+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1ow2 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | STRUCTURE AND MECHANISM OF ACTION OF ISOPENTENYLPYROPHOSPHATE-DIMETHYLALLYLPYROPHOSPHATE ISOMERASE: COMPLEX OF C67A MUTANT WITH EIPP | ||||||
![]() | ISOPENTENYL-DIPHOSPHATE DELTA-ISOMERASE | ||||||
![]() | ISOMERASE / COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | ![]() isopentenyl-diphosphate Delta-isomerase / isopentenyl-diphosphate delta-isomerase activity / dimethylallyl diphosphate biosynthetic process / isoprenoid biosynthetic process / DNA damage response / magnesium ion binding / zinc ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Wouters, J. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of the C67A mutant of isopentenyl diphosphate isomerase complexed with a mechanism-based irreversible inhibitor 著者: Wouters, J. / Oudjama, Y. / Stalon, V. / Droogmans, L. / Poulter, C.D. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 88.7 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 65.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1009.3 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 1022.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 18.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 25.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1hztS S: 精密化の開始モデル |
---|---|
類似構造データ |
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 20612.324 Da / 分子数: 2 / 変異: C67A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: Q46822, isopentenyl-diphosphate Delta-isomerase #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.87 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
結晶化 | pH: 5.5 詳細: PEG 2000, MANGANESE CHLORIDE, AMMONIUM SULFATE, pH 5.50 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 5.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
|
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE |
放射 | モノクロメーター: mirror / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.97→6.23 Å / Num. all: 32619 / Num. obs: 30025 / % possible obs: 98.2 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 4 / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.066 / Net I/σ(I): 6.2 |
反射 シェル | 解像度: 1.97→2.09 Å / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.128 / Mean I/σ(I) obs: 4.7 / % possible all: 98.2 |
反射 | *PLUS Num. obs: 32619 / Num. measured all: 97958 |
反射 シェル | *PLUS 最低解像度: 2.08 Å / % possible obs: 98.1 % |
-
解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1HZT 解像度: 2→6 Å / Num. parameters: 12097 / Num. restraintsaints: 12074 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER
| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Num. disordered residues: 6 / Occupancy sum hydrogen: 0 / Occupancy sum non hydrogen: 2982 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→6 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||
ソフトウェア | *PLUS 名称: SHELXL / バージョン: 97 / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 10 Å / Rfactor obs: 0.228 / Rfactor Rfree: 0.282 / Rfactor Rwork: 0.218 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |