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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1p3l | ||||||
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タイトル | Crystallographic Studies of Nucleosome Core Particles containing Histone 'Sin' Mutants | ||||||
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![]() | STRUCTURAL PROTEIN/DNA / Sin mutants / Nucleosome Core Particle / chromatin / protein/DNA interaction / STRUCTURAL PROTEIN-DNA COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | ![]() structural constituent of chromatin / nucleosome / nucleosome assembly / protein heterodimerization activity / DNA binding / nucleoplasm / nucleus 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Muthurajan, U.M. / Bao, Y. / Forsberg, L.J. / Edayathumangalam, R.S. / Dyer, P.N. / White, C.L. / Luger, K. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structures of histone Sin mutant nucleosomes reveal altered protein-DNA interactions 著者: Muthurajan, U.M. / Bao, Y. / Forsberg, L.J. / Edayathumangalam, R.S. / Dyer, P.N. / White, C.L. / Luger, K. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 328.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 249.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 435.7 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 466.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 22.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 36.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 4種, 8分子 AEBFCGDH
#2: タンパク質 | 分子量: 15400.982 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() プラスミド: pET / 発現宿主: ![]() ![]() #3: タンパク質 | 分子量: 11263.231 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() プラスミド: pET / 発現宿主: ![]() ![]() #4: タンパク質 | 分子量: 13962.241 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() プラスミド: pET / 発現宿主: ![]() ![]() #5: タンパク質 | 分子量: 13834.070 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() プラスミド: pET / 発現宿主: ![]() ![]() |
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-DNA鎖 / 非ポリマー , 2種, 220分子 IJ![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#1: DNA鎖 | 分子量: 45054.844 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.74 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 詳細: MnCl2, KCl, Potassium cacodylate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
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結晶化 | *PLUS 温度: 20 ℃ / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: Luger, K., (1997) Nature, 389, 251. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2001年11月14日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 81883 / % possible obs: 98.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.066 / Net I/σ(I): 11.8 |
反射 シェル | 解像度: 2.4→2.46 Å / Rmerge(I) obs: 0.273 / Mean I/σ(I) obs: 2.65 / % possible all: 88.3 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.4 Å / Num. obs: 83303 / % possible obs: 98.7 % |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 96.8 % |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB entry 1AOI 解像度: 2.4→50 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.4→50 Å
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拘束条件 |
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.4 Å / Rfactor Rfree: 0.26 / Rfactor Rwork: 0.23 | |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS タイプ: c_angle_d | |||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.36 / Rfactor Rwork: 0.35 |