PDB-1oya: OLD YELLOW ENZYME AT 2 ANGSTROMS RESOLUTION: OVERALL STRUCTURE, L...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1oya

タイトル

OLD YELLOW ENZYME AT 2 ANGSTROMS RESOLUTION: OVERALL STRUCTURE, LIGAND BINDING AND COMPARISON WITH RELATED FLAVOPROTEINS

要素

OLD YELLOW ENZYME

キーワード

OXIDOREDUCTASE (FLAVOPROTEIN)

機能・相同性

機能・相同性情報

: / NADPH dehydrogenase / NADPH dehydrogenase activity / FMN binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Saccharomyces pastorianus (酵母)

手法

X線回折 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Fox, K.M. / Karplus, P.A.

引用

ジャーナル: Structure / 年: 1994
タイトル: Old yellow enzyme at 2 A resolution: overall structure, ligand binding, and comparison with related flavoproteins.
著者: Fox, K.M. / Karplus, P.A.

履歴

登録	1994年8月25日	処理サイト: BNL
改定 1.0	1995年3月31日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年3月24日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2024年2月14日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1oya.cif.gz	93.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1oya.ent.gz	71.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1oya.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1oya_validation.pdf.gz	459.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1oya_full_validation.pdf.gz	469.2 KB	表示
XML形式データ	1oya_validation.xml.gz	10.6 KB	表示
CIF形式データ	1oya_validation.cif.gz	16.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oy/1oya ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oy/1oya	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1oybC 1oycC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1oyc-1 4k7v-1 1oyb-1 4k7y-1 4h4i-1 3rnd-1 4gbu-1 4k8h-1 3tx9-1 4rnw-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: OLD YELLOW ENZYME

ヘテロ分子

45.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: OLD YELLOW ENZYME

ヘテロ分子

A: OLD YELLOW ENZYME

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
91.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	142.880, 142.880, 43.010
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

Atom site foot note

1: CIS PROLINE - PRO 44

#1: タンパク質	OLD YELLOW ENZYME 分子量: 45071.641 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Saccharomyces pastorianus (酵母) / 遺伝子: OYE1 / プラスミド: PET / 参照: UniProt: Q02899, NADPH dehydrogenase
#2: 化合物	ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN 分子量: 456.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₂₁N₄O₉P
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 126 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 2.43 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.47 %

結晶化

*PLUS

温度: 4 ℃ / pH: 8 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Fox, K.M., (1993) J. Mol. Biol., 234, 502.

溶液の組成

*PLUS

ID	濃度	一般名	Crystal-ID	Sol-ID	化学式
1	40 mg/ml	protein	1	drop
2	10 mM	Tris-HCl	1	drop
3	10 mM		1	drop	NaCl
4	0.01 M	phrnylmethylsulfonyl fluoride	1	drop
5	0.1 M	HEPES	1	reservoir
6	35 %(w/v)	PEG400	1	reservoir
7	0.2 M		1	reservoir	MgCl2

-
データ収集

放射	散乱光タイプ: x-ray
放射波長	相対比: 1
反射	Num. obs: 28528 / % possible obs: 91.1 % / Observed criterion σ(I): 0
反射	PLUS 冗長度: 2.3 % / R_merge(I) obs*: 0.04

-
解析

ソフトウェア

名称	分類
X-PLOR	モデル構築
X-PLOR	精密化
X-PLOR	位相決定

精密化

解像度: 2→10 Å /

	R_factor	反射数
R_free	0.241	-
R_work	0.18	-
obs	0.18	96825

原子変位パラメータ

B_iso mean: 18 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.21 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→10 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3178	0	31	126	3335

精密化

*PLUS

溶媒の処理

*PLUS

原子変位パラメータ

*PLUS

拘束条件

*PLUS

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	x_bond_d	0.03
X-RAY DIFFRACTION	x_angle_deg	2.4

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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