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- PDB-1p5a: Conformational Mapping of the N-terminal Peptide of HIV-1 GP41 in... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1p5a
タイトルConformational Mapping of the N-terminal Peptide of HIV-1 GP41 in lipid detergent and aqueous environments using 13C-enhanced Fourier Transform Infrared Spectroscopy
要素Envelope polyprotein GP160
キーワードVIRAL PROTEIN / human immunodeficiency virus (HIV-1) / viral fusion peptide / gp41
機能・相同性
機能・相同性情報


Dectin-2 family / positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane ...Dectin-2 family / positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / apoptotic process / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
Envelope glycoprotein Gp160 / Retroviral envelope protein / Retroviral envelope protein GP41-like / Gp120 core superfamily / Envelope glycoprotein GP120 / Human immunodeficiency virus 1, envelope glycoprotein Gp120
類似検索 - ドメイン・相同性
Envelope glycoprotein gp160
類似検索 - 構成要素
手法赤外分光 / molecular dynamics
データ登録者Gordon, L.M. / Mobley, P.W. / Lee, W. / Eskandari, S. / Kaznessis, Y.N. / Sherman, M.A. / Waring, A.J.
引用
ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2004
タイトル: Conformational mapping of the N-terminal peptide of HIV-1 gp41 in lipid detergent and aqueous environments using 13C-enhanced Fourier transform infrared spectroscopy.
著者: Gordon, L.M. / Mobley, P.W. / Lee, W. / Eskandari, S. / Kaznessis, Y.N. / Sherman, M.A. / Waring, A.J.
#1: ジャーナル: BIOCHIM.BIOPHYS.ACTA / 年: 2002
タイトル: CONFORMATIONAL MAPPING OF THE N-TERMINAL PEPTIDE OF HIV-1 GP41 IN MEMBRANE ENVIRONMENTS USING 13C-ENHANCED FOURIER TRANSFORM INFRARED SPECTROSCOPY
著者: GORDON, L.M. / MOBLEY, P.W. / PILPA, R. / SHERMAN, M.A. / WARING, A.J.
履歴
登録2003年4月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年5月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
Remark 250REMARK: THIS STRUCTURE WAS DETERMINED BY MEANS OF 13C-ENHANCED FOURIER TRANSFORM INFRARED ...REMARK: THIS STRUCTURE WAS DETERMINED BY MEANS OF 13C-ENHANCED FOURIER TRANSFORM INFRARED SPECTROSCOPY (FTIR). DATA SET CONSISTS OF 19 CONFORMERS DERIVED FROM MOLECULAR DYNAMICS IN A MODELED SDS MICELLE SURROUNDED BY WATER WITH PEPTIDE BACKBONE CONSTRAINTS FROM FTIR. EXPERIMENTAL DETAILS EXPERIMENT TYPE : INFRARED SPECTROSCOPY TEMPERATURE (KELVIN) : 298 PH : 7.4 IONIC STRENGTH : 0.271 PRESSURE : AMBIENT SAMPLE CONTENTS : THIS STRUCTURE WAS DETERMINED USING 13-C ISOTOPE ENHANCED FTIR SPECTROSCOPY ON A FAMILY OF SELECTIVELY LABELED CHEMICALLY SYNTHESIZED PEPTIDES. 13-C CARBONYL LABELS INCLUDED RESIDUES 519,521,523,524,525,526,527, 528,529,530,531,532,533,534,538,539. EXPERIMENTS CONDUCTED : 13C-ISOTOPE ENHANCED FTIR SPECTROMETER FIELD STRENGTH : NULL SPECTROMETER MODEL : RESEARCH SERIES SPECTROMETER MANUFACTURER : MATTSON FTIR STRUCTURE DETERMINATION. SOFTWARE USED : WINFIRST FTIR CURVE FITTING SOFTWARE METHOD USED : MOLECULAR DYNAMICS CONFORMERS, NUMBER CALCULATED : 20 CONFORMERS, NUMBER SUBMITTED : 19 CONFORMERS, SELECTION CRITERIA : STRUCTURES WITH ACCEPTABLE COVALENT GEOMETRY BEST REPRESENTATIVE CONFORMER IN THIS ENSEMBLE : 1 REMARK: THE COORDINATES IN THIS ENTRY WERE GENERATED FROM 13-C INDUCED SPECTRAL SHIFTS WHICH GIVE RESIDUE-SPECIFIC SECONDARY STRUCTURE INFORMATION. PEPTIDE CONCENTRATION WAS 47 MICROMOLAR. PEPTIDE/SDS RATIO WAS 1/200. FTIR SPECTRA WERE AVERAGED OVER 256 SCANS AT A GAIN OF 4 AND A RESOLUTION OF 2 CM-1

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Envelope polyprotein GP160


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,1231
ポリマ－2,1231
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)19 / 20structures with acceptable covalent geometry
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Envelope polyprotein GP160 / N-terminal fusion peptide of HIV-1 GP41


分子量: 2123.481 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 519-541 / 由来タイプ: 合成
詳細: The sequence of this peptide occurs naturally in human immunodeficiency virus glycoprotein 41.
参照: UniProt: P03377

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実験情報

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実験

実験手法: 赤外分光
NMR実験タイプ: 13C-isotope enhanced FTIR
NMR実験の詳細Text: The coordinates in this entry were generated from 13-C induced spectral shifts which give residue-specific secondary structure information. Peptide concentration was 47 micromolar. Peptide/SDS ...Text: The coordinates in this entry were generated from 13-C induced spectral shifts which give residue-specific secondary structure information. Peptide concentration was 47 micromolar. Peptide/SDS ratio was 1/200. FTIR spectra were averaged over 256 scans at a gain of 4 and a resolution of 2 cm-1

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試料調製

詳細内容: THIS STRUCTURE WAS DETERMINED USING 13-C ISOTOPE ENHANCED FTIR SPECTROSCOPY ON A FAMILY OF SELECTIVELY LABELED CHEMICALLY SYNTHESIZED PEPTIDES. 13-C CARBONYL LABELS INCLUDED RESIDUES ...内容: THIS STRUCTURE WAS DETERMINED USING 13-C ISOTOPE ENHANCED FTIR SPECTROSCOPY ON A FAMILY OF SELECTIVELY LABELED CHEMICALLY SYNTHESIZED PEPTIDES. 13-C CARBONYL LABELS INCLUDED RESIDUES 519,521,523,524,525,526,527,528,529,530,531,532,533,534,538,539.
溶媒系: 94 mM SDS (sodium dodecyl sulfate) in deuterated PBS (phosphate buffered saline), where PBS is 120 mM NaCl, 2.7 mM KCl, 10 mM Na2HPO4
試料状態イオン強度: 0.271 / pH: 7.4 / 圧: ambient / 温度: 298 K
結晶化
*PLUS
手法: spectroscopy / 詳細: spectroscopy

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データ収集

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメータータイプ: Mattson FTIR Research Series / 製造業者: Mattson FTIR / モデル: Research Series

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
WinfirstFTIR curve fitting softwareKauppine et al.データ解析
CHARMMc28b2Brooks et al.精密化
精密化手法: molecular dynamics / ソフトェア番号: 1
詳細: The system of more than 16,000 atoms (peptide, SDS micelle, water, sodium counterions) was simulated for 2.5 nanoseconds at a constant pressure P=1 atm and constant temperature T=303.15 K.
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with acceptable covalent geometry
計算したコンフォーマーの数: 20 / 登録したコンフォーマーの数: 19

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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