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- PDB-1p8l: New Crystal Structure of Chlorella Virus DNA Ligase-Adenylate -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1p8l
タイトルNew Crystal Structure of Chlorella Virus DNA Ligase-Adenylate
要素PBCV-1 DNA ligase
キーワードLIGASE
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA ligase (ATP) activity / DNA recombination / DNA replication / DNA repair / ATP binding
類似検索 - 分子機能
DNA ligase, OB-like domain / DNA ligase OB-like domain / Dna Ligase; domain 1 - #70 / DNA ligase/mRNA capping enzyme / ATP-dependent DNA ligase signature 2. / DNA ligase, ATP-dependent, conserved site / DNA ligase, ATP-dependent, central / ATP dependent DNA ligase domain / D-amino Acid Aminotransferase; Chain A, domain 1 / Nucleic acid-binding proteins ...DNA ligase, OB-like domain / DNA ligase OB-like domain / Dna Ligase; domain 1 - #70 / DNA ligase/mRNA capping enzyme / ATP-dependent DNA ligase signature 2. / DNA ligase, ATP-dependent, conserved site / DNA ligase, ATP-dependent, central / ATP dependent DNA ligase domain / D-amino Acid Aminotransferase; Chain A, domain 1 / Nucleic acid-binding proteins / Dna Ligase; domain 1 / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Nucleic acid-binding, OB-fold / Beta Barrel / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE MONOPHOSPHATE / DNA ligase
類似検索 - 構成要素
生物種Paramecium bursaria Chlorella virus 1 (ウイルス)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.95 Å
データ登録者Odell, M. / Malinina, L. / Teplova, M. / Shuman, S.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2003
タイトル: Analysis of the DNA Joining Repertoire of Chlorella Virus DNA ligase and a New Crystal Structure of the Ligase-Adenylate Intermediate
著者: Odell, M. / Malinina, L. / Sriskanda, V. / Teplova, M. / Shuman, S.
履歴
登録2003年5月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年8月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32023年8月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PBCV-1 DNA ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,4752
ポリマ－35,1281
非ポリマー3471
水362
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)91.059, 60.574, 70.268
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 PBCV-1 DNA ligase


分子量: 35128.270 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Paramecium bursaria Chlorella virus 1 (ウイルス)
属: Chlorovirus / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: O41026
#2: 化合物 ChemComp-AMP / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / AMP


分子量: 347.221 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O7P / コメント: AMP*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.39 %
結晶化温度: 277 K / 手法: ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 4-6% PEG 4000, 50 mM HEPES, 50 mM sodium acetate, pH 7.5, hanging drops, temperature 277K
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / pH: 8 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
110 mg/mlprotein1drop
250 mMTris-HCl1droppH8.0
35 mMdithiothreitol1drop
40.1 M1dropNaCl
54-6 %PEG40001reservoir
650 mMHEPES1reservoirpH7.5
750 mMsodium acetate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH3R / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2002年1月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.95→15 Å / Num. all: 8265 / Num. obs: 8265 / % possible obs: 96.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 26.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.092
反射
*PLUS
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 95.3 % / Rmerge(I) obs: 0.64 / Mean I/σ(I) obs: 2.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.06精密化
CrystalClear(MSC/RIGAKU)データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1FVI

1fvi


解像度: 2.95→15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.911 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.876 / SU B: 35.01 / SU ML: 0.56 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R Free: 0.507 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.30351 680 8.2 %RANDOM
Rwork0.26299 ---
obs0.26641 7585 96.86 %-
all-8265 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 26.237 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.92 Å20 Å20 Å2
2--0.37 Å20 Å2
3----5.3 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.95→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2228 0 22 2 2252
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0222300
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5751.9713099
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.8285273
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.00424.34106
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg23.03215420
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.841512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1280.2339
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.021708
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2510.21044
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2130.277
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2890.235
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2020.23
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4141.51371
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.77722226
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.1533929
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.9244.5873
LS精密化 シェル解像度: 2.95→3.024 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.406 55
Rwork0.405 529
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.0108-1.50440.78066.4808-2.38715.4027-0.824-1.19990.5272-0.11650.65780.3541-0.1738-0.07290.16620.26370.3207-0.15450.7539-0.21231.285924.49524.28716.847
214.3359-0.06531.571612.47332.81192.1521-1.424-2.50661.39850.28951.3903-1.1622-0.4620.2360.03370.30750.4999-0.29990.9925-0.28861.25151.0988.51221.696
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA2 - 1888 - 194
2X-RAY DIFFRACTION1AB3011
3X-RAY DIFFRACTION1AA215 - 217221 - 223
4X-RAY DIFFRACTION1AC311 - 3251 - 2
5X-RAY DIFFRACTION2AA189 - 206195 - 212
6X-RAY DIFFRACTION2AA230 - 297236 - 303
精密化
*PLUS
最低解像度: 15 Å / Rfactor Rfree: 0.3035 / Rfactor Rwork: 0.263
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_d0.013
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_deg1.575

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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