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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1p0p | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of soman-aged human butyryl cholinesterase in complex with the substrate analog butyrylthiocholine | |||||||||
要素 | Cholinesterase | |||||||||
キーワード | HYDROLASE / Serine hydrolase / organophosphates / soman / butyrylthiocholine / cholinesterase | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 cholinesterase / cocaine metabolic process / neuroblast differentiation / Neurotransmitter clearance / cholinesterase activity / response to folic acid / choline binding / response to alkaloid / acetylcholine catabolic process / negative regulation of synaptic transmission ...cholinesterase / cocaine metabolic process / neuroblast differentiation / Neurotransmitter clearance / cholinesterase activity / response to folic acid / choline binding / response to alkaloid / acetylcholine catabolic process / negative regulation of synaptic transmission / peptide hormone processing / choline metabolic process / hydrolase activity, acting on ester bonds / acetylcholinesterase activity / Aspirin ADME / nuclear envelope lumen / Synthesis of PC / Synthesis, secretion, and deacylation of Ghrelin / catalytic activity / response to glucocorticoid / xenobiotic metabolic process / learning / amyloid-beta binding / blood microparticle / negative regulation of cell population proliferation / endoplasmic reticulum lumen / enzyme binding / extracellular space / extracellular region / identical protein binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å | |||||||||
データ登録者 | Nicolet, Y. / Lockridge, O. / Masson, P. / Fontecilla-Camps, J.C. / Nachon, F. | |||||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2003 タイトル: Crystal structure of human butyrylcholinesterase and of its complexes with substrate and products. 著者: Nicolet, Y. / Lockridge, O. / Masson, P. / Fontecilla-Camps, J.C. / Nachon, F. #1: ジャーナル: Eur.J.Biochem. / 年: 2002 タイトル: Engineering of a monomeric and low-glycosylated form of human butyrylcholinesterase: expression, purification, characterization and crystallization 著者: Nachon, F. / Nicolet, Y. / Viguie, N. / Masson, P. / Fontecilla-Camps, J.C. / Lockridge, O. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1p0p.cif.gz | 133 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1p0p.ent.gz | 101.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1p0p.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1p0p_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1p0p_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 1p0p_validation.xml.gz | 26.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1p0p_validation.cif.gz | 37.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p0/1p0p ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p0/1p0p | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
| x 8|||||||||||||||
単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 59713.512 Da / 分子数: 1 / 変異: N17Q, N455Q, N481Q, N486Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BCHE OR CHE1 / 細胞株 (発現宿主): ovary cells 発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ) 参照: UniProt: P06276, cholinesterase |
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-糖 , 2種, 5分子
#2: 多糖 | #3: 糖 | |
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-非ポリマー , 6種, 343分子
#4: 化合物 | ChemComp-SO4 / | ||||||||
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#5: 化合物 | #6: 化合物 | ChemComp-VXA / | #7: 化合物 | ChemComp-BCH / | #8: 化合物 | ChemComp-GOL / | #9: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.86 % | ||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: ammonium sulfate, butyrylthiocholine, 2-(N-Morpholino)-ethanesulfonic acid, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K | ||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 20 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Nachon, F., (2002) Eur.J.Biochem., 269, 630. | ||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM30A / 波長: 0.933 Å |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.933 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.3→55.05 Å / Num. all: 29981 / Num. obs: 28730 / % possible obs: 86.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 6.4 % / Biso Wilson estimate: 12 Å2 / Rsym value: 0.081 / Net I/σ(I): 8.1 |
反射 シェル | 解像度: 2.3→2.42 Å / 冗長度: 5.5 % / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Num. unique all: 3318 / Rsym value: 0.264 / % possible all: 86.5 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 54.7 Å / Rmerge(I) obs: 0.081 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 49.6 % / Rmerge(I) obs: 0.264 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1P0I 解像度: 2.3→54.77 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 81.4425 Å2 / ksol: 0.350895 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 35.1 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→54.77 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.3→2.44 Å / Rfactor Rfree error: 0.024 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.3 Å / 最低解像度: 54.7 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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