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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1osw | ||||||||||||||||||
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タイトル | The Stem of SL1 RNA in HIV-1: Structure and Nucleocapsid Protein Binding for a 1X3 Internal Loop | ||||||||||||||||||
![]() | 5'-R(*![]() RNA | 機能・相同性 | RNA / RNA (> 10) | ![]() 手法 | 溶液NMR / DYANA, molecular dynamics using AMBER | ![]() Yuan, Y. / Kerwood, D.J. / Paoletti, A.C. / Shubsda, M.F. / Borer, P.N. | ![]() ![]() タイトル: Stem of SL1 RNA in HIV-1: Structure and Nucleocapsid Protein Binding for a 1X3 Internal Loop 著者: Yuan, Y. / Kerwood, D.J. / Paoletti, A.C. / Shubsda, M.F. / Borer, P.N. 履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 294.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 253.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 325.1 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 445 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 6.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 12.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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NMR アンサンブル |
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要素
#1: RNA鎖 | 分子量: 7472.528 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: RNA sequence obtained from Dharmacon |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||||||||||
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NMR実験 |
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NMR実験の詳細 | Text: Structures were determined using 2D NOESY at different temperatures and mixing times. The last residue, A23, was eliminated from the pdb file due to ambiguity in orientation. |
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試料調製
詳細 | 内容: 1 mM SL1i RNA; 25mM NaCl, 5mM sodium phosphate, 0.1mM EDTA, 0.01% NaN3 溶媒系: 99.996% D2O or 90% D2O, 10% H2O | |||||||||||||||
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試料状態 |
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結晶化 | *PLUS 手法: other / 詳細: NMR |
-NMR測定
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M | |||||||||||||||
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放射波長 | 相対比: 1 | |||||||||||||||
NMRスペクトロメーター |
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解析
NMR software |
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精密化 | 手法: DYANA, molecular dynamics using AMBER / ソフトェア番号: 1 | ||||||||||||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: closest to the average | ||||||||||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with acceptable covalent geometry,structures with the least restraint violations,structures with the lowest energy,target function 計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 23 |