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万見
- PDB-1ozy: Crystal Structure of Phospholipase A2 (MIPLA3) From Micropechis I... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ozy
タイトルCrystal Structure of Phospholipase A2 (MIPLA3) From Micropechis Ikaheka
要素PHOSPHOLIPASE A2
キーワードHYDROLASE / PHOSPHOLIPASE A2 / MICROPECHIS IKAHEKA / PANCREATIC LOOP
機能・相同性Phospholipase A2 / Phospholipase A2 domain / Up-down Bundle / Mainly Alpha
機能・相同性情報
生物種Micropechis ikaheka (コブラ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Lok, S.M. / Swaminathan, K.
引用
ジャーナル: FEBS J. / 年: 2005
タイトル: Structure and function comparison of Micropechis ikaheka snake venom phospholipase A2 isoenzymes
著者: Lok, S.M. / Gao, R. / Rouault, M. / Lambeau, G. / Gopalakrishnakone, P. / Swaminathan, K.
#1: ジャーナル: BIOCHIM.BIOPHYS.ACTA / 年: 2001
タイトル: Purification and properties of three new phospholipase A2 isoenzymes from Micropechis ikaheka venom
著者: Gao, R. / Kini, R.M. / Li, G.D. / Luo, R.H. / Selvanayagam, Z.E. / Gopalakrishnakone, P.
履歴
登録2003年4月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02004年9月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32023年10月25日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PHOSPHOLIPASE A2
B: PHOSPHOLIPASE A2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,3254
ポリマ－27,1332
非ポリマー1922
水1,63991
1
A: PHOSPHOLIPASE A2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,7593
ポリマ－13,5671
非ポリマー1922
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
B: PHOSPHOLIPASE A2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,5671
ポリマ－13,5671
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
3
A: PHOSPHOLIPASE A2
ヘテロ分子

B: PHOSPHOLIPASE A2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,3254
ポリマ－27,1332
非ポリマー1922
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_564y,-x+1,z-1/41
Buried area1560 Å2
ΔGint-41 kcal/mol
Surface area13670 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.522, 53.522, 148.272
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number76
Space group name H-MP41

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要素

#1: タンパク質 PHOSPHOLIPASE A2 / MIPLA3


分子量: 13566.533 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Micropechis ikaheka (コブラ) / 参照: phospholipase A2
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 91 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.59 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: ammonium sulphate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.99 / 波長: 0.99 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2002年1月27日
放射モノクロメーター: DIAMOND / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→100 Å / Num. obs: 11335 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.8 % / Rsym value: 0.086 / Net I/σ(I): -3
反射 シェル解像度: 2.7→2.8 Å / 冗長度: 4.8 % / Rsym value: 0.307 / % possible all: 88.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZO1.96データ削減
SCALEPACK1.96データスケーリング
MOLREP位相決定
CNS1.1精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB CODE: 1UNE

1une


解像度: 2.7→8 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 155653.55 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 3 / 詳細: TWINNING OPERATOR= h,-k,-l TWINNING FRACTION= 0.474
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2833 862 7.8 %RANDOM
Rwork0.2276 ---
obs0.2276 9497 86.36 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 51.9541 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error free: 0.47 Å / Luzzati sigma a free: 0.8 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1880 0 10 91 1981
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.825
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d24.44
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.96
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.821.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.532
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it3.262
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it4.152.5
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.79 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3144 41 3.78 %
Rwork0.3277 481 -
obs--48 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3ION.PARAMION.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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