	GLU	I	I	375 - 409	374 - 408
10	2	5	GLY	GLY	GLU	GLU	J	J	375 - 409	374 - 408
11	2	5	GLY	GLY	GLU	GLU	K	K	375 - 409	374 - 408
12	2	5	GLY	GLY	GLU	GLU	L	L	375 - 409	374 - 408
13	2	5	GLY	GLY	GLU	GLU	M	M	375 - 409	374 - 408
14	2	5	GLY	GLY	GLU	GLU	N	N	375 - 409	374 - 408
1	1	6	GLU	GLU	GLY	GLY	H	H	191 - 374	190 - 373
2	1	6	GLU	GLU	GLY	GLY	I	I	191 - 374	190 - 373
3	1	6	GLU	GLU	GLY	GLY	J	J	191 - 374	190 - 373
4	1	6	GLU	GLU	GLY	GLY	K	K	191 - 374	190 - 373
5	1	6	GLU	GLU	GLY	GLY	L	L	191 - 374	190 - 373
6	1	6	GLU	GLU	GLY	GLY	M	M	191 - 374	190 - 373
7	1	6	GLU	GLU	GLY	GLY	N	N	191 - 374	190 - 373
1	1	7	MET	MET	ALA	ALA	O	O	1 - 97	1 - 97
2	1	7	MET	MET	ALA	ALA	P	P	1 - 97	1 - 97
3	1	7	MET	MET	ALA	ALA	Q	Q	1 - 97	1 - 97
4	1	7	MET	MET	ALA	ALA	R	R	1 - 97	1 - 97
5	1	7	MET	MET	ALA	ALA	S	S	1 - 97	1 - 97
6	1	7	MET	MET	ALA	ALA	T	T	1 - 97	1 - 97
7	1	7	MET	MET	ALA	ALA	U	U	1 - 97	1 - 97

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6
7

-
タンパク質 , 2種, 21分子 ABCDEFGHIJKLMNOPQRSTU

#1: タンパク質	groEL protein / Protein Cpn60 / 60 kDa chaperonin 分子量: 55220.105 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) 遺伝子: GROL OR GROEL OR MOPA OR B4143 OR C5227 OR Z5748 OR ECS5124 OR SF4297 プラスミド: IQ-TRC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DH 5 alpha / 参照: UniProt: P0A6F5
#2: タンパク質	groES protein / Protein Cpn10 / 10 kDa chaperonin 分子量: 10400.938 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) 遺伝子: GROS OR GROES OR MOPB OR B4142 OR C5226 OR Z5747 OR ECS5123 OR SF4296 プラスミド: IQ-TRC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DH 5 alpha / 参照: UniProt: P0A6F9

#1: タンパク質

groEL protein / Protein Cpn60 / 60 kDa chaperonin

分子量: 55220.105 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Escherichia coli (大腸菌)
遺伝子: GROL OR GROEL OR MOPA OR B4143 OR C5227 OR Z5748 OR ECS5124 OR SF4297
プラスミド: IQ-TRC / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DH 5 alpha / 参照: UniProt: P0A6F5

#2: タンパク質

groES protein / Protein Cpn10 / 10 kDa chaperonin

分子量: 10400.938 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Escherichia coli (大腸菌)
遺伝子: GROS OR GROES OR MOPB OR B4142 OR C5226 OR Z5747 OR ECS5123 OR SF4296
プラスミド: IQ-TRC / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DH 5 alpha / 参照: UniProt: P0A6F9

-
非ポリマー , 4種, 28分子

#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン分子量: 39.098 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#5: 化合物	ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP 分子量: 427.201 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₀P₂ / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#6: 化合物	ChemComp-AF3 / ALUMINUM FLUORIDE / トリフルオロアルミニウム分子量: 83.977 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: AlF₃

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 3.77 Å³/Da / 溶媒含有率: 67.36 %

結晶化

*PLUS

温度: 18 ℃ / pH: 5.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: used to seeding, Xu, Z., (1997) Nature, 388, 741.

溶液の組成

*PLUS

ID	濃度	一般名	Crystal-ID	Sol-ID
1	12 %	PEG3000	1	reservoir
2	0.25 M	sodium glutamate	1	reservoir
3	100 mM	cacodylate	1	reservoir
4	6 %	PEG3000	1	drop
5	0.125 M	sodium glutamate	1	drop
6	50 mM	cacodylate	1	drop
7	7.5 mg/ml	protein	1	drop

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 1.013
検出器	タイプ: SBC / 検出器: CCD
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.013 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.8→50 Å / Num. obs: 278591
反射	PLUS Num. obs: 278877 / % possible obs: 90.3 % / 冗長度: 4 % / R_merge(I) obs*: 0.138
反射シェル	PLUS 最高解像度: 2.8 Å / 最低解像度: 2.87 Å / % possible obs: 55 % / 冗長度: 3.9 % / R_merge(I) obs: 0.601 / Mean I/σ(I) obs*: 1.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	refmac_5.1.24 24/04/2001	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング

精密化

解像度: 2.808→49.386 Å / TLS residual ADP flag: UNVERIFIED / σ(F): 0

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2777	5517	1.98 %
R_work	0.2619	-	-
obs	-	278591	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 2.53 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.386 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-2.272 Å²	0 Å²
3-	-	-	4.659 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.808→49.386 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	59073	0	231	0	59304

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	1843	tight positional	0.052	0.05
1	1	A	1843	tight thermal	0.087	0.5
1	2	B	1843	tight positional	0.044	0.05
1	2	B	1843	tight thermal	0.07	0.5
1	3	C	1843	tight positional	0.047	0.05
1	3	C	1843	tight thermal	0.077	0.5
1	4	D	1843	tight positional	0.05	0.05
1	4	D	1843	tight thermal	0.082	0.5
1	5	E	1843	tight positional	0.041	0.05
1	5	E	1843	tight thermal	0.072	0.5
1	6	F	1843	tight positional	0.04	0.05
1	6	F	1843	tight thermal	0.071	0.5
1	7	G	1843	tight positional	0.05	0.05
1	7	G	1843	tight thermal	0.075	0.5
2	1	A	647	tight positional	0.037	0.05
2	1	A	647	tight thermal	0.05	0.5
2	2	B	647	tight positional	0.03	0.05
2	2	B	647	tight thermal	0.041	0.5
2	3	C	647	tight positional	0.033	0.05
2	3	C	647	tight thermal	0.046	0.5
2	4	D	647	tight positional	0.034	0.05
2	4	D	647	tight thermal	0.044	0.5
2	5	E	647	tight positional	0.028	0.05
2	5	E	647	tight thermal	0.039	0.5
2	6	F	647	tight positional	0.027	0.05
2	6	F	647	tight thermal	0.044	0.5
2	7	G	647	tight positional	0.031	0.05
2	7	G	647	tight thermal	0.039	0.5
3	1	A	1398	tight positional	0.028	0.05
3	1	A	1398	tight thermal	0.01	0.5
3	2	B	1398	tight positional	0.037	0.05
3	2	B	1398	tight thermal	0.009	0.5
3	3	C	1398	tight positional	0.028	0.05
3	3	C	1398	tight thermal	0.009	0.5
3	4	D	1398	tight positional	0.027	0.05
3	4	D	1398	tight thermal	0.01	0.5
3	5	E	1398	tight positional	0.024	0.05
3	5	E	1398	tight thermal	0.009	0.5
3	6	F	1398	tight positional	0.027	0.05
3	6	F	1398	tight thermal	0.008	0.5
3	7	G	1398	tight positional	0.03	0.05
3	7	G	1398	tight thermal	0.009	0.5
4	1	H	1811	tight positional	0.046	0.05
4	1	H	1811	tight thermal	0.076	0.5
4	2	I	1811	tight positional	0.053	0.05
4	2	I	1811	tight thermal	0.082	0.5
4	3	J	1811	tight positional	0.05	0.05
4	3	J	1811	tight thermal	0.079	0.5
4	4	K	1811	tight positional	0.044	0.05
4	4	K	1811	tight thermal	0.078	0.5
4	5	L	1811	tight positional	0.044	0.05
4	5	L	1811	tight thermal	0.076	0.5
4	6	M	1811	tight positional	0.071	0.05
4	6	M	1811	tight thermal	0.146	0.5
4	7	N	1811	tight positional	0.048	0.05
4	7	N	1811	tight thermal	0.075	0.5
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5	1	H	647	tight thermal	0.026	0.5
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5	2	I	647	tight thermal	0.032	0.5
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5	3	J	647	tight thermal	0.028	0.5
5	4	K	647	tight positional	0.02	0.05
5	4	K	647	tight thermal	0.026	0.5
5	5	L	647	tight positional	0.019	0.05
5	5	L	647	tight thermal	0.025	0.5
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5	6	M	647	tight thermal	0.032	0.5
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6	1	H	1398	tight thermal	0.014	0.5
6	2	I	1398	tight positional	0.017	0.05
6	2	I	1398	tight thermal	0.016	0.5
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6	3	J	1398	tight thermal	0.017	0.5
6	4	K	1398	tight positional	0.028	0.05
6	4	K	1398	tight thermal	0.013	0.5
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6	5	L	1398	tight thermal	0.014	0.5
6	6	M	1398	tight positional	0.028	0.05
6	6	M	1398	tight thermal	0.014	0.5
6	7	N	1398	tight positional	0.016	0.05
6	7	N	1398	tight thermal	0.014	0.5
7	1	O	728	tight positional	0.01	0.05
7	1	O	728	tight thermal	0.01	0.5
7	2	P	728	tight positional	0.01	0.05
7	2	P	728	tight thermal	0.01	0.5
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7	3	Q	728	tight thermal	0.009	0.5
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7	4	R	728	tight thermal	0.01	0.5
7	5	S	728	tight positional	0.01	0.05
7	5	S	728	tight thermal	0.009	0.5
7	6	T	728	tight positional	0.01	0.05
7	6	T	728	tight thermal	0.01	0.5
7	7	U	728	tight positional	0.01	0.05
7	7	U	728	tight thermal	0.009	0.5

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID
2.808-2.8807	0.433	219	0.385	11893	X-RAY DIFFRACTION
2.881-2.9594	0.38	287	0.365	13797	X-RAY DIFFRACTION
2.959-3.0448	0.388	311	0.329	15545	X-RAY DIFFRACTION
3.045-3.1382	0.341	360	0.324	17756	X-RAY DIFFRACTION
3.138-3.2407	0.317	362	0.311	18512	X-RAY DIFFRACTION
3.241-3.3539	0.341	387	0.307	18520	X-RAY DIFFRACTION
3.354-3.4799	0.304	352	0.299	18328	X-RAY DIFFRACTION
3.48-3.6212	0.265	367	0.269	17765	X-RAY DIFFRACTION
3.621-3.7813	0.308	351	0.291	17084	X-RAY DIFFRACTION
3.781-3.9647	0.281	340	0.279	16351	X-RAY DIFFRACTION
3.965-4.1777	0.229	303	0.229	15648	X-RAY DIFFRACTION
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4.732-5.1075	0.23	258	0.219	12967	X-RAY DIFFRACTION
5.107-5.589	0.297	265	0.266	11932	X-RAY DIFFRACTION
5.589-6.2387	0.303	226	0.288	10823	X-RAY DIFFRACTION
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7.185-8.7533	0.209	157	0.183	8161	X-RAY DIFFRACTION
8.753-12.189	0.136	121	0.151	6327	X-RAY DIFFRACTION
12.189-49.3865	0.263	71	0.271	3458	X-RAY DIFFRACTION

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
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2	11.8107	7.2608	0.7235	7.7613	-0.5418	2.8378	-0.5361	1.0202	-0.0576	-0.8661	0.5731	-0.5001	-0.372	-0.072	-0.037	0.8519	0.0661	0.0587	0.9091	-0.0361	1.298	30.136	-34.343	-31.393
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31	5.0455	1.5001	-0.6393	5.4894	-0.6023	1.3217	-0.087	-0.0503	0.1569	-0.0471	-0.0602	-0.5318	-0.0837	0.2132	0.1471	0.6507	-0.0088	-0.1082	0.7187	0.0134	1.2699	124.883	-46.593	19.63
32	4.9815	-2.1763	-3.5785	1.8153	3.7529	10.448	0.562	-0.5659	0.397	0.0214	-0.3342	-0.3567	-1.3324	-0.0573	-0.2278	1.4555	-0.2973	-0.3195	1.3788	0.019	2.0505	133.697	-32.734	44.875
33	8.5805	0.0354	1.2215	7.9596	-0.7227	6.9737	-0.0412	-0.1533	-0.4944	0.8714	-0.3345	1.0044	0.2469	-0.114	0.3757	1.5945	-0.1802	0.0735	1.5014	-0.0792	2.0872	121.949	-52.203	59.46
34	4.7116	-1.7527	0.4527	7.2596	-0.9948	1.7065	0.0794	0.1764	0.6287	-0.0645	-0.2415	-0.5814	-0.3648	0.1736	0.1621	0.7133	-0.0195	-0.1223	0.7095	-0.0529	1.4899	103.652	-12.846	19.735
35	1.22	-1.3265	-4.2233	1.0639	1.2898	8.8085	-0.1988	-0.1098	0.2752	0.975	0.06	-0.0338	-0.6044	-0.698	0.1388	1.9188	-0.1058	-0.3133	1.3319	-0.1158	2.1877	97.821	3.141	44.837
36	7.0358	0.6209	-0.4433	8.2168	0.4467	5.7255	-0.5805	-0.3131	-0.584	0.6147	0.412	-0.0995	-0.0485	0.123	0.1685	2.0415	0.0735	-0.2108	1.5102	-0.0501	2.1085	105.642	-18.357	59.337
37	9.8555	-1.9496	0.5839	10.279	-0.818	0.0046	0.0002	0.4249	-0.2259	0.2713	-0.0087	-0.271	-0.1355	0.0541	0.0085	0.7393	-0.007	-0.0439	0.7938	-0.0561	0.0066	64.066	-8.702	19.43
38	2.8564	5.1233	-1.306	7.4215	-6.0653	9.4077	-0.1136	-0.6417	-0.1377	1.1545	0.294	0.136	0.1584	-0.9532	-0.1804	1.5177	0.0114	0.0878	1.2041	-0.0238	1.4916	47.644	-2.762	44.567
39	8.512	-1.7099	0.8062	7.7958	0.2076	7.0016	-0.0269	-1.1102	-0.6355	0.2983	-0.0361	-0.8351	-0.0699	0.4445	0.063	1.7406	-0.0966	-0.0786	1.8085	0.0393	1.716	69.255	-9.246	59.224
40	8.5881	1.8821	0.0255	5.6588	0.0601	0.3428	-0.3011	0.0876	0.477	-0.1062	0.2898	0.3227	-0.0555	-0.0841	0.0114	0.7072	0	-0.0473	0.7062	-0.0073	0.6715	35.915	-36.784	19.642
41	2.9445	-0.1691	-0.8402	7.5564	-5.1869	10.0945	0.2561	-0.8228	-0.0759	0.1413	-0.0506	-0.2688	0.959	0.0414	-0.2055	1.217	-0.0303	-0.0428	1.4887	-0.2608	1.4137	21.694	-45.429	45.027
42	9.2506	0.1644	-2.1397	8.7002	1.077	7.1683	0.9783	-0.9955	-0.3545	0.9749	-1.0963	-1.3073	-0.5106	0.3867	0.118	1.704	-0.3713	-0.3773	1.7652	0.1435	1.7552	40.326	-32.887	59.705
43	15.5516	3.0717	-8.2353	7.3133	-2.6989	13.0437	0.621	-0.1299	0.2218	0.9347	-0.2677	0.5229	-0.8462	-0.3105	-0.3533	2.1824	-0.045	-0.0565	2.1042	-0.035	1.7581	65.633	-29.496	-98.12
44	6.97	4.7764	-3.0862	13.545	-8.4018	10.726	0.0338	-0.383	-0.3875	0.8719	0.109	0.2751	-0.3128	-0.2475	-0.1428	2.0615	0.0105	0.0192	2.4056	-0.2492	1.7144	52.952	-48.79	-98.054
45	8.5979	-4.4944	4.4573	11.0979	-6.7275	13.4846	-0.1342	-0.8968	-0.7881	0.3078	0.1512	0.0894	0.078	-0.3097	-0.0171	2.0705	-0.1505	0.1783	2.2338	-0.1035	1.864	60.224	-70.818	-98.118
46	13.5842	-0.8156	5.8808	3.7277	-1.0751	12.5549	0.4314	-0.8084	-0.2715	0.2947	-0.268	-0.5858	0.3405	-0.0751	-0.1634	2.2769	0.0038	0.1222	2.1737	0.0888	1.8347	81.924	-78.475	-98.043
47	15.3907	5.4344	8.7759	10.1961	6.0207	13.3935	0.2786	-0.3969	0.1266	0.8007	0.0275	-0.6567	0.7571	0.2201	-0.306	2.1137	0.1675	0.2357	2.2191	0.2832	1.7912	101.601	-66.509	-97.982
48	5.9086	-1.5104	-0.4552	18.4496	8.0374	14.4428	0.0025	-0.5372	0.8741	1.4887	0.4359	-0.9326	0.764	0.6393	-0.4384	1.9386	-0.0195	0.0225	2.3411	0.265	1.9187	104.5	-43.639	-98.161
49	11.2186	-2.7902	-4.5813	6.2603	4.6242	11.2222	0.0157	-1.3565	0.5616	0.7325	0.1281	-0.2445				2.0358	-0.1535	-0.046	2.2887	0.1263	1.9506	88.527	-26.924	-98.327

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	2 - 135	1 - 134
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	410 - 525	409 - 524
3	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	136 - 190	135 - 189
4	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	375 - 409	374 - 408
5	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	191 - 374	190 - 373
6	X-RAY DIFFRACTION	4	B	B	2 - 135	1 - 134
7	X-RAY DIFFRACTION	4	B	B	410 - 525	409 - 524
8	X-RAY DIFFRACTION	5	B	B	136 - 190	135 - 189
9	X-RAY DIFFRACTION	5	B	B	375 - 409	374 - 408
10	X-RAY DIFFRACTION	6	B	B	191 - 374	190 - 373
11	X-RAY DIFFRACTION	7	C	C	2 - 135	1 - 134
12	X-RAY DIFFRACTION	7	C	C	410 - 525	409 - 524
13	X-RAY DIFFRACTION	8	C	C	136 - 190	135 - 189
14	X-RAY DIFFRACTION	8	C	C	375 - 409	374 - 408
15	X-RAY DIFFRACTION	9	C	C	191 - 374	190 - 373
16	X-RAY DIFFRACTION	10	D	D	2 - 135	1 - 134
17	X-RAY DIFFRACTION	10	D	D	410 - 525	409 - 524
18	X-RAY DIFFRACTION	11	D	D	136 - 190	135 - 189
19	X-RAY DIFFRACTION	11	D	D	375 - 409	374 - 408
20	X-RAY DIFFRACTION	12	D	D	191 - 374	190 - 373
21	X-RAY DIFFRACTION	13	E	E	2 - 135	1 - 134
22	X-RAY DIFFRACTION	13	E	E	410 - 525	409 - 524
23	X-RAY DIFFRACTION	14	E	E	136 - 190	135 - 189
24	X-RAY DIFFRACTION	14	E	E	375 - 409	374 - 408
25	X-RAY DIFFRACTION	15	E	E	191 - 374	190 - 373
26	X-RAY DIFFRACTION	16	F	F	2 - 135	1 - 134
27	X-RAY DIFFRACTION	16	F	F	410 - 525	409 - 524
28	X-RAY DIFFRACTION	17	F	F	136 - 190	135 - 189
29	X-RAY DIFFRACTION	17	F	F	375 - 409	374 - 408
30	X-RAY DIFFRACTION	18	F	F	191 - 374	190 - 373
31	X-RAY DIFFRACTION	19	G	G	2 - 135	1 - 134
32	X-RAY DIFFRACTION	19	G	G	410 - 525	409 - 524
33	X-RAY DIFFRACTION	20	G	G	136 - 190	135 - 189
34	X-RAY DIFFRACTION	20	G	G	375 - 409	374 - 408
35	X-RAY DIFFRACTION	21	G	G	191 - 374	190 - 373
36	X-RAY DIFFRACTION	22	H	H	2 - 135	1 - 134
37	X-RAY DIFFRACTION	22	H	H	410 - 525	409 - 524
38	X-RAY DIFFRACTION	23	H	H	136 - 190	135 - 189
39	X-RAY DIFFRACTION	23	H	H	375 - 409	374 - 408
40	X-RAY DIFFRACTION	24	H	H	191 - 374	190 - 373
41	X-RAY DIFFRACTION	25	I	I	2 - 135	1 - 134
42	X-RAY DIFFRACTION	25	I	I	410 - 525	409 - 524
43	X-RAY DIFFRACTION	26	I	I	136 - 190	135 - 189
44	X-RAY DIFFRACTION	26	I	I	375 - 409	374 - 408
45	X-RAY DIFFRACTION	27	I	I	191 - 374	190 - 373
46	X-RAY DIFFRACTION	28	J	J	2 - 135	1 - 134
47	X-RAY DIFFRACTION	28	J	J	410 - 525	409 - 524
48	X-RAY DIFFRACTION	29	J	J	136 - 190	135 - 189
49	X-RAY DIFFRACTION	29	J	J	375 - 409	374 - 408
50	X-RAY DIFFRACTION	30	J	J	191 - 374	190 - 373
51	X-RAY DIFFRACTION	31	K	K	2 - 135	1 - 134
52	X-RAY DIFFRACTION	31	K	K	410 - 525	409 - 524
53	X-RAY DIFFRACTION	32	K	K	136 - 190	135 - 189
54	X-RAY DIFFRACTION	32	K	K	375 - 409	374 - 408
55	X-RAY DIFFRACTION	33	K	K	191 - 374	190 - 373
56	X-RAY DIFFRACTION	34	L	L	2 - 135	1 - 134
57	X-RAY DIFFRACTION	34	L	L	410 - 525	409 - 524
58	X-RAY DIFFRACTION	35	L	L	136 - 190	135 - 189
59	X-RAY DIFFRACTION	35	L	L	375 - 409	374 - 408
60	X-RAY DIFFRACTION	36	L	L	191 - 374	190 - 373
61	X-RAY DIFFRACTION	37	M	M	2 - 135	1 - 134
62	X-RAY DIFFRACTION	37	M	M	410 - 525	409 - 524
63	X-RAY DIFFRACTION	38	M	M	136 - 190	135 - 189
64	X-RAY DIFFRACTION	38	M	M	375 - 409	374 - 408
65	X-RAY DIFFRACTION	39	M	M	191 - 374	190 - 373
66	X-RAY DIFFRACTION	40	N	N	2 - 135	1 - 134
67	X-RAY DIFFRACTION	40	N	N	410 - 525	409 - 524
68	X-RAY DIFFRACTION	41	N	N	136 - 190	135 - 189
69	X-RAY DIFFRACTION	41	N	N	375 - 409	374 - 408
70	X-RAY DIFFRACTION	42	N	N	191 - 374	190 - 373
71	X-RAY DIFFRACTION	43	O	O	1 - 97	1 - 97
72	X-RAY DIFFRACTION	44	P	P	1 - 97	1 - 97
73	X-RAY DIFFRACTION	45	Q	Q	1 - 97	1 - 97
74	X-RAY DIFFRACTION	46	R	R	1 - 97	1 - 97
75	X-RAY DIFFRACTION	47	S	S	1 - 97	1 - 97
76	X-RAY DIFFRACTION	48	T	T	1 - 97	1 - 97
77	X-RAY DIFFRACTION	49	U	U	1 - 97	1 - 97

ソフトウェア

*PLUS

名称: REFMAC / バージョン: 5.1.24 / 分類: refinement

精密化

*PLUS

最高解像度: 2.8 Å / 最低解像度: 50 Å / % reflection R_free: 2 % / R_factor R_free: 0.278 / R_factor R_work: 0.262

溶媒の処理

*PLUS

原子変位パラメータ

*PLUS

拘束条件

*PLUS

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	p_bond_d	0.013
X-RAY DIFFRACTION	p_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	p_angle_deg	1.362

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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