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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1p0n | ||||||
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タイトル | IPP:DMAPP isomerase type II, FMN complex | ||||||
要素 | Isopentenyl-diphosphate delta-isomerase | ||||||
キーワード | ISOMERASE / terpene biosynthesis / isopentenyl diphosphate / dimethylallyl diphosphate / flavoprotein | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 isopentenyl-diphosphate Delta-isomerase / isopentenyl-diphosphate delta-isomerase activity / isoprenoid biosynthetic process / NADPH binding / FMN binding / oxidoreductase activity / magnesium ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Bacillus subtilis (枯草菌) | ||||||
手法 | X線回折 / フーリエ合成 / 解像度: 2.8 Å | ||||||
データ登録者 | Steinbacher, S. / Kaiser, J. / Gerhardt, S. / Eisenreich, W. / Huber, R. / Bacher, A. / Rohdich, F. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2003 タイトル: Crystal Structure of the Type II Isopentenyl Diphosphate:Dimethylallyl Diphosphate Isomerase from Bacillus subtilis 著者: Steinbacher, S. / Kaiser, J. / Gerhardt, S. / Eisenreich, W. / Huber, R. / Bacher, A. / Rohdich, F. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1p0n.cif.gz | 124.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1p0n.ent.gz | 97 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1p0n.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1p0n_validation.pdf.gz | 1018.3 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1p0n_full_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 1p0n_validation.xml.gz | 24.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1p0n_validation.cif.gz | 32.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p0/1p0n ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p0/1p0n | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 37262.492 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / プラスミド: pQE30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P50740, isopentenyl-diphosphate Delta-isomerase #2: 化合物 | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.66 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.7 詳細: PEG 400, pH 8.7, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 20 ℃ / pH: 8 / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.54 Å |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2002年9月5日 / 詳細: Osmic |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.54 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.8→20 Å / Num. all: 22127 / Num. obs: 22127 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.11 |
反射 シェル | 解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.37 / % possible all: 97.3 |
反射 | *PLUS Rmerge(I) obs: 0.11 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 97.3 % / Rmerge(I) obs: 0.37 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: フーリエ合成 開始モデル: 1P0K 解像度: 2.8→20 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber 詳細: The bond distance of SD-CE in MET B 156 is slightly long
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原子変位パラメータ |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.8→20 Å
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拘束条件 |
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精密化 | *PLUS Rfactor Rfree: 0.256 / Rfactor Rwork: 0.219 | |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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