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万見
- PDB-1ovx: NMR structure of the E. coli ClpX chaperone zinc binding domain dimer -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ovx
タイトルNMR structure of the E. coli ClpX chaperone zinc binding domain dimer
要素ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit clpX
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / treble clef zinc finger / homodimer
機能・相同性
機能・相同性情報


protein denaturation / HslUV protease complex / endopeptidase Clp complex / ATP-dependent peptidase activity / protein unfolding / proteolysis involved in protein catabolic process / ATP-dependent protein folding chaperone / disordered domain specific binding / unfolded protein binding / protease binding ...protein denaturation / HslUV protease complex / endopeptidase Clp complex / ATP-dependent peptidase activity / protein unfolding / proteolysis involved in protein catabolic process / ATP-dependent protein folding chaperone / disordered domain specific binding / unfolded protein binding / protease binding / protein dimerization activity / cell division / ATP hydrolysis activity / zinc ion binding / ATP binding / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Clp protease, ATP-binding subunit ClpX, bacteria / Zinc finger, ClpX C4-type superfamily / ClpX C4-type zinc finger / Clp protease, ATP-binding subunit ClpX / Zinc finger, ClpX C4-type / ClpX zinc binding (ZB) domain profile. / ClpX C4-type zinc finger / Clp ATPase, C-terminal / AAA domain (Cdc48 subfamily) ...: / Clp protease, ATP-binding subunit ClpX, bacteria / Zinc finger, ClpX C4-type superfamily / ClpX C4-type zinc finger / Clp protease, ATP-binding subunit ClpX / Zinc finger, ClpX C4-type / ClpX zinc binding (ZB) domain profile. / ClpX C4-type zinc finger / Clp ATPase, C-terminal / AAA domain (Cdc48 subfamily) / C-terminal, D2-small domain, of ClpB protein / C-terminal, D2-small domain, of ClpB protein / ATPase, AAA-type, core / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpX
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法溶液NMR / simulated annealing cartesian dynamics
データ登録者Donaldson, L.W. / Kwan, J. / Wojtyra, U. / Houry, W.A.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2003
タイトル: Solution structure of the dimeric zinc binding domain of the chaperone ClpX.
著者: Donaldson, L.W. / Wojtyra, U. / Houry, W.A.
履歴
登録2003年3月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年12月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12007年10月16日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32024年5月1日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_spectrometer / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit clpX
B: ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit clpX
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,6344
ポリマ－15,5042
非ポリマー1312
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)1 / 500structures with acceptable covalent geometry
代表モデルモデル #1fewest violations,lowest energy

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要素

#1: タンパク質 ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit clpX


分子量: 7751.827 Da / 分子数: 2 / 断片: N-terminal domain (residues 1-60) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: Clpx / プラスミド: pET28 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P0A6H1
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験タイプ: 3D 13C/15N-separated NOESY
NMR実験の詳細Text: This structure was determined using standard triple-resonance NMR methods

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試料調製

詳細内容: 1.3 mM ClpX U-15N,13C
溶媒系: 20 mM sodium phosphate buffer, 0.03% sodium azide, pH 7.5; 150 mM sodium chloride; 90% H2O, 10% H2O
試料状態イオン強度: 150 mM NaCl / pH: 7.5 / 圧: ambient / 温度: 303 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCEBrukerAVANCE6001
Varian INOVAVarianINOVA5002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
X-PLORNIHBrunger構造決定
NMRPipe2.1Delaglio解析
NMRView5Johnsonデータ解析
X-PLORNIHBrunger精密化
精密化手法: simulated annealing cartesian dynamics / ソフトェア番号: 1
詳細: The structure is based on 463 intramolecular distance restraints, 47 intermolecular restraints and 24 hydrogen bond restraints. 30 phi/psi dihedral angle restraints were incorporated based on ...詳細: The structure is based on 463 intramolecular distance restraints, 47 intermolecular restraints and 24 hydrogen bond restraints. 30 phi/psi dihedral angle restraints were incorporated based on analysis of chemical shifts by TALOS
代表構造選択基準: fewest violations,lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with acceptable covalent geometry
計算したコンフォーマーの数: 500 / 登録したコンフォーマーの数: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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