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- PDB-1par: DNA RECOGNITION BY BETA-SHEETS IN THE ARC REPRESSOR-OPERATOR CRYS... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1par
タイトルDNA RECOGNITION BY BETA-SHEETS IN THE ARC REPRESSOR-OPERATOR CRYSTAL STRUCTURE
要素
  • DNA (5'-D(*AP*AP*TP*GP*AP*TP*AP*GP*AP*AP*GP*CP*AP*CP*TP*CP*T P*AP*CP*TP*AP*T)- 3')
  • DNA (5'-D(*TP*AP*TP*AP*GP*TP*AP*GP*AP*GP*TP*GP*CP*TP*TP*CP*T P*AP*TP*CP*AP*T)- 3')
  • PROTEIN (ARC REPRESSOR)
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / PROTEIN-DNA COMPLEX / DOUBLE HELIX / TRANSCRIPTION-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of DNA-templated transcription / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Arc-like DNA binding domain / Arc-like DNA binding domain / Met repressor-like / Arc Repressor Mutant / Arc-type ribbon-helix-helix / Ribbon-helix-helix / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Transcriptional repressor arc
類似検索 - 構成要素
生物種Enterobacteria phage P22 (ファージ)
手法X線回折 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Raumann, B.E. / Rould, M.A. / Pabo, C.O. / Sauer, R.T.
引用ジャーナル: Nature / 年: 1994
タイトル: DNA recognition by beta-sheets in the Arc repressor-operator crystal structure.
著者: Raumann, B.E. / Rould, M.A. / Pabo, C.O. / Sauer, R.T.
履歴
登録1994年3月22日登録サイト: BNL / 処理サイト: BNL
改定 1.01994年7月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月22日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
E: DNA (5'-D(*TP*AP*TP*AP*GP*TP*AP*GP*AP*GP*TP*GP*CP*TP*TP*CP*T P*AP*TP*CP*AP*T)- 3')
F: DNA (5'-D(*AP*AP*TP*GP*AP*TP*AP*GP*AP*AP*GP*CP*AP*CP*TP*CP*T P*AP*CP*TP*AP*T)- 3')
A: PROTEIN (ARC REPRESSOR)
B: PROTEIN (ARC REPRESSOR)
C: PROTEIN (ARC REPRESSOR)
D: PROTEIN (ARC REPRESSOR)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,4536
ポリマ－38,4536
非ポリマー00
水81145
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)65.670, 56.730, 53.800
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 106.90, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.5118, 0.1127, -0.8517), (0.1307, -0.9696, -0.2068), (-0.8491, -0.2172, 0.4815)63.4547, -8.0355, 35.2145
2given(0.5356, 0.0395, -0.8435), (0.0426, -0.9989, -0.0198), (-0.8434, -0.0253, -0.5367)58.0827, -4.3397, 105.3471
3given(0.0146, 0.1199, -0.9927), (0.1004, -0.9879, -0.1179), (-0.9948, -0.098, -0.0264)70.372, -5.9028, 71.2235
詳細THE TRANSFORMATION PRESENTED ON *MTRIX 1* RECORDS BELOW WILL YIELD APPROXIMATE COORDINATES FOR CHAIN A WHEN APPLIED TO CHAIN B (DIMER SYMMETRY AXIS). THE TRANSFORMATION PRESENTED ON *MTRIX 2* RECORDS BELOW WILL YIELD APPROXIMATE COORDINATES FOR CHAIN C WHEN APPLIED TO CHAIN D (DIMER SYMMETRY AXIS). THE TRANSFORMATION PRESENTED ON *MTRIX 3* RECORDS BELOW WILL YIELD APPROXIMATE COORDINATES FOR CHAINS A AND B WHEN APPLIED TO CHAINS C AND D, RESPECTIVELY. THIS THIRD TRANSFORMATION RELATES DIMER CD AND THE RIGHT OPERATOR HALF-SITE TO DIMER AB AND THE LEFT OPERATOR HALF-SITE. (TETRAMER SYMMETRY AXIS).

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*AP*TP*AP*GP*TP*AP*GP*AP*GP*TP*GP*CP*TP*TP*CP*T P*AP*TP*CP*AP*T)- 3')


分子量: 6756.387 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*AP*AP*TP*GP*AP*TP*AP*GP*AP*AP*GP*CP*AP*CP*TP*CP*T P*AP*CP*TP*AP*T)- 3')


分子量: 6743.404 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#3: タンパク質
PROTEIN (ARC REPRESSOR)


分子量: 6238.272 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Enterobacteria phage P22 (ファージ) / 属: P22-like viruses / 参照: UniProt: P03050
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 45 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.67 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4 / 詳細: pH 7.40, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1WATER11
2BIS-TRIS-PROPANE11
3NA AZIDE11
4WATER12
5PEG 40012
6MGCL212
結晶化
*PLUS
pH: 7.4
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
10.58 mMArc tetramer1drop
20.93 mMDNA duplex1drop
330 mMBis-Tris-propane-Cl1droppH7.4
41 mM1dropNaN3
515 %PEG4001reservoir
6100 mM1reservoirMgCl2

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データ収集

検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IIC / 検出器: IMAGE PLATE
放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射最高解像度: 2.6 Å / Num. all: 161619 / Num. obs: 11253
反射
*PLUS
最高解像度: 2.6 Å / % possible obs: 95 % / Num. measured all: 161619 / Rmerge(I) obs: 0.114

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解析

ソフトウェア名称: TNT / 分類: 精密化
精密化解像度: 2.6→21 Å / σ(F): 0 /
Rfactor反射数%反射
obs0.225 11253 95 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→21 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1712 896 0 45 2653
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.51
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_it
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.6 Å / 最低解像度: 21 Å / Rfactor obs: 0.225 / Rfactor Rwork: 0.225
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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