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万見
- PDB-1p0k: IPP:DMAPP isomerase type II apo structure -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1p0k
タイトルIPP:DMAPP isomerase type II apo structure
要素Isopentenyl-diphosphate delta-isomerase
キーワードISOMERASE / terpene biosynthesis / isopentenyl diphosphate / dimethylallyl diphosphate / flavoprotein
機能・相同性
機能・相同性情報


isopentenyl-diphosphate Delta-isomerase / isopentenyl-diphosphate delta-isomerase activity / isoprenoid biosynthetic process / NADPH binding / FMN binding / oxidoreductase activity / magnesium ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Isopentenyl-diphosphate delta-isomerase, FMN-dependent / FMN-dependent dehydrogenase / FMN-dependent dehydrogenase / IMP dehydrogenase / GMP reductase domain / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Isopentenyl-diphosphate delta-isomerase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / 多重同系置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Steinbacher, S. / Kaiser, J. / Gerhardt, S. / Eisenreich, W. / Huber, R. / Bacher, A. / Rohdich, F.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2003
タイトル: Crystal Structure of the Type II Isopentenyl Diphosphate:Dimethylallyl Diphosphate Isomerase from Bacillus subtilis
著者: Steinbacher, S. / Kaiser, J. / Gerhardt, S. / Eisenreich, W. / Huber, R. / Bacher, A. / Rohdich, F.
履歴
登録2003年4月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02003年6月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32024年3月13日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Isopentenyl-diphosphate delta-isomerase
B: Isopentenyl-diphosphate delta-isomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,7154
ポリマ－74,5252
非ポリマー1902
水9,692538
1
A: Isopentenyl-diphosphate delta-isomerase
B: Isopentenyl-diphosphate delta-isomerase
ヘテロ分子

A: Isopentenyl-diphosphate delta-isomerase
B: Isopentenyl-diphosphate delta-isomerase
ヘテロ分子

A: Isopentenyl-diphosphate delta-isomerase
B: Isopentenyl-diphosphate delta-isomerase
ヘテロ分子

A: Isopentenyl-diphosphate delta-isomerase
B: Isopentenyl-diphosphate delta-isomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)298,86016
ポリマ－298,1008
非ポリマー7608
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation3_555-y,x,z1
crystal symmetry operation4_555y,-x,z1
Buried area26330 Å2
ΔGint-244 kcal/mol
Surface area88240 Å2
手法PISA
2
A: Isopentenyl-diphosphate delta-isomerase
ヘテロ分子

A: Isopentenyl-diphosphate delta-isomerase
ヘテロ分子

A: Isopentenyl-diphosphate delta-isomerase
ヘテロ分子

A: Isopentenyl-diphosphate delta-isomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)149,4308
ポリマ－149,0504
非ポリマー3804
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation3_555-y,x,z1
crystal symmetry operation4_555y,-x,z1
手法PQS
3
B: Isopentenyl-diphosphate delta-isomerase
ヘテロ分子

B: Isopentenyl-diphosphate delta-isomerase
ヘテロ分子

B: Isopentenyl-diphosphate delta-isomerase
ヘテロ分子

B: Isopentenyl-diphosphate delta-isomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)149,4308
ポリマ－149,0504
非ポリマー3804
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation3_555-y,x,z1
crystal symmetry operation4_555y,-x,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)115.833, 115.833, 141.520
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number79
Space group name H-MI4

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要素

#1: タンパク質 Isopentenyl-diphosphate delta-isomerase / IPP:DMAPP isomerase type II


分子量: 37262.492 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / プラスミド: pQE30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P50740, isopentenyl-diphosphate Delta-isomerase
#2: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 538 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.76 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.7
詳細: PEG 400, pH 8.7, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃ / pH: 8 / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
15 mg/mlprotein1drop
250 mMTris-HCl1drop
30.02 %(w/v)1droppH8.0NaN3
470 mMtricine1reservoir
530 mMTris-HCl1reservoir
6170 mM1reservoirNaCl
714 %(v/v)PEG4001reservoir
82.5 %(w/v)PEG80001reservoirpH8.7

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2002年10月12日 / 詳細: Osmic
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→20 Å / Num. all: 72016 / Num. obs: 72016 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.043
反射 シェル解像度: 1.9→1.94 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.47 / % possible all: 100
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 1.9 Å / % possible obs: 100 % / Rmerge(I) obs: 0.47

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHELXS位相決定
CCP4モデル構築
CNS1.1精密化
CCP4位相決定
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 1.9→15 Å / Isotropic thermal model: isoptropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: The bond dinstance of SD-CE in MET A 95 is slightly long
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2209 3646 -random
Rwork0.1991 ---
all0.2002 71797 --
obs0.2002 71797 98.3 %-
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.822 Å20 Å20 Å2
2--2.822 Å20 Å2
3----5.643 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4545 0 10 538 5093
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.011313
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.38744
精密化
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.221 / Rfactor Rwork: 0.199
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.011
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.39

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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